102 genes were found for organism Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
RSP_3939  CDS  NC_007488  112756  113820  1065  LacI family transcription regulator  YP_345266  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3940  CDS  NC_007488  111689  112627  939  hypothetical protein  YP_345265  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3941  CDS  NC_007488  110333  111643  1311  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  YP_345264  normal  0.487085  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3942  CDS  NC_007488  109368  110333  966  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  YP_345263  normal  0.108149  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3943  CDS  NC_007488  108526  109371  846  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  YP_345262  normal  0.0114669  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3944  CDS  NC_007488  107672  108529  858  AP endonuclease  YP_345261  normal  0.0718494  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3945  CDS  NC_007488  106818  107675  858  carbohydrate kinase, PfkB  YP_345260  normal  0.082303  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3946  CDS  NC_007488  105404  106816  1413  hypothetical protein  YP_345259  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3947  CDS  NC_007488  103518  104243  726  GntR family transcriptional regulator  YP_345257  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3948  CDS  NC_007488  104224  105345  1122  ABC sugar transporter, ATPase subunit  YP_345258  normal  0.32305  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3949  CDS  NC_007488  102498  103496  999  asparaginase/glutaminase  YP_345256  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3950  CDS  NC_007488  101527  102279  753  AABC amino acid transporter, ATPase subunit  YP_345255  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3951  CDS  NC_007488  100619  101461  843  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  YP_345254  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3952  CDS  NC_007488  99890  100558  669  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  YP_345253  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3953  CDS  NC_007488  99154  99885  732  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  YP_345252  normal  0.801361  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3954  CDS  NC_007488  98921  99151  231  hypothetical protein  YP_345251  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3955  CDS  NC_007488  97425  98924  1500  argininosuccinate lyase  YP_345250  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3956  CDS  NC_007488  96319  97332  1014  sugar isomerase (SIS)  YP_345249  normal  0.612193  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3957  CDS  NC_007488  95632  96159  528  flavoprotein oxidoreductase  YP_345248  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3959  CDS  NC_007488  92579  94861  2283  hypothetical protein  YP_345246  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3962  CDS  NC_007488  90920  91720  801  3-oxoadipate enol-lactonase  YP_345244  normal  0.535477  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3963  CDS  NC_007488  90154  90909  756  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_345243  normal  0.680971  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3964  CDS  NC_007488  89424  90131  708  ABC branched chain amino acid transporter, ATPase subunit  YP_345242  normal  0.835609  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3965  CDS  NC_007488  88655  89437  783  ABC branched chain amino acid transporter, ATPase subunit  YP_345241  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3966  CDS  NC_007488  87645  88658  1014  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  YP_345240  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3967  CDS  NC_007488  86764  87645  882  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  YP_345239  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3968  CDS  NC_007488  85514  86767  1254  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  YP_345238  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3969  CDS  NC_007488  84519  85451  933  hypothetical protein  YP_345237  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3970  CDS  NC_007488  83574  84509  936  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  YP_345236  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3971  CDS  NC_007488  82655  83401  747  GntR family transcriptional regulator  YP_345235  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3972  CDS  NC_007488  81860  82651  792  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_345234  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3973  CDS  NC_007488  81382  81846  465  AsnC family transcriptional regulator  YP_345233  normal  0.918788  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3974  CDS  NC_007488  79001  81367  2367  transketolase  YP_345232  normal  0.235821  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3975  CDS  NC_007488  77510  78826  1317  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_345231  normal  0.242416  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3977  CDS  NC_007488  75213  76136  924  LysR family transcriptional regulator  YP_345228  normal  0.459808  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3978  CDS  NC_007488  73814  75046  1233  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  YP_345227  normal  0.229993  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3979  CDS  NC_007488  72749  73810  1062  ferredoxin  YP_345226  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3980  CDS  NC_007488  72059  72508  450  universal stress protein  YP_345225  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3981  CDS  NC_007488  71745  72011  267  hypothetical protein  YP_345224  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3982  CDS  NC_007488  70301  71737  1437  hypothetical protein  YP_345223  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3983  CDS  NC_007488  70026  70295  270  circadian clock KaiB-like protein  YP_345222  normal  0.644905  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3984  CDS  NC_007488  68311  70023  1713  circadian clock protein KaiC  YP_345221  normal  0.612648  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3985  CDS  NC_007488  66565  68031  1467  hypothetical protein  YP_345220  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3986  CDS  NC_007488  65293  66294  1002  hypothetical protein  YP_345219  normal  0.077735  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3988  CDS  NC_007488  62823  65204  2382  glycosyltransferase  YP_345218  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3989  CDS  NC_007488  61158  62156  999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_345216  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3990  CDS  NC_007488  59130  60320  1191  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  YP_345214  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3991  CDS  NC_007488  57879  58898  1020  hypothetical protein  YP_345213  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3992  CDS  NC_007488  57058  57738  681  hypothetical protein  YP_345212  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3993  CDS  NC_007488  53501  56839  3339  hemolysin-type calcium-binding protein  YP_345211  normal  0.515402  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3994  CDS  NC_007488  53078  53413  336  hypothetical protein  YP_345210  normal  0.170254  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3995  CDS  NC_007488  52324  52887  564  hypothetical protein  YP_345209  normal  0.420814  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3997  CDS  NC_007488  51181  52131  951  transcriptional regulator  YP_345208  normal  0.564896  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3998  CDS  NC_007488  50145  51131  987  glycine betaine transporter periplasmic subunit  YP_345207  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_3999  CDS  NC_007488  49168  50109  942  glycine betaine/L-proline ABC transporter inner membrane protein  YP_345206  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4000  CDS  NC_007488  48080  49168  1089  glycine betaine/L-proline ABC transporter ATPase  YP_345205  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4002  CDS  NC_007488  46305  47210  906  dihydrodipicolinate synthetase  YP_345203  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4003  CDS  NC_007488  44807  46303  1497  aldehyde dehydrogenase  YP_345202  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4004  CDS  NC_007488  42730  43509  780  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_345200  normal  0.132038  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4005  CDS  NC_007488  43470  44810  1341  oxidoreductase, NAD-binding site  YP_345201  normal  0.0756508  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4006  CDS  NC_007488  41999  42733  735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_345199  normal  0.563723  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4007  CDS  NC_007488  40884  41990  1107  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  YP_345198  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4008  CDS  NC_007488  39276  40829  1554  trimethylamine methyltransferase MttB-like protein  YP_345197  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4009  CDS  NC_007488  38175  39173  999  phosphotransacetylase  YP_345196  normal  0.991333  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4010  CDS  NC_007488  37146  38165  1020  hypothetical protein  YP_345195  normal  0.115969  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4011  CDS  NC_007488  35085  36866  1782  sulfoacetaldehyde acetyltransferase  YP_345194  normal  0.0930701  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4012  CDS  NC_007488  33684  35072  1389  FAD dependent oxidoreductase  YP_345193  normal  0.144376  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4013  CDS  NC_007488  33282  33677  396  hypothetical protein  YP_345192  normal  0.772114  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4014  CDS  NC_007488  31924  33264  1341  TRAP-T family transporter large inner membrane subunit DctM  YP_345191  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4015  CDS  NC_007488  31364  31924  561  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  YP_345190  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4016  CDS  NC_007488  30256  31311  1056  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  YP_345189  normal  0.807538  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4017  CDS  NC_007488  28731  30200  1470  GntR family transcriptional regulator  YP_345188  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4018  CDS  NC_007488  27710  28645  936  diguanylate cyclase  YP_345187  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4019  CDS  NC_007488  26299  27303  1005  LysR family transcriptional regulator  YP_345186  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4020    NC_007488  25696  25962  267      normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4021  CDS  NC_007488  22769  24070  1302  replication initiation protein RepC  YP_345185  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4022  CDS  NC_007488  21662  22612  951  ParB-like partition protein  YP_345184  normal  0.574096  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4023  CDS  NC_007488  20487  21665  1179  ATPase, ParA type  YP_345183  normal  0.845906  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4024  CDS  NC_007488  19541  20317  777  hypothetical protein  YP_345182  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4025  CDS  NC_007488  17973  19178  1206  major facilitator superfamily fosmidomycin resistant protein  YP_345181  normal  0.164373  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4027  CDS  NC_007488  14654  16588  1935  parallel beta-helix repeat-containing protein  YP_345179  normal  0.644383  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4028  CDS  NC_007488  13573  14637  1065  acyltransferase  YP_345178  normal  0.0653522  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4029  CDS  NC_007488  12357  13256  900  carbohydrate kinase, PfkB  YP_345177  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4030  CDS  NC_007488  11462  12331  870  tagatose 1,6-diphosphate aldolase  YP_345176  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4031  CDS  NC_007488  10377  11432  1056  3-isopropylmalate dehydrogenase  YP_345175  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4032  CDS  NC_007488  8935  10380  1446  succinate semialdehyde dehydrogenase  YP_345174  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4033  CDS  NC_007488  7843  8856  1014  Zinc-containing alcohol dehydrogenase  YP_345173  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4034  CDS  NC_007488  6757  7815  1059  ABC sugar transporter, ATPase subunit  YP_345172  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4035  CDS  NC_007488  5912  6724  813  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  YP_345171  normal  0.443536  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4037  CDS  NC_007488  3642  4931  1290  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  YP_345169  normal  0.0204263  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4038  CDS  NC_007488  2641  3468  828  DeoR family transcriptional regulator  YP_345168  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4039  CDS  NC_007488  1733  2095  363  hypothetical protein  YP_345167  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_4040    NC_007488  621  1421  801      normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_7124  CDS  NC_007488  62278  62826  549  hypothetical protein  YP_345217  normal  0.0729746  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_7166  CDS  NC_007488  76416  76712  297  hypothetical protein  YP_345229  normal  0.600167  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_7172  CDS  NC_007488  60354  60761  408  hypothetical protein  YP_345215  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_7366  CDS  NC_007488  5076  5912  837  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  YP_345170  normal  0.0828384  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_7367  CDS  NC_007488  16621  17685  1065  AbrB protein (AidB regulator)  YP_345180  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_7368  CDS  NC_007488  47228  47980  753  GntR family transcriptional regulator  YP_345204  normal  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
RSP_7369  CDS  NC_007488  76848  77507  660  two component transcriptional regulator  YP_345230  normal  0.175011  n/a    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>