More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5307 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5307  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 178 aa  357  6e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 159 aa  108  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5723  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 150 aa  88.2  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2214  MarR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 159 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1125  transcriptional regulator, MarR family  28.97 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.416342 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 147 aa  65.1  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0324  MarR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 164 aa  64.7  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1295  putative transcription regulator protein  31.58 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  27.21 
 
 		 139 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 139 aa  61.6  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1216  transcriptional regulator, MarR family  28.99 
 
 		 149 aa  62  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  26.47 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3216  transcriptional regulator, MarR family  26.47 
 
 		 139 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  26.47 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  31.13 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0105  transcriptional regulator, MarR family  29.5 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.983875 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  31.73 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2920  MarR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0855  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 147 aa  58.2  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1331  MarR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.524109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 149 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 175 aa  57  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 149 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3492  transcriptional regulator, MarR family  28.08 
 
 		 178 aa  57  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1443  MarR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 178 aa  57  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 149 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 158 aa  57.4  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 149 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3922  MarR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 152 aa  55.5  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462082  normal  0.0695872 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2814  MarR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 172 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.388946 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1882  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.64976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1409  MarR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0259  transcriptional regulator, MarR family  25.32 
 
 		 171 aa  54.3  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.623858  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0264  MarR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000861696 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  27.81 
 
 		 158 aa  54.3  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0131  transcriptional regulator, MarR family  27.97 
 
 		 156 aa  54.3  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000555257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  28.17 
 
 		 165 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  30.4 
 
 		 147 aa  53.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 149 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 149 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 173 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 149 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 149 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 156 aa  53.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 149 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1828  MarR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 153 aa  52.4  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0229599 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1245  transcriptional regulator, MarR family  32.74 
 
 		 176 aa  52  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.868936  normal  0.145982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4219  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 180 aa  51.6  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.260034 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2558  MarR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 165 aa  51.6  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 149 aa  51.6  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3527  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 173 aa  51.6  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 171 aa  51.2  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1428  MarR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 164 aa  51.2  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.256408 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1388  MarR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 164 aa  51.2  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1482  MarR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 163 aa  51.2  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914228  normal  0.421582 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4010  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 168 aa  50.8  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  28.78 
 
 		 164 aa  50.4  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  27.34 
 
 		 149 aa  50.8  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4023  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 145 aa  50.4  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.709779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4647  MarR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167247  normal  0.261087 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 157 aa  50.4  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 168 aa  50.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 171 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1513  MarR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139337  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2025  MarR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.165588 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 148 aa  50.4  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1026  MarR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1750  transcriptional regulator, MarR family  25.77 
 
 		 149 aa  50.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  25.77 
 
 		 171 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43770  putative transcriptional regulator  28.15 
 
 		 140 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1506  MarR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  30.3 
 
 		 140 aa  50.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1859  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 154 aa  49.7  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  33.1 
 
 		 153 aa  50.1  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 150 aa  50.1  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5662  MarR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 153 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 138 aa  49.7  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  32.17 
 
 		 162 aa  49.7  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>