More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3989 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
332 aa  666    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  82.08 
 
 
332 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.79 
 
 
304 aa  272  7e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.365657  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.17 
 
 
316 aa  236  3e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.63 
 
 
310 aa  230  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
315 aa  221  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.24 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.87 
 
 
339 aa  197  3e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.443287 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.86 
 
 
345 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.82 
 
 
335 aa  183  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.43 
 
 
292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.21 
 
 
296 aa  181  1e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
319 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.312436  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
308 aa  178  9e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
292 aa  176  3e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0303  UDP-glucose 4-epimerase, putative  30.1 
 
 
314 aa  176  4e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
292 aa  176  7e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.49 
 
 
309 aa  175  9e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.14 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0257  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.32 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0338  UDP-glucose 4-epimerase  29.77 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0954433  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.95 
 
 
310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0323  UDP-glucose 4-epimerase  29.18 
 
 
315 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.428855  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
302 aa  172  1e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0308  UDP-glucose 4-epimerase  29.55 
 
 
314 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1255  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.84 
 
 
325 aa  170  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.410518  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
309 aa  169  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.31 
 
 
306 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3929  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0421817 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
310 aa  163  3e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.06 
 
 
309 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.65 
 
 
318 aa  159  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.31 
 
 
305 aa  158  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
311 aa  156  4e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
313 aa  155  7e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.86 
 
 
312 aa  155  8e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.13 
 
 
317 aa  155  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  31.94 
 
 
302 aa  154  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.04 
 
 
325 aa  152  7e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.57 
 
 
331 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.65 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
312 aa  147  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.21 
 
 
310 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
312 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
316 aa  145  1e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1081  UDP-glucose 4-epimerase  30.96 
 
 
321 aa  144  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000142619  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
320 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
314 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0608  UDP-glucose 4-epimerase  30.84 
 
 
324 aa  144  3e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000293819  hitchhiker  0.00261597 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.44 
 
 
330 aa  144  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.63 
 
 
313 aa  144  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  36.88 
 
 
328 aa  142  9e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
310 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0263  UDP-glucose 4-epimerase, C-terminus  29.41 
 
 
257 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
314 aa  142  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
310 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  33.13 
 
 
324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2187  UDP-galactose 4-epimerase  33.85 
 
 
327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.93 
 
 
329 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.63 
 
 
314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  36.14 
 
 
320 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
310 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1427  UDP-glucose 4-epimerase  36.11 
 
 
337 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.60129 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0418  UDP-glucose 4-epimerase  30.34 
 
 
326 aa  137  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1089  UDP-glucose 4-epimerase  31.99 
 
 
323 aa  138  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.55 
 
 
304 aa  138  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0320  UDP-galactose 4-epimerase  34.57 
 
 
332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0041  UDP-glucose 4-epimerase  31.6 
 
 
337 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0576  UDP-glucose 4-epimerase  29.25 
 
 
325 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  31.9 
 
 
328 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
309 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
331 aa  135  9e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0436408  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  31.27 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1597  UDP-glucose 4-epimerase  34.44 
 
 
337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.903427  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0043  UDP-glucose 4-epimerase  31.29 
 
 
337 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.27 
 
 
330 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  37.03 
 
 
329 aa  134  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
388 aa  133  3.9999999999999996e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
309 aa  133  5e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0186  UDP-galactose 4-epimerase  31.15 
 
 
354 aa  133  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.347724  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  35.06 
 
 
337 aa  132  6.999999999999999e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3237  UDP-glucose 4-epimerase  30.37 
 
 
328 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.218159  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
330 aa  132  7.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 
328 aa  132  9e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  28.34 
 
 
307 aa  132  9e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5381  UDP-glucose 4-epimerase  30.54 
 
 
338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  31.9 
 
 
332 aa  130  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1769  UDP-glucose 4-epimerase  34.17 
 
 
320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.818465  normal  0.0921457 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>