More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3971 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  501  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 251 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 236 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 236 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  38.63 
 
 		 226 aa  138  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 238 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 237 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 280 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 217 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 238 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  39.73 
 
 		 234 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 266 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 236 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 249 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  39.13 
 
 		 244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  33.94 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 237 aa  122  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 234 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 221 aa  119  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 239 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  39.34 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 226 aa  116  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 227 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  37.88 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  35.2 
 
 		 227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.42 
 
 		 221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.52 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.52 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.52 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.52 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.52 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  37.65 
 
 		 221 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.65 
 
 		 221 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.04 
 
 		 221 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  37.04 
 
 		 221 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.27 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 240 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.04 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 230 aa  105  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.02 
 
 		 221 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  37.11 
 
 		 240 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  37.75 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 222 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 244 aa  99.8  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 236 aa  97.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 225 aa  94.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 233 aa  93.6  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 219 aa  92.8  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  30.84 
 
 		 229 aa  92.4  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 262 aa  89.7  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 		 251 aa  88.6  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 235 aa  87  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2902  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 237 aa  87  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.270812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 218 aa  86.3  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  28.16 
 
 		 218 aa  85.1  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  32.77 
 
 		 232 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  35.33 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 231 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 218 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 217 aa  78.2  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 214 aa  78.2  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.59 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>