More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4198 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
345 aa  693    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.32 
 
 
319 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.312436  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.31 
 
 
314 aa  222  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0954433  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.21 
 
 
308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.34 
 
 
316 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  42.86 
 
 
332 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.86 
 
 
332 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
304 aa  195  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.365657  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.59 
 
 
339 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.443287 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.79 
 
 
310 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.82 
 
 
307 aa  181  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.05 
 
 
335 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1255  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.44 
 
 
325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.410518  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.79 
 
 
305 aa  162  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.84 
 
 
312 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
296 aa  161  2e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
292 aa  157  2e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34 
 
 
292 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
292 aa  156  4e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
310 aa  155  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
309 aa  155  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0257  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
315 aa  154  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
302 aa  154  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 
309 aa  153  4e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0303  UDP-glucose 4-epimerase, putative  28.15 
 
 
314 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0323  UDP-glucose 4-epimerase  28.38 
 
 
315 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.428855  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
315 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0338  UDP-glucose 4-epimerase  28.15 
 
 
314 aa  149  5e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0308  UDP-glucose 4-epimerase  27.48 
 
 
314 aa  149  7e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.82 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
310 aa  147  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
313 aa  145  9e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
310 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
310 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
306 aa  143  6e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.22 
 
 
306 aa  142  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
310 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.9 
 
 
310 aa  137  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0263  UDP-glucose 4-epimerase, C-terminus  32.68 
 
 
257 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
330 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.03 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
325 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1343  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 
322 aa  130  3e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.78 
 
 
303 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
310 aa  130  3e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0671  UDP-glucose 4-epimerase  28.94 
 
 
327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.23 
 
 
318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
334 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.245783 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34716  nad-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.75 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
339 aa  125  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
314 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4205  UDP-glucose 4-epimerase  33.02 
 
 
318 aa  124  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
306 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
314 aa  123  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3365  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
335 aa  123  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 
305 aa  123  5e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0593  UDP-glucose 4-epimerase  31.09 
 
 
339 aa  122  8e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.64 
 
 
312 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
313 aa  122  9e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3869  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27 
 
 
335 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.629775  normal  0.828763 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 
314 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.07 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3929  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0421817 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
334 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.387989  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1566  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
319 aa  120  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13324  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
332 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00157026  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1848  UDP-glucose 4-epimerase  32.07 
 
 
337 aa  120  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  32.55 
 
 
313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08531  UDP-glucose 4-epimerase  30.33 
 
 
348 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.264639  hitchhiker  0.00180619 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_26862  nad-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
408 aa  119  6e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.095088  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.59 
 
 
315 aa  119  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.72 
 
 
331 aa  119  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4903  UDP-glucose 4-epimerase  31.94 
 
 
320 aa  119  7e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.027411  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
337 aa  119  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169098 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25441  UDP-glucose-4-epimerase  31.27 
 
 
348 aa  119  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.8826 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
310 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13665  UDP-glucose 4-epimerase galE1  31.25 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0159869 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.18 
 
 
304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 
315 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
310 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  30.16 
 
 
309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
309 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
335 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.984482  normal  0.365956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  30.16 
 
 
309 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  27.81 
 
 
302 aa  116  5e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
348 aa  116  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0212169 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0221  UDP-galactose 4-epimerase  30.4 
 
 
347 aa  115  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  decreased coverage  0.000600389  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
313 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.376158  normal  0.0242286 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1563  UDP-glucose 4-epimerase  31.99 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>