124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3959 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3959  hypothetical protein  100 
 
 
760 aa  1501    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1514  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  36.53 
 
 
399 aa  210  8e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376766  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1537  acyl-CoA dehydrogenase type 2  36.53 
 
 
399 aa  210  8e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3194  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31.69 
 
 
384 aa  189  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.351078  normal  0.333251 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5211  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  32.96 
 
 
391 aa  189  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0854163  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5299  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.96 
 
 
391 aa  189  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.205227  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5591  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.96 
 
 
391 aa  189  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.158031 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3440  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31.88 
 
 
386 aa  177  8e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.292634  normal  0.869283 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4006  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.08 
 
 
411 aa  150  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05205  hypothetical protein  28.72 
 
 
393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0918769  normal  0.0217925 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6104  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  29.73 
 
 
394 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0738  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.34 
 
 
386 aa  128  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2837  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.08 
 
 
399 aa  127  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.360168  normal  0.755858 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3621  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  30.03 
 
 
413 aa  124  7e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1020  Acyl-CoA dehydrogenase-like  25.41 
 
 
361 aa  123  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000439336  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1367  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.21 
 
 
397 aa  122  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4200  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.95 
 
 
393 aa  121  6e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.729166  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2555  putative acyl CooA deshydrogenase  26.46 
 
 
424 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.580555 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4295  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.75 
 
 
376 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3894  Acyl-CoA dehydrogenase-like  28.61 
 
 
386 aa  112  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3521  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.43 
 
 
397 aa  112  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0664779 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3905  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.99 
 
 
397 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.936592 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2500  Acyl-CoA dehydrogenase-like  28.45 
 
 
397 aa  111  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284322  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5083  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.68 
 
 
397 aa  111  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.267797 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2308  hypothetical protein  30.75 
 
 
405 aa  109  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126795  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3615  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.29 
 
 
397 aa  108  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0960663  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5351  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.17 
 
 
397 aa  107  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.901542  normal  0.800296 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6111  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  30.27 
 
 
405 aa  107  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3809  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.25 
 
 
387 aa  107  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2161  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  29.84 
 
 
392 aa  105  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0323  phenol hydroxylase, putative  29.1 
 
 
398 aa  104  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.932551  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2207  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.36 
 
 
389 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.853509  normal  0.40701 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1823  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.65 
 
 
396 aa  102  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0994847  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4068  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.6 
 
 
434 aa  102  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0717814  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1633  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain-containing protein  25.7 
 
 
402 aa  100  8e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.464804 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5077  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.01 
 
 
399 aa  100  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  0.184833 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1183  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  28.02 
 
 
404 aa  96.7  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.576313 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2708  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.15 
 
 
390 aa  95.9  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0696  hypothetical protein  24.61 
 
 
406 aa  94  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.103838  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2879  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.24 
 
 
390 aa  93.6  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4184  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.95 
 
 
388 aa  92.4  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.229185 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4780  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.85 
 
 
403 aa  90.5  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1567  Acyl-CoA dehydrogenase-like  25.86 
 
 
418 aa  89.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.029301  normal  0.0603177 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2671  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.73 
 
 
390 aa  89.4  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00505359  normal  0.0674396 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13111  hypothetical protein  29.82 
 
 
376 aa  89.4  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5062  possible oxidoreductase  25 
 
 
427 aa  88.6  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4085  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  28.44 
 
 
394 aa  87.8  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4703  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  25.2 
 
 
393 aa  87.8  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6974  acyl-CoA dehydrogenase-like protein  26.29 
 
 
393 aa  86.3  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.503826 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2635  acyl-CoA dehydrogenase type 2  23.16 
 
 
392 aa  84.7  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.430531  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2605  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  23.16 
 
 
392 aa  84.3  0.000000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2649  acyl-CoA dehydrogenase type 2  23.16 
 
 
392 aa  84.3  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0318  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  25.81 
 
 
393 aa  83.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.193328  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0328  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.81 
 
 
393 aa  83.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.105819 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0309  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.81 
 
 
393 aa  84  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2133  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  25.65 
 
 
396 aa  83.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.422165  normal  0.537266 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2089  acyl-CoA dehydrogenase type 2  23.98 
 
 
392 aa  83.6  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.878616  normal  0.0250211 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3845  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  30.43 
 
 
391 aa  82.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.414034  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4084  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  26.67 
 
 
394 aa  82.8  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2776  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.86 
 
 
388 aa  82.4  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.576785  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0937  putative pigment protein  29.73 
 
 
409 aa  82  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4548  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.93 
 
 
393 aa  81.3  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.277841 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5530  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  25.32 
 
 
433 aa  80.5  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.061721  decreased coverage  0.00000254455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0705  putative oxidoreductase, MmfH  24.28 
 
 
385 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000202929  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2892  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.32 
 
 
393 aa  79.3  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.846301 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1828  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.86 
 
 
389 aa  79  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.463674  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3691  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.95 
 
 
403 aa  78.6  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3748  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.95 
 
 
403 aa  78.6  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5311  indole dioxygenase  27.82 
 
 
427 aa  78.6  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3188  acyl-CoA dehydrogenase type 2  22.83 
 
 
389 aa  78.2  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4709  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  29.38 
 
 
394 aa  77.8  0.0000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4795  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.38 
 
 
394 aa  77.8  0.0000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5094  acyl-CoA dehydrogenase type 2  29.38 
 
 
394 aa  77.8  0.0000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.195483 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3018  putative acyl-CoA dehydrogenase  23.39 
 
 
390 aa  76.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.394232  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5308  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.87 
 
 
394 aa  76.3  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0842748 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3744  acyl-CoA dehydrogenase type 2  23.83 
 
 
390 aa  76.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1010  Acyl-CoA dehydrogenase  21.93 
 
 
405 aa  75.9  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13603  oxidoreductase  28.35 
 
 
394 aa  75.1  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.601758 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4091  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  24.43 
 
 
392 aa  73.9  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1536  acyl-CoA dehydrogenase type 2  23.76 
 
 
397 aa  73.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307066  hitchhiker  0.00234859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3090  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.93 
 
 
404 aa  72.8  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0412654  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3519  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  24.66 
 
 
394 aa  72  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.734065  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0920  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  26.83 
 
 
394 aa  72  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.897315  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5074  oxidoreductase  22.87 
 
 
468 aa  71.6  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.207548  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0902  hypothetical protein  27.86 
 
 
402 aa  71.2  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000160111  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4707  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  25.53 
 
 
395 aa  71.2  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1542  hypothetical protein  26.36 
 
 
413 aa  70.1  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0941275  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1413  Acyl-CoA dehydrogenase-like  26.29 
 
 
397 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.465411  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15060  oxidoreductase  24.08 
 
 
397 aa  70.5  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0529359  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3337  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.34 
 
 
400 aa  69.7  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4447  acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  23.97 
 
 
398 aa  69.3  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1463  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.07 
 
 
394 aa  68.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5725  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  27.4 
 
 
410 aa  68.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2129  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.84 
 
 
407 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.556044  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3406  Acyl-CoA dehydrogenase  27.69 
 
 
409 aa  68.2  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3505  acyl-CoA dehydrogenase type 2  22.42 
 
 
389 aa  67  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0636117  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5219  oxidoreductase  24.33 
 
 
433 aa  67.4  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1846  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0933  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.87 
 
 
397 aa  66.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3508  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  22.03 
 
 
388 aa  65.9  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.115117  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1234  putative hydrolase  28.41 
 
 
370 aa  64.3  0.000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>