More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3375 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2365  FAD dependent oxidoreductase  80.75 
 
 
535 aa  842    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0283536  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2014  FAD dependent oxidoreductase  91.98 
 
 
552 aa  979    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.166375  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3288  FAD dependent oxidoreductase  82.52 
 
 
537 aa  892    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3375  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
536 aa  1083    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0710471  hitchhiker  0.0059341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2744  FAD dependent oxidoreductase  83.36 
 
 
535 aa  858    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.294261  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0537  FAD dependent oxidoreductase  64.19 
 
 
533 aa  649    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0939614  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0308  FAD dependent oxidoreductase  65.14 
 
 
547 aa  677    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.733784  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4029  FAD dependent oxidoreductase  86.75 
 
 
536 aa  920    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150408  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6157  putative phytoene dehydrogenase family protein  79.7 
 
 
533 aa  864    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375282  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2878  amine oxidase  68.05 
 
 
527 aa  691    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.700832  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1673  FAD dependent oxidoreductase  60.26 
 
 
537 aa  630  1e-179  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.0012513  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3934  FAD dependent oxidoreductase  59.29 
 
 
549 aa  610  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.217875  normal  0.113832 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3166  FAD dependent oxidoreductase  59.11 
 
 
539 aa  606  9.999999999999999e-173  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1270  FAD dependent oxidoreductase  43.56 
 
 
555 aa  440  9.999999999999999e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0226  FAD dependent oxidoreductase  41.73 
 
 
518 aa  414  1e-114  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3492  FAD dependent oxidoreductase  44.59 
 
 
536 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0635  FAD dependent oxidoreductase  40.15 
 
 
516 aa  385  1e-105  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.470789 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3444  amine oxidase  42.62 
 
 
532 aa  343  5.999999999999999e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3380  amine oxidase  42.43 
 
 
532 aa  342  8e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1978  FAD dependent oxidoreductase  39.15 
 
 
534 aa  337  2.9999999999999997e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.413393  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3302  FAD dependent oxidoreductase  42.24 
 
 
532 aa  335  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3854  FAD dependent oxidoreductase  38.3 
 
 
530 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2541  putative phytoene dehydrogenase  38.23 
 
 
530 aa  301  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.553028 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1271  amine oxidase  35.66 
 
 
530 aa  297  4e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2838  FAD dependent oxidoreductase  38.32 
 
 
531 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3530  oxidoreductase  37.55 
 
 
531 aa  294  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3174  FAD dependent oxidoreductase  37.55 
 
 
531 aa  293  5e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.919135 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  35.16 
 
 
554 aa  283  5.000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  36.92 
 
 
554 aa  273  4.0000000000000004e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  36.35 
 
 
559 aa  271  2e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3650  FAD dependent oxidoreductase  32.86 
 
 
547 aa  249  7e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0948  FAD dependent oxidoreductase  33.14 
 
 
536 aa  248  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4024  FAD dependent oxidoreductase  32.54 
 
 
547 aa  243  6e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.411315  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  32.4 
 
 
556 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5057  FAD dependent oxidoreductase  28.65 
 
 
564 aa  225  2e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0416  FAD dependent oxidoreductase  31.35 
 
 
561 aa  224  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.839972 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0947  FAD dependent oxidoreductase  32.64 
 
 
532 aa  219  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.239668  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1736  FAD dependent oxidoreductase  28.85 
 
 
556 aa  219  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00685325  normal  0.215441 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1581  FAD dependent oxidoreductase  29.7 
 
 
565 aa  217  5e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.135472  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0735  FAD dependent oxidoreductase  28.97 
 
 
563 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  31.4 
 
 
510 aa  208  3e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1278  FAD dependent oxidoreductase  34.06 
 
 
523 aa  204  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00650672 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1960  FAD dependent oxidoreductase  33.64 
 
 
523 aa  199  9e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7299  FAD dependent oxidoreductase  31.98 
 
 
528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1505  FAD dependent oxidoreductase  32.03 
 
 
527 aa  198  3e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00846828  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2310  FAD dependent oxidoreductase  31.52 
 
 
514 aa  197  4.0000000000000005e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.6902  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3290  amine oxidase  32.3 
 
 
545 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1331  FAD dependent oxidoreductase  33.03 
 
 
531 aa  190  5e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1487  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  30.09 
 
 
510 aa  184  4.0000000000000006e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000619668 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5076  FAD dependent oxidoreductase  29.68 
 
 
520 aa  183  6e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1677  FAD dependent oxidoreductase  29.47 
 
 
519 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0648  FAD dependent oxidoreductase  31.95 
 
 
531 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0381  amine oxidase  28.79 
 
 
510 aa  171  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4888  FAD dependent oxidoreductase  29.07 
 
 
520 aa  166  9e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.162383 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1696  FAD dependent oxidoreductase  29.84 
 
 
524 aa  164  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.209349  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1268  FAD dependent oxidoreductase  30.78 
 
 
474 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2146  FAD dependent oxidoreductase  32.41 
 
 
505 aa  162  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.220753  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4505  FAD dependent oxidoreductase  28.88 
 
 
520 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.145075  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4592  FAD dependent oxidoreductase  28.88 
 
 
520 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353805  normal  0.593862 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0988  FAD dependent oxidoreductase  28.78 
 
 
528 aa  162  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2949  FAD dependent oxidoreductase  30.09 
 
 
517 aa  161  3e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2958  FAD dependent oxidoreductase  30.28 
 
 
474 aa  160  7e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3467  FAD dependent oxidoreductase  27.62 
 
 
533 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3042  FAD dependent oxidoreductase  28.49 
 
 
530 aa  153  8e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.193129 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1963  FAD dependent oxidoreductase  31.7 
 
 
531 aa  152  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3026  FAD dependent oxidoreductase  28.24 
 
 
530 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3085  FAD dependent oxidoreductase  28.24 
 
 
530 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.214734  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2659  beta-carotene ketolase  30.62 
 
 
526 aa  149  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3030  FAD dependent oxidoreductase  29.33 
 
 
551 aa  148  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.788741  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20120  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  29.51 
 
 
545 aa  146  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.191581  hitchhiker  0.00297894 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04210  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  29.32 
 
 
527 aa  144  3e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.507647  normal  0.876413 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2257  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.36 
 
 
520 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1300  FAD dependent oxidoreductase  31.24 
 
 
524 aa  140  6e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.211196  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1063  FAD dependent oxidoreductase  27.94 
 
 
545 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164132  normal  0.870572 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1878  FAD dependent oxidoreductase  28.09 
 
 
523 aa  138  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215591  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13863  dehydrogenase  26.69 
 
 
536 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3431  amine oxidase  29.82 
 
 
529 aa  137  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.478071  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5019  hypothetical protein  30.29 
 
 
516 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.579081 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4289  FAD dependent oxidoreductase  29.43 
 
 
528 aa  134  5e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.366851  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1834  putative transmembrane protein  28.42 
 
 
535 aa  133  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.47508  normal  0.564682 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0789  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  27.74 
 
 
470 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6398  amine oxidase  32.91 
 
 
504 aa  133  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0647051 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1160  FAD dependent oxidoreductase  31.72 
 
 
516 aa  129  9.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0637  putative dehydrogenase  28.97 
 
 
548 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0715988 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1663  phytoene dehydrogenase, putative  27.77 
 
 
465 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.638198  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0263  FAD dependent oxidoreductase  29.34 
 
 
513 aa  126  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1238  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  27.79 
 
 
472 aa  125  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.690842  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2157  FAD dependent oxidoreductase  26.33 
 
 
430 aa  124  6e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3180  FAD dependent oxidoreductase  27.66 
 
 
478 aa  123  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.882146 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4153  putative dehydrogenase  28.62 
 
 
479 aa  118  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1732  hypothetical protein  28.9 
 
 
520 aa  117  5e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.589428 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0965  FAD dependent oxidoreductase  30.21 
 
 
528 aa  116  7.999999999999999e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19081  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4868  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.91 
 
 
517 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0342  FAD dependent oxidoreductase  30.74 
 
 
531 aa  114  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3691  FAD dependent oxidoreductase  29.1 
 
 
526 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00372447  normal  0.0717969 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10916  oxidoreductase  28.24 
 
 
535 aa  111  3e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2416  FAD dependent oxidoreductase  27.53 
 
 
487 aa  110  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.28605  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1758  FAD dependent oxidoreductase  30.04 
 
 
534 aa  110  6e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.396799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0335  FAD dependent oxidoreductase  26.87 
 
 
476 aa  110  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000674369  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4519  FAD dependent oxidoreductase  27.58 
 
 
506 aa  109  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.962314  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>