More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3612 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 171 aa  353  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  81.07 
 
 		 171 aa  280  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  80.12 
 
 		 168 aa  268  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 156 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3268  MarR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00976958 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7681  CbaR  35.25 
 
 		 166 aa  100  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0113297  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  33.33 
 
 		 149 aa  93.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  32 
 
 		 164 aa  92.4  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  30.77 
 
 		 162 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 168 aa  78.2  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 159 aa  75.5  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 170 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 151 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 161 aa  74.7  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 148 aa  73.6  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 152 aa  72.8  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1847  MarR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603807  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 185 aa  70.9  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 150 aa  69.3  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 144 aa  69.3  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 164 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 165 aa  67.8  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0337  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.732334  normal  0.045327 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  25.87 
 
 		 165 aa  64.3  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5032  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 140 aa  63.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  28.57 
 
 		 151 aa  63.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  29.92 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  27.34 
 
 		 142 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  27.34 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1014  regulatory protein, MarR  28.77 
 
 		 170 aa  62  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.137304  normal  0.145225 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  26.03 
 
 		 160 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3873  putative transcriptional regulator  28.06 
 
 		 172 aa  61.2  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0174769  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1453  transcriptional regulator, MarR family  31.43 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 165 aa  60.1  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2286  hypothetical protein  27.22 
 
 		 167 aa  60.1  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 175 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9049  Transcriptional regulator  25.55 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578092  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1592  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 304 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0532297  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  26.87 
 
 		 157 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3592  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 152 aa  57  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0300  transcriptional regulator MarR family  27.87 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  31 
 
 		 149 aa  57.4  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0978  MarR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 169 aa  57  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  24.81 
 
 		 141 aa  57  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3015  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 173 aa  57  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 152 aa  57.4  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 148 aa  56.6  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0150  MarR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0208553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2122  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 157 aa  56.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1800  MarR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 183 aa  56.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79218  normal  0.50534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2052  transcriptional regulator, MarR family  22 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000132777 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0908  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 304 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1971  MarR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.30149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0252  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 179 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1152  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 179 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.327782  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2109  MarR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 314 aa  54.7  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.67396  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 141 aa  54.3  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05199  transcription regulator protein  31.58 
 
 		 154 aa  53.9  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000214035  normal  0.0753058 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0158  transcriptional regulator, MarR family  35.8 
 
 		 152 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0107221 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3774  regulatory protein, MarR  23.58 
 
 		 177 aa  53.9  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1960  MarR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4315  MarR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 193 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 138 aa  53.9  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4762  transcriptional regulator, MarR family  28.79 
 
 		 166 aa  52.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 164 aa  53.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2822  transcriptional regulator, MarR family  25.53 
 
 		 166 aa  52.8  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330926 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1882  MarR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 154 aa  53.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.64976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  26.98 
 
 		 142 aa  53.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2856  MarR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.843332 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1411  MarR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 147 aa  52.8  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.168618  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1106  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 185 aa  53.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.106479 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 139 aa  52.4  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 139 aa  52.4  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 139 aa  52.4  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  25.93 
 
 		 139 aa  52.4  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0022  transcriptional regulator, MarR family  28.83 
 
 		 146 aa  52.4  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  25.93 
 
 		 139 aa  52.4  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  27.27 
 
 		 168 aa  52  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  24.19 
 
 		 140 aa  52  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  28.03 
 
 		 158 aa  51.6  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1494  MarR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 141 aa  51.6  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00612694  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4187  MarR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 158 aa  51.2  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3119  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 151 aa  51.2  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2828  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 142 aa  51.2  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 149 aa  51.2  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>