More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1878 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1878  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
523 aa  1030    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215591  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0648  FAD dependent oxidoreductase  57.54 
 
 
531 aa  539  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3467  FAD dependent oxidoreductase  52.78 
 
 
533 aa  535  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1963  FAD dependent oxidoreductase  58.61 
 
 
531 aa  528  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1834  putative transmembrane protein  49.14 
 
 
535 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.47508  normal  0.564682 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1960  FAD dependent oxidoreductase  41.87 
 
 
523 aa  327  3e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2815  FAD dependent oxidoreductase  38.77 
 
 
522 aa  323  5e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000107827  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20120  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  33.84 
 
 
545 aa  210  4e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.191581  hitchhiker  0.00297894 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1758  FAD dependent oxidoreductase  31.9 
 
 
534 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.396799 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0342  FAD dependent oxidoreductase  32.24 
 
 
531 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3042  FAD dependent oxidoreductase  32.31 
 
 
530 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.193129 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3691  FAD dependent oxidoreductase  32.88 
 
 
526 aa  196  6e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00372447  normal  0.0717969 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3026  FAD dependent oxidoreductase  32.63 
 
 
530 aa  196  9e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3085  FAD dependent oxidoreductase  32.63 
 
 
530 aa  196  9e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.214734  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0965  FAD dependent oxidoreductase  33.14 
 
 
528 aa  186  8e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19081  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1744  FAD dependent oxidoreductase  31.9 
 
 
534 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0167987 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1736  FAD dependent oxidoreductase  29.44 
 
 
556 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00685325  normal  0.215441 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1954  FAD dependent oxidoreductase  31.65 
 
 
560 aa  176  9e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3650  FAD dependent oxidoreductase  28.18 
 
 
547 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1696  FAD dependent oxidoreductase  27.92 
 
 
524 aa  168  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.209349  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1300  FAD dependent oxidoreductase  31.44 
 
 
524 aa  166  5.9999999999999996e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.211196  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4289  FAD dependent oxidoreductase  32.31 
 
 
528 aa  164  5.0000000000000005e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.366851  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3492  FAD dependent oxidoreductase  32.84 
 
 
536 aa  160  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0789  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  29.09 
 
 
470 aa  158  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5057  FAD dependent oxidoreductase  27.16 
 
 
564 aa  158  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2541  putative phytoene dehydrogenase  28.92 
 
 
530 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.553028 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0416  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 
561 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.839972 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1581  FAD dependent oxidoreductase  26.92 
 
 
565 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.135472  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0537  FAD dependent oxidoreductase  30.11 
 
 
533 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0939614  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0735  FAD dependent oxidoreductase  27.69 
 
 
563 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2416  FAD dependent oxidoreductase  32.82 
 
 
487 aa  150  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.28605  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  28.6 
 
 
554 aa  150  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3288  FAD dependent oxidoreductase  29.13 
 
 
537 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0308  FAD dependent oxidoreductase  29.86 
 
 
547 aa  149  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.733784  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1761  amine oxidase  31.69 
 
 
530 aa  147  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0378062  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  31.16 
 
 
510 aa  147  5e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7299  FAD dependent oxidoreductase  28.95 
 
 
528 aa  145  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4519  FAD dependent oxidoreductase  29.37 
 
 
506 aa  145  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.962314  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2878  amine oxidase  29.71 
 
 
527 aa  144  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.700832  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1673  FAD dependent oxidoreductase  27.57 
 
 
537 aa  141  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.0012513  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3934  FAD dependent oxidoreductase  29.13 
 
 
549 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.217875  normal  0.113832 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  29.42 
 
 
554 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6157  putative phytoene dehydrogenase family protein  29.2 
 
 
533 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375282  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1663  phytoene dehydrogenase, putative  29.75 
 
 
465 aa  138  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.638198  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2365  FAD dependent oxidoreductase  30.25 
 
 
535 aa  137  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0283536  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  28.03 
 
 
559 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3854  FAD dependent oxidoreductase  27.87 
 
 
530 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1268  FAD dependent oxidoreductase  28.11 
 
 
474 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3166  FAD dependent oxidoreductase  28.33 
 
 
539 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2310  FAD dependent oxidoreductase  31.52 
 
 
514 aa  135  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.6902  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1238  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  28.57 
 
 
472 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.690842  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3380  amine oxidase  32.28 
 
 
532 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2838  FAD dependent oxidoreductase  29.27 
 
 
531 aa  134  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3444  amine oxidase  32.28 
 
 
532 aa  134  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3530  oxidoreductase  28.89 
 
 
531 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3302  FAD dependent oxidoreductase  32.09 
 
 
532 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1270  FAD dependent oxidoreductase  26.59 
 
 
555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0229  FAD dependent oxidoreductase  30.44 
 
 
474 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3375  FAD dependent oxidoreductase  28.09 
 
 
536 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0710471  hitchhiker  0.0059341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2744  FAD dependent oxidoreductase  30.07 
 
 
535 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.294261  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2958  FAD dependent oxidoreductase  27.74 
 
 
474 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3174  FAD dependent oxidoreductase  28.52 
 
 
531 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.919135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4029  FAD dependent oxidoreductase  28.55 
 
 
536 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150408  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2014  FAD dependent oxidoreductase  28.67 
 
 
552 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.166375  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1398  FAD dependent oxidoreductase  27.85 
 
 
469 aa  126  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.389386  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4056  FAD dependent oxidoreductase  30.72 
 
 
580 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.194203 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0553  FAD dependent oxidoreductase  26.26 
 
 
472 aa  124  4e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1271  amine oxidase  26.48 
 
 
530 aa  124  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0226  FAD dependent oxidoreductase  24.29 
 
 
518 aa  124  5e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0948  FAD dependent oxidoreductase  30.11 
 
 
536 aa  122  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0239  FAD dependent oxidoreductase  30.31 
 
 
505 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.771217 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3246  FAD dependent oxidoreductase  27.97 
 
 
515 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.396208 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0947  FAD dependent oxidoreductase  28.97 
 
 
532 aa  120  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.239668  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04210  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  23.96 
 
 
527 aa  119  9.999999999999999e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.507647  normal  0.876413 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  24.54 
 
 
556 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0335  FAD dependent oxidoreductase  25.81 
 
 
476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000674369  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2057  FAD dependent oxidoreductase  27.76 
 
 
487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.548507  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0635  FAD dependent oxidoreductase  25.47 
 
 
516 aa  117  6.9999999999999995e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.470789 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0240  FAD dependent oxidoreductase  30.83 
 
 
474 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.236814  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  29.01 
 
 
507 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4109  FAD dependent oxidoreductase  28.38 
 
 
491 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0668634  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3180  FAD dependent oxidoreductase  26.76 
 
 
478 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.882146 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1487  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  28.68 
 
 
510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000619668 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15580  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  30.08 
 
 
469 aa  114  4.0000000000000004e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0617882  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03260  putative dehydrogenase  22.74 
 
 
476 aa  113  8.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  29.12 
 
 
508 aa  113  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4153  putative dehydrogenase  28.32 
 
 
479 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0251  FAD dependent oxidoreductase  31.21 
 
 
474 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.307099  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  26.84 
 
 
511 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  26.84 
 
 
511 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2084  FAD dependent oxidoreductase  25.52 
 
 
477 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.424143 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3431  amine oxidase  27.1 
 
 
529 aa  111  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.478071  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3691  FAD dependent oxidoreductase  28.27 
 
 
481 aa  110  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0128787  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  28.81 
 
 
508 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  27.36 
 
 
511 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11461  dehydrogenase  26.46 
 
 
473 aa  108  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  26.55 
 
 
511 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  28.49 
 
 
512 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2860  FAD dependent oxidoreductase  26.54 
 
 
468 aa  107  5e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0562  phytoene dehydrogenase  23.98 
 
 
476 aa  106  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.57864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>