105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0187 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0187  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 167 aa  334  3.9999999999999995e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1198  MarR family transcriptional regulator  59.12 
 
 		 170 aa  193  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.266179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0603  MarR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 155 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.125253  normal  0.477496 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6607  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 329 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.542838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2524  transcriptional regulator, MarR family  36.89 
 
 		 161 aa  54.3  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4536  MarR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 166 aa  53.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.018511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1971  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 162 aa  52.4  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.30149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  28.68 
 
 		 142 aa  50.8  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6026  MarR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 325 aa  50.8  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2149  transcriptional regulator, MarR family  29.63 
 
 		 150 aa  50.8  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.176051  normal  0.0619167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3119  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 151 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0978  MarR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 169 aa  49.3  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2127  MarR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 145 aa  49.3  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7207  MarR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 138 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4899  transcriptional regulator, MarR family  32.35 
 
 		 161 aa  49.3  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.529551  normal  0.428583 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4630  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 321 aa  48.9  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5032  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 		 140 aa  48.9  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 149 aa  48.1  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 173 aa  48.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 149 aa  48.1  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 149 aa  48.1  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 149 aa  48.5  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 149 aa  48.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 149 aa  48.1  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3239  transcriptional regulatory protein  29.25 
 
 		 160 aa  48.1  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.616739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6436  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 153 aa  48.1  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.408457 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4043  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 326 aa  48.1  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  25.74 
 
 		 149 aa  48.1  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4501  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 336 aa  47.4  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2677  MarR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 153 aa  47  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06409  hypothetical protein  24.79 
 
 		 138 aa  47  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5740  MarR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 326 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1089  MarR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 161 aa  46.6  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6104  MarR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 326 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0396  MarR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 165 aa  45.8  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6586  MarR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 326 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107316  normal  0.0388033 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  33.62 
 
 		 157 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1001  transcriptional regulator, MarR family  24.66 
 
 		 152 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4809  transcriptional regulator, MarR family  31.37 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.577759  normal  0.746027 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 138 aa  45.8  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2998  MarR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 154 aa  45.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.414929 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4407  transcriptional regulator, MarR family  40.58 
 
 		 163 aa  45.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.102927  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0565  MarR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 193 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1143  MarR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 205 aa  45.4  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0683  MarR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 146 aa  45.4  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0324  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 150 aa  45.4  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.491291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7562  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 326 aa  45.1  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.774028 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0807  MarR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 197 aa  45.1  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0853  MarR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 152 aa  45.1  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0172  transcriptional regulator, MarR family protein  31.58 
 
 		 151 aa  44.7  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1800  MarR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 183 aa  44.7  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79218  normal  0.50534 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0524  multidrug resistance operon repressor MexR  29.59 
 
 		 147 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2270  MarR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 172 aa  44.7  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.689924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0290  transcriptional regulator, MarR family protein  31.58 
 
 		 151 aa  44.7  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0542  regulatory protein, MarR  39.71 
 
 		 170 aa  44.7  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.729564 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2899  regulatory protein MarR  34.48 
 
 		 157 aa  44.3  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3125  transcriptional regulator, TrmB  34.48 
 
 		 157 aa  44.3  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.402819 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1045  MarR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 152 aa  44.3  0.0009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.734934  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0900  MarR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 152 aa  43.9  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0879  MarR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 152 aa  43.9  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.544594  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0861  MarR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 152 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0958  MarR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 152 aa  43.9  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 149 aa  43.9  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  27.47 
 
 		 171 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1040  transcriptional regulator, MarR family  25.69 
 
 		 152 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.69196e-21 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  30.59 
 
 		 141 aa  43.9  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2813  MarR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 160 aa  42.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0313232  normal  0.34427 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0263  MarR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 141 aa  43.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2015  GCN5-related N-acetyltransferase  25.37 
 
 		 306 aa  42.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4010  MarR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  30.53 
 
 		 151 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1128  transcriptional regulator, MarR family  25.69 
 
 		 152 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 171 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0934  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 303 aa  42.4  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0213342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05520  multidrug resistance operon repressor MexR  28.57 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 156 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0223  transcriptional regulator, MarR family  27.08 
 
 		 169 aa  42.4  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.504687  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0119  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 178 aa  42  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.855711 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0337  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 191 aa  42  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.732334  normal  0.045327 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1344  MarR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 165 aa  42  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  31.52 
 
 		 165 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  31.15 
 
 		 158 aa  42  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0413  MarR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 151 aa  41.6  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.019986  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0856  MarR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 352 aa  41.6  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2862  transcriptional regulator, MarR family  29.52 
 
 		 208 aa  41.6  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.182461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0762  MarR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 347 aa  41.2  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 168 aa  41.6  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3555  MarR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 349 aa  41.2  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5147  transcriptional regulator, TrmB  32.38 
 
 		 160 aa  41.2  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0142176 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3486  transcriptional regulator, MarR family with acetyltransferase activity  27.38 
 
 		 349 aa  41.2  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6455  transcriptional regulator, MarR family  28.1 
 
 		 162 aa  41.2  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5296  transcriptional regulator MarR family  37.68 
 
 		 149 aa  41.2  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2733  MarR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 147 aa  41.2  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0803  MarR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 157 aa  40.8  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2164  MarR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 182 aa  40.8  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245208  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  30.83 
 
 		 148 aa  41.2  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>