205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2958 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1268  FAD dependent oxidoreductase  94.08 
 
 
474 aa  906    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2958  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
474 aa  962    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2084  FAD dependent oxidoreductase  58.67 
 
 
477 aa  550  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.424143 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0335  FAD dependent oxidoreductase  54.39 
 
 
476 aa  531  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000674369  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0789  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  55.79 
 
 
470 aa  523  1e-147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0562  phytoene dehydrogenase  56.08 
 
 
476 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.57864 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2736  FAD dependent oxidoreductase  56.65 
 
 
484 aa  514  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.118695  hitchhiker  0.0000199916 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2416  FAD dependent oxidoreductase  59.01 
 
 
487 aa  510  1e-143  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.28605  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1238  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  55.77 
 
 
472 aa  508  1e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.690842  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3180  FAD dependent oxidoreductase  53.53 
 
 
478 aa  500  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.882146 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1663  phytoene dehydrogenase, putative  53.86 
 
 
465 aa  494  9.999999999999999e-139  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.638198  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03260  putative dehydrogenase  49.47 
 
 
476 aa  487  1e-136  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3246  FAD dependent oxidoreductase  53 
 
 
515 aa  469  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.396208 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4519  FAD dependent oxidoreductase  51.59 
 
 
506 aa  468  1.0000000000000001e-131  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.962314  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4153  putative dehydrogenase  48.83 
 
 
479 aa  439  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3920  putative dehydrogenase  52.44 
 
 
482 aa  434  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0553  FAD dependent oxidoreductase  48.93 
 
 
472 aa  434  1e-120  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0229  FAD dependent oxidoreductase  56.17 
 
 
474 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3691  FAD dependent oxidoreductase  50.11 
 
 
481 aa  425  1e-118  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0128787  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0240  FAD dependent oxidoreductase  57.02 
 
 
474 aa  423  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.236814  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0251  FAD dependent oxidoreductase  57.02 
 
 
474 aa  421  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.307099  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11461  dehydrogenase  47.76 
 
 
473 aa  419  1e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0239  FAD dependent oxidoreductase  52.53 
 
 
505 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.771217 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0268  FAD dependent oxidoreductase  48.51 
 
 
466 aa  409  1e-113  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3794  FAD dependent oxidoreductase  49.89 
 
 
484 aa  404  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.116635  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1398  FAD dependent oxidoreductase  49.04 
 
 
469 aa  398  1e-109  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.389386  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2860  FAD dependent oxidoreductase  44.85 
 
 
468 aa  398  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4109  FAD dependent oxidoreductase  46.2 
 
 
491 aa  383  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0668634  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14190  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  47.67 
 
 
511 aa  370  1e-101  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00208581  normal  0.0106814 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15580  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  45.63 
 
 
469 aa  364  2e-99  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0617882  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26280  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  47.44 
 
 
477 aa  355  1e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31610  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  43.51 
 
 
503 aa  353  5e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.911892  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2057  FAD dependent oxidoreductase  42.89 
 
 
487 aa  351  2e-95  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.548507  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0818  dehydrogenase  41.2 
 
 
496 aa  343  4e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.486977 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1300  FAD dependent oxidoreductase  43.67 
 
 
524 aa  342  1e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.211196  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1909  hypothetical protein  44.14 
 
 
491 aa  340  5e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210936  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1955  hypothetical protein  44.14 
 
 
491 aa  340  5e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.689507  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1889  hypothetical protein  43.92 
 
 
476 aa  338  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.247314  normal  0.163069 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17640  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  41.81 
 
 
499 aa  330  3e-89  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.760158  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0214  FAD dependent oxidoreductase  42.07 
 
 
491 aa  329  7e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.942451  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2127  hypothetical protein  41.81 
 
 
482 aa  327  3e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.255916  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13012  hypothetical protein  41.45 
 
 
480 aa  325  1e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0101829  normal  0.587267 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4235  hypothetical protein  41.47 
 
 
482 aa  322  7e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0811417  normal  0.282669 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0342  FAD dependent oxidoreductase  36.44 
 
 
531 aa  276  5e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20120  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  36.53 
 
 
545 aa  261  2e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.191581  hitchhiker  0.00297894 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0805  dehydrogenase  39.66 
 
 
437 aa  258  1e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3042  FAD dependent oxidoreductase  34.82 
 
 
530 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.193129 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3026  FAD dependent oxidoreductase  34.45 
 
 
530 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3085  FAD dependent oxidoreductase  34.45 
 
 
530 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.214734  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1758  FAD dependent oxidoreductase  33.8 
 
 
534 aa  237  3e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.396799 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0214  FAD dependent oxidoreductase  44.94 
 
 
568 aa  234  3e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.646521  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1954  FAD dependent oxidoreductase  32.94 
 
 
560 aa  232  9e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4289  FAD dependent oxidoreductase  34.75 
 
 
528 aa  226  5.0000000000000005e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.366851  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3691  FAD dependent oxidoreductase  32.61 
 
 
526 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00372447  normal  0.0717969 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4056  FAD dependent oxidoreductase  34.21 
 
 
580 aa  217  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.194203 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1744  FAD dependent oxidoreductase  33.6 
 
 
534 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0167987 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0965  FAD dependent oxidoreductase  34.78 
 
 
528 aa  208  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19081  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1761  amine oxidase  34.31 
 
 
530 aa  206  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0378062  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3467  FAD dependent oxidoreductase  29.25 
 
 
533 aa  171  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0648  FAD dependent oxidoreductase  30.41 
 
 
531 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1834  putative transmembrane protein  28.63 
 
 
535 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.47508  normal  0.564682 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1963  FAD dependent oxidoreductase  31.46 
 
 
531 aa  160  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1960  FAD dependent oxidoreductase  29.47 
 
 
523 aa  158  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6157  putative phytoene dehydrogenase family protein  30.21 
 
 
533 aa  156  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375282  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4029  FAD dependent oxidoreductase  30.7 
 
 
536 aa  156  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150408  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  30.2 
 
 
510 aa  155  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2815  FAD dependent oxidoreductase  30.48 
 
 
522 aa  154  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000107827  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7299  FAD dependent oxidoreductase  30.49 
 
 
528 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3288  FAD dependent oxidoreductase  29.7 
 
 
537 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3375  FAD dependent oxidoreductase  30.28 
 
 
536 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0710471  hitchhiker  0.0059341 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2878  amine oxidase  30.96 
 
 
527 aa  147  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.700832  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1270  FAD dependent oxidoreductase  28.52 
 
 
555 aa  146  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0308  FAD dependent oxidoreductase  28.94 
 
 
547 aa  142  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.733784  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  27.79 
 
 
554 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2365  FAD dependent oxidoreductase  29.72 
 
 
535 aa  140  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0283536  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2744  FAD dependent oxidoreductase  30.71 
 
 
535 aa  140  6e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.294261  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3650  FAD dependent oxidoreductase  25.56 
 
 
547 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2014  FAD dependent oxidoreductase  30.6 
 
 
552 aa  140  7e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.166375  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0735  FAD dependent oxidoreductase  25.78 
 
 
563 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3934  FAD dependent oxidoreductase  28.55 
 
 
549 aa  139  8.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.217875  normal  0.113832 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3166  FAD dependent oxidoreductase  29.05 
 
 
539 aa  139  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0537  FAD dependent oxidoreductase  29.21 
 
 
533 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0939614  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  27.61 
 
 
559 aa  137  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1673  FAD dependent oxidoreductase  28.27 
 
 
537 aa  136  8e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.0012513  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1736  FAD dependent oxidoreductase  27.41 
 
 
556 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00685325  normal  0.215441 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5057  FAD dependent oxidoreductase  24.36 
 
 
564 aa  136  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  27.05 
 
 
554 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  27.34 
 
 
556 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1878  FAD dependent oxidoreductase  27.74 
 
 
523 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215591  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4024  FAD dependent oxidoreductase  29.15 
 
 
547 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.411315  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1581  FAD dependent oxidoreductase  25.37 
 
 
565 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.135472  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1696  FAD dependent oxidoreductase  27.22 
 
 
524 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.209349  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1487  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  29.1 
 
 
510 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000619668 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3492  FAD dependent oxidoreductase  30.02 
 
 
536 aa  120  6e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2310  FAD dependent oxidoreductase  28.52 
 
 
514 aa  119  7.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.6902  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3854  FAD dependent oxidoreductase  28.52 
 
 
530 aa  117  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4444  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 
523 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0635  FAD dependent oxidoreductase  26.15 
 
 
516 aa  109  1e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.470789 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04210  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  23.75 
 
 
527 aa  108  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.507647  normal  0.876413 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0226  FAD dependent oxidoreductase  25 
 
 
518 aa  107  3e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>