More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3288 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2365  FAD dependent oxidoreductase  80.83 
 
 
535 aa  851    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0283536  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6157  putative phytoene dehydrogenase family protein  78.76 
 
 
533 aa  859    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375282  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4029  FAD dependent oxidoreductase  79.78 
 
 
536 aa  852    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150408  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2014  FAD dependent oxidoreductase  82.52 
 
 
552 aa  869    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.166375  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3288  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
537 aa  1087    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2878  amine oxidase  67.61 
 
 
527 aa  692    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.700832  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3375  FAD dependent oxidoreductase  82.52 
 
 
536 aa  873    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0710471  hitchhiker  0.0059341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2744  FAD dependent oxidoreductase  82.14 
 
 
535 aa  848    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.294261  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0308  FAD dependent oxidoreductase  63.88 
 
 
547 aa  675    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.733784  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0537  FAD dependent oxidoreductase  62.86 
 
 
533 aa  641    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0939614  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1673  FAD dependent oxidoreductase  58.46 
 
 
537 aa  623  1e-177  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.0012513  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3934  FAD dependent oxidoreductase  58.91 
 
 
549 aa  606  9.999999999999999e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.217875  normal  0.113832 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3166  FAD dependent oxidoreductase  58.32 
 
 
539 aa  594  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1270  FAD dependent oxidoreductase  42.72 
 
 
555 aa  433  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0226  FAD dependent oxidoreductase  41.98 
 
 
518 aa  401  9.999999999999999e-111  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3492  FAD dependent oxidoreductase  44.63 
 
 
536 aa  396  1e-109  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0635  FAD dependent oxidoreductase  39.13 
 
 
516 aa  374  1e-102  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.470789 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3444  amine oxidase  43.28 
 
 
532 aa  347  4e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3380  amine oxidase  43.1 
 
 
532 aa  347  4e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3302  FAD dependent oxidoreductase  42.91 
 
 
532 aa  340  5e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1978  FAD dependent oxidoreductase  38.13 
 
 
534 aa  326  8.000000000000001e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.413393  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3854  FAD dependent oxidoreductase  37.78 
 
 
530 aa  310  5e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2541  putative phytoene dehydrogenase  38.3 
 
 
530 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.553028 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2838  FAD dependent oxidoreductase  37.52 
 
 
531 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3530  oxidoreductase  36.96 
 
 
531 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3174  FAD dependent oxidoreductase  36.96 
 
 
531 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.919135 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1271  amine oxidase  33.52 
 
 
530 aa  280  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  35.22 
 
 
554 aa  271  1e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  35.69 
 
 
559 aa  270  2.9999999999999997e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  35.69 
 
 
554 aa  270  5e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0948  FAD dependent oxidoreductase  34.03 
 
 
536 aa  246  6e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3650  FAD dependent oxidoreductase  31.74 
 
 
547 aa  244  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4024  FAD dependent oxidoreductase  32.6 
 
 
547 aa  236  7e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.411315  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  32.02 
 
 
556 aa  231  2e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1736  FAD dependent oxidoreductase  29.54 
 
 
556 aa  224  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00685325  normal  0.215441 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5057  FAD dependent oxidoreductase  28.45 
 
 
564 aa  220  3.9999999999999997e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0416  FAD dependent oxidoreductase  30.77 
 
 
561 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.839972 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1505  FAD dependent oxidoreductase  34.39 
 
 
527 aa  215  1.9999999999999998e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00846828  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1581  FAD dependent oxidoreductase  29.05 
 
 
565 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.135472  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0735  FAD dependent oxidoreductase  29.36 
 
 
563 aa  212  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0947  FAD dependent oxidoreductase  32.56 
 
 
532 aa  210  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.239668  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1278  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 
523 aa  205  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00650672 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3290  amine oxidase  33.46 
 
 
545 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1331  FAD dependent oxidoreductase  32.55 
 
 
531 aa  197  5.000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  30.04 
 
 
510 aa  197  6e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1960  FAD dependent oxidoreductase  33.27 
 
 
523 aa  196  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2310  FAD dependent oxidoreductase  30.45 
 
 
514 aa  191  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.6902  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5076  FAD dependent oxidoreductase  29.41 
 
 
520 aa  189  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1677  FAD dependent oxidoreductase  28.68 
 
 
519 aa  184  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7299  FAD dependent oxidoreductase  32.16 
 
 
528 aa  183  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4888  FAD dependent oxidoreductase  29.87 
 
 
520 aa  182  1e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.162383 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1487  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  29.06 
 
 
510 aa  180  7e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000619668 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4505  FAD dependent oxidoreductase  29.69 
 
 
520 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.145075  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4592  FAD dependent oxidoreductase  29.69 
 
 
520 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353805  normal  0.593862 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0648  FAD dependent oxidoreductase  32.51 
 
 
531 aa  176  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0381  amine oxidase  28.86 
 
 
510 aa  174  2.9999999999999996e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2146  FAD dependent oxidoreductase  33.09 
 
 
505 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.220753  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0988  FAD dependent oxidoreductase  29.1 
 
 
528 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3467  FAD dependent oxidoreductase  28.12 
 
 
533 aa  162  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3042  FAD dependent oxidoreductase  28.65 
 
 
530 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.193129 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1268  FAD dependent oxidoreductase  29.89 
 
 
474 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2958  FAD dependent oxidoreductase  29.7 
 
 
474 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5019  hypothetical protein  31.63 
 
 
516 aa  153  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.579081 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3030  FAD dependent oxidoreductase  29.72 
 
 
551 aa  151  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.788741  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3026  FAD dependent oxidoreductase  28.08 
 
 
530 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3085  FAD dependent oxidoreductase  28.08 
 
 
530 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.214734  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1963  FAD dependent oxidoreductase  31.45 
 
 
531 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1696  FAD dependent oxidoreductase  30.16 
 
 
524 aa  150  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.209349  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2949  FAD dependent oxidoreductase  29.51 
 
 
517 aa  150  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2659  beta-carotene ketolase  30.05 
 
 
526 aa  149  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1878  FAD dependent oxidoreductase  29.13 
 
 
523 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215591  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13863  dehydrogenase  26.84 
 
 
536 aa  143  7e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2257  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.08 
 
 
520 aa  140  6e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0789  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  28.09 
 
 
470 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.308572 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2157  FAD dependent oxidoreductase  25.33 
 
 
430 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1834  putative transmembrane protein  28.21 
 
 
535 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.47508  normal  0.564682 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6398  amine oxidase  32.08 
 
 
504 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0647051 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3431  amine oxidase  30.47 
 
 
529 aa  132  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.478071  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3180  FAD dependent oxidoreductase  26.49 
 
 
478 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.882146 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1238  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  28.01 
 
 
472 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.690842  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20120  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  28.49 
 
 
545 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.191581  hitchhiker  0.00297894 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04210  phytoene dehydrogenase-like oxidoreductase  27.22 
 
 
527 aa  127  7e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.507647  normal  0.876413 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1300  FAD dependent oxidoreductase  30.87 
 
 
524 aa  126  9e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.211196  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0637  putative dehydrogenase  28.39 
 
 
548 aa  126  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0715988 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10916  oxidoreductase  29.34 
 
 
535 aa  124  4e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1732  hypothetical protein  29.66 
 
 
520 aa  123  8e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.589428 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1663  phytoene dehydrogenase, putative  28.38 
 
 
465 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.638198  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1063  FAD dependent oxidoreductase  26.8 
 
 
545 aa  122  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164132  normal  0.870572 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1160  FAD dependent oxidoreductase  31.23 
 
 
516 aa  120  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0562  phytoene dehydrogenase  25.69 
 
 
476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.57864 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1339  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  29.18 
 
 
523 aa  116  8.999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.575389  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0342  FAD dependent oxidoreductase  29.02 
 
 
531 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4289  FAD dependent oxidoreductase  29.09 
 
 
528 aa  115  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.366851  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0263  FAD dependent oxidoreductase  28.04 
 
 
513 aa  115  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4868  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  29.64 
 
 
517 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0553  FAD dependent oxidoreductase  26.29 
 
 
472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8148  FAD dependent oxidoreductase  29.08 
 
 
557 aa  112  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2084  FAD dependent oxidoreductase  25.28 
 
 
477 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.424143 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0674  phytoene dehydrogenase  29.47 
 
 
529 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2416  FAD dependent oxidoreductase  28.44 
 
 
487 aa  109  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.28605  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>