227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0542 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0542  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 170 aa  335  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.729564 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0090  MarR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 191 aa  102  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0236682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5455  hypothetical protein  38.75 
 
 		 180 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0119  MarR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 178 aa  89.4  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.855711 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2807  transcriptional regulator, MarR family  36.55 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0948  MarR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 177 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4831  MarR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 178 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0441993 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3566  MarR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 177 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.960131 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4672  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 		 177 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3286  transcriptional regulator, MarR family  36.52 
 
 		 197 aa  65.1  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000146824  hitchhiker  0.00725427 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0856  MarR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 352 aa  58.5  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0731  transcriptional regulator, MarR family  32.38 
 
 		 156 aa  58.2  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000118752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3858  hypothetical protein  34.94 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0253457  normal  0.0317444 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4315  hypothetical protein  37.93 
 
 		 171 aa  53.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.285013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4406  transcriptional regulator, MarR family  34.38 
 
 		 168 aa  52.4  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5740  MarR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 326 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6104  MarR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 326 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6586  MarR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 326 aa  52  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107316  normal  0.0388033 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3741  transcriptional repressor MprA  33.05 
 
 		 173 aa  51.6  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.18911 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7562  MarR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 326 aa  51.6  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.774028 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6026  MarR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 325 aa  51.6  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5089  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 145 aa  51.2  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.104919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2558  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 165 aa  51.2  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 137 aa  51.2  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6607  MarR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 329 aa  50.8  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.542838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4043  MarR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 326 aa  50.8  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  24.06 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4501  MarR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 336 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0861  MarR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 334 aa  50.4  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7499  MarR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 169 aa  50.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 165 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 165 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 165 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 165 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 165 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 165 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 165 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2224  MarR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 157 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 170 aa  48.5  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3458  transcriptional repressor MprA  33.9 
 
 		 170 aa  48.5  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0998  MarR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 155 aa  48.5  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000450999  hitchhiker  0.00423062 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3337  transcriptional repressor MprA  33.9 
 
 		 170 aa  48.5  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3200  transcriptional repressor MprA  33.9 
 
 		 170 aa  48.5  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2762  MarR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 184 aa  48.5  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.351769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1026  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 163 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2372  MarR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 157 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1506  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 163 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1482  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 163 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914228  normal  0.421582 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4647  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 163 aa  47.8  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167247  normal  0.261087 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1428  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 164 aa  47.8  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.256408 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0916  MarR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 309 aa  47.4  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1749  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 164 aa  47.4  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0321002 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1060  MarR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 162 aa  47.4  0.00009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3550  MarR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 157 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3252  transcriptional regulator, MarR family  31.94 
 
 		 151 aa  46.6  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3360  transcriptional regulator, MarR family  28.24 
 
 		 151 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1388  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 164 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0503  transcriptional regulator, MarR family  35.24 
 
 		 171 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.554707 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1971  MarR family transcriptional regulator  34 
 
 		 162 aa  47.4  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.30149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1499  MarR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 166 aa  47  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364247  normal  0.593095 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3485  regulatory protein MarR  32.33 
 
 		 167 aa  46.2  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2244  transcriptional regulator, MarR family  30.48 
 
 		 155 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7901  transcriptional regulator, MarR family  31.45 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2814  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.388946 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0889  MarR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 157 aa  46.6  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.432936  normal  0.269103 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0789  MarR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 141 aa  46.6  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.232655  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0773  MarR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 141 aa  46.6  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1491  transcriptional regulator, MarR family  25.47 
 
 		 148 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1381  transcriptional regulator, MarR family  35.45 
 
 		 167 aa  46.6  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0178  transcriptional regulator, MarR family  33.66 
 
 		 180 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0111  MarR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 142 aa  46.2  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.238503  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4610  transcriptional regulator, MarR family  38.54 
 
 		 148 aa  45.8  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  normal  0.155158 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1450  MarR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 148 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2022  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 158 aa  45.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1762  transcriptional regulator, MarR family  40.45 
 
 		 196 aa  45.8  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3928  transcriptional repressor MprA  33.05 
 
 		 176 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.500125 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0795  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 179 aa  45.8  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 168 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9024  Transcriptional regulators-like protein  31.15 
 
 		 154 aa  45.4  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1972  MarR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 146 aa  45.4  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.195696  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1638  transcriptional regulator, MarR family  29.01 
 
 		 171 aa  45.4  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207859 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00880  transcriptional regulator, MarR family  32.14 
 
 		 148 aa  45.4  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1253  MarR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 148 aa  45.1  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1226  MarR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 148 aa  45.1  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.194022  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1228  MarR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 148 aa  45.1  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1352  MarR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 148 aa  45.1  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3827  MarR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 172 aa  45.1  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.360185  normal  0.0550359 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1513  MarR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 195 aa  45.1  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139337  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43770  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 140 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3873  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  39.47 
 
 		 141 aa  45.1  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0504878 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1425  transcriptional regulator, MarR family  25.47 
 
 		 148 aa  45.1  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000689424 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3192  transcriptional repressor MprA  33.61 
 
 		 176 aa  44.7  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.885571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02504  hypothetical protein  33.61 
 
 		 176 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4487  MarR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 180 aa  44.7  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000975501  hitchhiker  0.000429514 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2806  transcriptional repressor MprA  33.61 
 
 		 176 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00193858  hitchhiker  0.00916443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2820  transcriptional repressor MprA  33.61 
 
 		 176 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1388  transcriptional regulator, MarR family  24.53 
 
 		 148 aa  44.7  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3956  transcriptional regulator, MarR family  24.53 
 
 		 148 aa  44.7  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.410327 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1023  transcriptional repressor MprA  33.61 
 
 		 176 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0388425 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5962  transcriptional regulator, MarR family  41.56 
 
 		 155 aa  44.7  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>