More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3999 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3999  glycine betaine/L-proline ABC transporter inner membrane protein  100 
 
 
313 aa  610  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  54.87 
 
 
321 aa  316  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.11 
 
 
317 aa  315  5e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  55.23 
 
 
400 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  53.42 
 
 
355 aa  306  3e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  52.41 
 
 
400 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  54.52 
 
 
392 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  55.05 
 
 
354 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  54.72 
 
 
354 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  52.56 
 
 
374 aa  300  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  54.72 
 
 
354 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  51.77 
 
 
422 aa  300  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  54.72 
 
 
354 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  54.72 
 
 
354 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  51.13 
 
 
356 aa  296  4e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  53.09 
 
 
354 aa  295  6e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  52.44 
 
 
388 aa  295  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  53.09 
 
 
354 aa  295  6e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  52.44 
 
 
388 aa  295  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  53.09 
 
 
354 aa  295  7e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  53.09 
 
 
354 aa  295  8e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.09 
 
 
354 aa  295  8e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  53.09 
 
 
354 aa  295  8e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  53.09 
 
 
354 aa  295  8e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  53.09 
 
 
354 aa  295  8e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  53.09 
 
 
354 aa  295  8e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  52.44 
 
 
388 aa  294  1e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
383 aa  293  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.62 
 
 
399 aa  292  5e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.16 
 
 
451 aa  289  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.95 
 
 
357 aa  288  9e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
400 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  50.16 
 
 
363 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
400 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.71 
 
 
305 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870156 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  47.47 
 
 
662 aa  265  7e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.69 
 
 
283 aa  251  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.65 
 
 
283 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.65 
 
 
283 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.65 
 
 
283 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.28 
 
 
283 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.74 
 
 
301 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
290 aa  226  5.0000000000000005e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 
285 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
304 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  50.82 
 
 
301 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.6 
 
 
294 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50.41 
 
 
299 aa  222  7e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  46.06 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.35 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  47.52 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
295 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  47.11 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.16 
 
 
300 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4909  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
295 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206817  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.37 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.37 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.37 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.37 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.37 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.37 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  47.52 
 
 
298 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
298 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
298 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 
272 aa  218  7e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  47.52 
 
 
298 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
298 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
296 aa  218  8.999999999999998e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00558212  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
296 aa  218  8.999999999999998e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987878  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4236  putative permease  43.77 
 
 
299 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.886971  unclonable  0.0000000000487453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
314 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.515354  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
281 aa  217  2e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
278 aa  217  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.58 
 
 
316 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0670806  normal  0.08515 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  47.37 
 
 
298 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
321 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.19 
 
 
293 aa  215  7e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  46.61 
 
 
301 aa  215  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.13 
 
 
278 aa  215  9e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
299 aa  215  9e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000686  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  45.04 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3058  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  43.69 
 
 
303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.05 
 
 
282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  43.24 
 
 
283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.98 
 
 
376 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00873954  hitchhiker  0.00370513 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  48.75 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06563  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  47.45 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
513 aa  212  7.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.14374  normal  0.536593 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.79 
 
 
294 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.37 
 
 
283 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.05 
 
 
283 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.88 
 
 
295 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.21928 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
283 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000687252  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  46.96 
 
 
283 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
293 aa  208  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  47.3 
 
 
300 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  46.41 
 
 
280 aa  206  3e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  47.3 
 
 
300 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>