More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_5108 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  100 
 
 
298 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  98.66 
 
 
298 aa  585  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  97.32 
 
 
298 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.32 
 
 
298 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  95.64 
 
 
298 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  93 
 
 
300 aa  556  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  92.67 
 
 
300 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  92.67 
 
 
300 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  92.67 
 
 
300 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  92.67 
 
 
300 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  92.67 
 
 
300 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  92.67 
 
 
300 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  88.59 
 
 
298 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  87.67 
 
 
301 aa  522  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  84.18 
 
 
298 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  84.12 
 
 
300 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  84.12 
 
 
300 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.34 
 
 
294 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.23 
 
 
290 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  63.16 
 
 
301 aa  331  8e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  62.78 
 
 
299 aa  329  4e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.41 
 
 
301 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.35 
 
 
294 aa  318  7e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.11 
 
 
295 aa  316  3e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.57 
 
 
376 aa  278  6e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.73 
 
 
281 aa  271  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.79 
 
 
278 aa  268  1e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.08 
 
 
289 aa  264  2e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01120  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  48.57 
 
 
298 aa  263  3e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  53.16 
 
 
280 aa  263  4e-69  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16981  ABC transporter,membrane component, glycine betaine/proline family protein  51.82 
 
 
304 aa  260  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.659645 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.53 
 
 
283 aa  259  4e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 
278 aa  258  7e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
292 aa  256  2e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.43 
 
 
272 aa  255  5e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  50 
 
 
283 aa  255  6e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  50.56 
 
 
283 aa  255  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1541  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  50.74 
 
 
573 aa  252  7e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.11623  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.25 
 
 
283 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  49.26 
 
 
283 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.54 
 
 
295 aa  249  4e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0552935  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.42 
 
 
283 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.42 
 
 
283 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.42 
 
 
283 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.42 
 
 
283 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  46.18 
 
 
356 aa  248  6e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.26 
 
 
283 aa  248  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.95 
 
 
293 aa  248  1e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  47.86 
 
 
363 aa  247  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
277 aa  247  2e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.281492  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.14 
 
 
285 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
279 aa  245  6.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0079247  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.78 
 
 
317 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
277 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  47.37 
 
 
274 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  52.77 
 
 
321 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
277 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  48.72 
 
 
388 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  47.39 
 
 
276 aa  243  3e-63  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  44.84 
 
 
575 aa  242  3.9999999999999997e-63  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  48.52 
 
 
400 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  48.35 
 
 
388 aa  242  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  48.35 
 
 
388 aa  242  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
281 aa  242  6e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.542152 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  47.45 
 
 
294 aa  242  6e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.21 
 
 
278 aa  242  7e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
281 aa  240  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.568603  normal  0.226426 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.13 
 
 
282 aa  240  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0358  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  49.09 
 
 
571 aa  239  5.999999999999999e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.963399  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  46.49 
 
 
400 aa  238  6.999999999999999e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
451 aa  238  8e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  44.09 
 
 
303 aa  238  1e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
383 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0320  choline ABC transporter, permease protein  45.93 
 
 
281 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
288 aa  238  1e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.119845  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  46.84 
 
 
392 aa  236  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.13 
 
 
281 aa  236  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730123  normal  0.990887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0295  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.56 
 
 
281 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  hitchhiker  0.0000339096 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  45.85 
 
 
355 aa  236  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2929  polysaccharide/polyol phosphate ABC transporter permease  52.36 
 
 
415 aa  236  3e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  46.27 
 
 
374 aa  236  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4913  choline ABC transporter, permease protein  45.62 
 
 
281 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00412098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.81 
 
 
357 aa  236  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
281 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247617  normal  0.0422792 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
399 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.26 
 
 
287 aa  236  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.659983  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  45.72 
 
 
422 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.95 
 
 
409 aa  236  5.0000000000000005e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.584645  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
277 aa  235  7e-61  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.316827  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.35 
 
 
300 aa  234  9e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.72 
 
 
280 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
279 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423644  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.4 
 
 
283 aa  233  3e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000490097  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
293 aa  233  4.0000000000000004e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0674  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.1 
 
 
279 aa  232  6e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000586111  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
282 aa  232  7.000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000739779  decreased coverage  0.0000000000305889 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.2 
 
 
321 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1066  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  47.21 
 
 
633 aa  229  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>