112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2286 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2286  hypothetical protein  100 
 
 		 167 aa  342  2e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 152 aa  68.6  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 168 aa  65.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 173 aa  63.9  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 149 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 149 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 149 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 149 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 149 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 149 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1729  regulatory protein, MarR  31.2 
 
 		 162 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3749  multiple antibiotic resistance protein MarR, putative  32.8 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.17828  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 171 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  29.01 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 158 aa  57  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  26.67 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  25.55 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 151 aa  53.9  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2498  transcriptional regulator, MarR family  26.39 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447141 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 149 aa  53.9  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2998  MarR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 154 aa  53.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.414929 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3268  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 199 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00976958 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  26.27 
 
 		 170 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  23.18 
 
 		 168 aa  52  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1800  MarR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 183 aa  50.8  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79218  normal  0.50534 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 152 aa  50.1  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 159 aa  50.4  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 143 aa  50.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 143 aa  50.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4468  transcriptional regulator, TrmB  31.13 
 
 		 206 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160154  normal  0.0294539 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 175 aa  50.4  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4219  MarR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 180 aa  48.5  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.260034 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  25.3 
 
 		 164 aa  48.1  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 171 aa  47.8  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  31.73 
 
 		 157 aa  47.8  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2503  MarR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 156 aa  47  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00391389  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3645  MarR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 160 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.610446  normal  0.0262882 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1029  MarR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 157 aa  47  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 168 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 144 aa  47.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2077  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 157 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 151 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5077  MarR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 153 aa  46.6  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1985  MarR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0411716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2905  transcriptional regulator, MarR family  25.84 
 
 		 156 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.172121 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3545  MarR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 163 aa  45.8  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2487  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1453  transcriptional regulator, MarR family  31.15 
 
 		 143 aa  45.4  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 148 aa  45.8  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3989  MarR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 158 aa  45.8  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552919  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5147  transcriptional regulator, TrmB  28.95 
 
 		 160 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0142176 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  24.79 
 
 		 162 aa  45.4  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1971  MarR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 162 aa  45.4  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.30149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  22.39 
 
 		 156 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  25.47 
 
 		 167 aa  45.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 141 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2899  regulatory protein MarR  28.83 
 
 		 157 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3125  transcriptional regulator, TrmB  28.83 
 
 		 157 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.402819 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2500  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 178 aa  44.7  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.129036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6031  transcriptional regulator, MarR family  25.34 
 
 		 159 aa  44.7  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2408  MarR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944596 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3119  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 151 aa  44.3  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68110  putative transcriptional regulator  33.63 
 
 		 156 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000624146  normal  0.0136344 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  23.64 
 
 		 160 aa  44.3  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2425  transcriptional regulator, MarR family  24.72 
 
 		 156 aa  44.3  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2052  transcriptional regulator, MarR family  25.15 
 
 		 180 aa  44.3  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000132777 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1659  MarR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 153 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 148 aa  43.5  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 150 aa  43.9  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  25.32 
 
 		 162 aa  43.9  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0735  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 138 aa  43.5  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 168 aa  43.5  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5032  transcriptional regulator, MarR family  27.07 
 
 		 140 aa  43.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0479  MarR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 155 aa  43.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 185 aa  43.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2432  MarR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 174 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  32.39 
 
 		 158 aa  43.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2651  transcriptional regulator, MarR family  28.16 
 
 		 143 aa  43.5  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.512568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 169 aa  42.4  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2643  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 169 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2688  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 169 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0756972  normal  0.0190727 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6813  hypothetical protein  28.7 
 
 		 152 aa  42.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.611714  normal  0.242939 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2672  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 169 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 148 aa  42  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5895  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 156 aa  42  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0312  MarR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 146 aa  42  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4415  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 140 aa  41.6  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.75195  normal  0.537773 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 161 aa  41.6  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6941  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 151 aa  41.6  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.853349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 164 aa  41.6  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5039  transcriptional regulator, MarR family  29.03 
 
 		 158 aa  41.2  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>