159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3246 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3246  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
515 aa  988    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.396208 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1268  FAD dependent oxidoreductase  53.83 
 
 
474 aa  481  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2958  FAD dependent oxidoreductase  53 
 
 
474 aa  479  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2416  FAD dependent oxidoreductase  55.96 
 
 
487 aa  474  1e-132  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.28605  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0789  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  52.11 
 
 
470 aa  459  9.999999999999999e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4519  FAD dependent oxidoreductase  50.1 
 
 
506 aa  449  1e-125  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.962314  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0335  FAD dependent oxidoreductase  47 
 
 
476 aa  445  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000674369  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2084  FAD dependent oxidoreductase  46.02 
 
 
477 aa  431  1e-119  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.424143 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3180  FAD dependent oxidoreductase  46.52 
 
 
478 aa  422  1e-117  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.882146 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03260  putative dehydrogenase  41.32 
 
 
476 aa  423  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0562  phytoene dehydrogenase  45.24 
 
 
476 aa  419  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.57864 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1238  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  50.6 
 
 
472 aa  419  1e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.690842  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2736  FAD dependent oxidoreductase  46.22 
 
 
484 aa  421  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.118695  hitchhiker  0.0000199916 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0229  FAD dependent oxidoreductase  57.66 
 
 
474 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1663  phytoene dehydrogenase, putative  49 
 
 
465 aa  416  9.999999999999999e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.638198  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0251  FAD dependent oxidoreductase  57.78 
 
 
474 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.307099  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0239  FAD dependent oxidoreductase  52.72 
 
 
505 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.771217 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0240  FAD dependent oxidoreductase  57.17 
 
 
474 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.236814  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4153  putative dehydrogenase  46.37 
 
 
479 aa  392  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3691  FAD dependent oxidoreductase  48.22 
 
 
481 aa  389  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0128787  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0268  FAD dependent oxidoreductase  47.98 
 
 
466 aa  385  1e-106  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0553  FAD dependent oxidoreductase  46.17 
 
 
472 aa  387  1e-106  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15580  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  49.6 
 
 
469 aa  382  1e-105  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0617882  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3794  FAD dependent oxidoreductase  49.9 
 
 
484 aa  381  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.116635  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3920  putative dehydrogenase  46.99 
 
 
482 aa  379  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1398  FAD dependent oxidoreductase  50.4 
 
 
469 aa  372  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.389386  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11461  dehydrogenase  46.51 
 
 
473 aa  373  1e-102  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4109  FAD dependent oxidoreductase  46.68 
 
 
491 aa  362  1e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0668634  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2860  FAD dependent oxidoreductase  43.43 
 
 
468 aa  360  5e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14190  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  46.94 
 
 
511 aa  357  3.9999999999999996e-97  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00208581  normal  0.0106814 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1909  hypothetical protein  44.55 
 
 
491 aa  344  2e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210936  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1955  hypothetical protein  44.55 
 
 
491 aa  344  2e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.689507  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1889  hypothetical protein  44.27 
 
 
476 aa  344  2e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.247314  normal  0.163069 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2127  hypothetical protein  44.47 
 
 
482 aa  343  5e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.255916  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31610  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  44.01 
 
 
503 aa  342  1e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.911892  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0818  dehydrogenase  42.75 
 
 
496 aa  335  2e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.486977 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2057  FAD dependent oxidoreductase  42.26 
 
 
487 aa  334  3e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.548507  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4235  hypothetical protein  43.68 
 
 
482 aa  332  1e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0811417  normal  0.282669 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26280  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  45.87 
 
 
477 aa  325  2e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13012  hypothetical protein  42.51 
 
 
480 aa  320  3e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0101829  normal  0.587267 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1300  FAD dependent oxidoreductase  44.12 
 
 
524 aa  317  2e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.211196  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0214  FAD dependent oxidoreductase  42.72 
 
 
491 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.942451  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17640  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  40.82 
 
 
499 aa  296  4e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.760158  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0342  FAD dependent oxidoreductase  36.35 
 
 
531 aa  250  4e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20120  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  36.07 
 
 
545 aa  247  4e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.191581  hitchhiker  0.00297894 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0805  dehydrogenase  38.91 
 
 
437 aa  244  1.9999999999999999e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3691  FAD dependent oxidoreductase  36.57 
 
 
526 aa  242  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00372447  normal  0.0717969 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1758  FAD dependent oxidoreductase  36.15 
 
 
534 aa  240  4e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.396799 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3042  FAD dependent oxidoreductase  33.82 
 
 
530 aa  236  8e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.193129 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1954  FAD dependent oxidoreductase  34.34 
 
 
560 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0214  FAD dependent oxidoreductase  49.24 
 
 
568 aa  234  4.0000000000000004e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.646521  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3026  FAD dependent oxidoreductase  33.46 
 
 
530 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3085  FAD dependent oxidoreductase  33.46 
 
 
530 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.214734  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0965  FAD dependent oxidoreductase  37.66 
 
 
528 aa  228  3e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19081  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4289  FAD dependent oxidoreductase  34.42 
 
 
528 aa  217  2.9999999999999998e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.366851  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1744  FAD dependent oxidoreductase  35.31 
 
 
534 aa  216  7e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0167987 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4056  FAD dependent oxidoreductase  35.17 
 
 
580 aa  210  4e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.194203 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1761  amine oxidase  34.26 
 
 
530 aa  192  9e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0378062  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1960  FAD dependent oxidoreductase  32.72 
 
 
523 aa  151  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1834  putative transmembrane protein  29.42 
 
 
535 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.47508  normal  0.564682 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3467  FAD dependent oxidoreductase  28.52 
 
 
533 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0648  FAD dependent oxidoreductase  28.21 
 
 
531 aa  130  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1963  FAD dependent oxidoreductase  29.75 
 
 
531 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1878  FAD dependent oxidoreductase  28.65 
 
 
523 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215591  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4444  FAD dependent oxidoreductase  28.89 
 
 
523 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2815  FAD dependent oxidoreductase  27.72 
 
 
522 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000107827  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1673  FAD dependent oxidoreductase  25.99 
 
 
537 aa  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.0012513  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7299  FAD dependent oxidoreductase  28.49 
 
 
528 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2878  amine oxidase  29.57 
 
 
527 aa  105  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.700832  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3650  FAD dependent oxidoreductase  24.53 
 
 
547 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6157  putative phytoene dehydrogenase family protein  28.22 
 
 
533 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375282  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1736  FAD dependent oxidoreductase  22.88 
 
 
556 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00685325  normal  0.215441 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1581  FAD dependent oxidoreductase  23.83 
 
 
565 aa  96.7  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.135472  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  26.22 
 
 
554 aa  96.7  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4024  FAD dependent oxidoreductase  27.68 
 
 
547 aa  95.1  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.411315  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  27.54 
 
 
510 aa  94.7  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3934  FAD dependent oxidoreductase  30.94 
 
 
549 aa  95.1  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.217875  normal  0.113832 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0308  FAD dependent oxidoreductase  28.86 
 
 
547 aa  91.7  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.733784  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5057  FAD dependent oxidoreductase  22.74 
 
 
564 aa  88.6  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0416  FAD dependent oxidoreductase  24.39 
 
 
561 aa  89.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.839972 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2659  beta-carotene ketolase  29.38 
 
 
526 aa  88.6  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2744  FAD dependent oxidoreductase  27.81 
 
 
535 aa  87.8  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.294261  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3030  FAD dependent oxidoreductase  29 
 
 
551 aa  87.4  5e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.788741  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0537  FAD dependent oxidoreductase  26.75 
 
 
533 aa  87.4  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0939614  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3492  FAD dependent oxidoreductase  29.84 
 
 
536 aa  86.7  9e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1487  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  27.02 
 
 
510 aa  86.7  9e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000619668 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0637  putative dehydrogenase  27.08 
 
 
548 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0715988 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0735  FAD dependent oxidoreductase  23.79 
 
 
563 aa  85.1  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1063  FAD dependent oxidoreductase  27.39 
 
 
545 aa  82.8  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164132  normal  0.870572 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1696  FAD dependent oxidoreductase  23.84 
 
 
524 aa  81.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.209349  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  25.04 
 
 
556 aa  82  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2365  FAD dependent oxidoreductase  29.47 
 
 
535 aa  81.3  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0283536  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3375  FAD dependent oxidoreductase  30.66 
 
 
536 aa  80.9  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0710471  hitchhiker  0.0059341 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2014  FAD dependent oxidoreductase  30.66 
 
 
552 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.166375  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2310  FAD dependent oxidoreductase  27.42 
 
 
514 aa  79.3  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.6902  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3290  amine oxidase  30.26 
 
 
545 aa  79  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3166  FAD dependent oxidoreductase  27.42 
 
 
539 aa  78.6  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3288  FAD dependent oxidoreductase  29.93 
 
 
537 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3431  amine oxidase  28.39 
 
 
529 aa  76.6  0.0000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.478071  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4029  FAD dependent oxidoreductase  29.3 
 
 
536 aa  76.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>