More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1489 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 158 aa  314  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  76.87 
 
 		 161 aa  229  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  59.86 
 
 		 161 aa  170  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  54.29 
 
 		 147 aa  150  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 156 aa  90.5  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 147 aa  77.8  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  30.28 
 
 		 165 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 164 aa  70.5  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 145 aa  66.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4476  MarR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 174 aa  65.5  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3382  transcriptional regulator, MarR family  32.43 
 
 		 170 aa  63.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180661 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3680  transcriptional regulator, MarR family  31.76 
 
 		 170 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  27.78 
 
 		 164 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 171 aa  62.8  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 179 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0456  MarR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 137 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2258  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 155 aa  60.8  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.148664  normal  0.143759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 178 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0823  transcriptional regulator, MarR family  25.4 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1331  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.524109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1740  MarR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.140466  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3234  transcriptional regulator, MarR family  25.4 
 
 		 151 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3073  MarR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 170 aa  59.7  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0069  transcriptional regulator, MarR family  28.91 
 
 		 166 aa  58.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03440  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.495444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  29.69 
 
 		 165 aa  58.9  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30420  transcriptional regulator  38.37 
 
 		 159 aa  58.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.147448  normal  0.274535 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 159 aa  58.5  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4762  transcriptional regulator, MarR family  29.92 
 
 		 166 aa  58.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  35.29 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  35.29 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2954  MarR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 155 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0259  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 184 aa  57.4  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1028  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 146 aa  57  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.663158  hitchhiker  0.00390139 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0087  transcriptional regulator, MarR family  29.69 
 
 		 166 aa  57  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 145 aa  57  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4285  transcriptional regulator, MarR family  31.4 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 152 aa  57  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  30.37 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1078  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2003  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  40 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  25.9 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3015  MarR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 173 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2214  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 146 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0741  MarR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 146 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 146 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 146 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3853  regulatory protein, MarR  36.13 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.295322  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  25.9 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5307  transcriptional regulator, MarR family  27.81 
 
 		 178 aa  54.3  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2765  MarR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 167 aa  54.7  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 155 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 174 aa  54.3  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 141 aa  54.3  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1031  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 173 aa  54.3  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0544  regulatory protein MarR  31.62 
 
 		 144 aa  53.9  0.0000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 155 aa  53.9  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18710  transcriptional regulator, MarR family  34.74 
 
 		 160 aa  53.9  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.332753 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  27.66 
 
 		 165 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0317  transcriptional regulator, MarR family  25.18 
 
 		 146 aa  53.9  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7499  MarR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 169 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 156 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 169 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3523  transcriptional regulator, TrmB  35.37 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 158 aa  53.5  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1297  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 174 aa  53.1  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00292407  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0324  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 164 aa  53.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  28 
 
 		 163 aa  52.8  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  28 
 
 		 157 aa  52.8  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2322  transcriptional regulator, TrmB  38.67 
 
 		 174 aa  52.8  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  24 
 
 		 143 aa  53.1  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11433  transcriptional regulator  26.4 
 
 		 175 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00100746  normal  0.249938 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4610  transcriptional regulator, MarR family  31.37 
 
 		 148 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  normal  0.155158 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 152 aa  52  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  28.08 
 
 		 144 aa  52.4  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  39.13 
 
 		 162 aa  52.4  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 144 aa  52.4  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4184  transcriptional regulator, MarR family  37.78 
 
 		 174 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 158 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 141 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 171 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 166 aa  51.6  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3500  MarR family transcriptional regulator  33 
 
 		 164 aa  51.6  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  26.28 
 
 		 165 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0410  transcriptional regulator, MarR family  26.85 
 
 		 152 aa  51.2  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  21.99 
 
 		 157 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  32.95 
 
 		 155 aa  51.6  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>