More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2520 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
383 aa  743    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.48 
 
 
451 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.57 
 
 
400 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.65 
 
 
399 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.62 
 
 
400 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  57.58 
 
 
422 aa  387  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  57.3 
 
 
400 aa  386  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  58.69 
 
 
388 aa  382  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  58.69 
 
 
388 aa  382  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  58.69 
 
 
388 aa  382  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.23 
 
 
357 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  59.3 
 
 
355 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  54.31 
 
 
392 aa  376  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  58.67 
 
 
374 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  58.06 
 
 
354 aa  371  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  57.78 
 
 
354 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  58.33 
 
 
354 aa  371  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  57.78 
 
 
354 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  56.59 
 
 
400 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  58.06 
 
 
354 aa  371  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  57.78 
 
 
354 aa  367  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  57.78 
 
 
354 aa  367  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  61.13 
 
 
356 aa  366  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  66.78 
 
 
354 aa  362  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  61.67 
 
 
321 aa  362  8e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  66.44 
 
 
354 aa  362  9e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.44 
 
 
354 aa  362  9e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  66.44 
 
 
354 aa  362  9e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  66.44 
 
 
354 aa  362  9e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  66.44 
 
 
354 aa  362  9e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  66.44 
 
 
354 aa  361  9e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  52.5 
 
 
363 aa  360  3e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.67 
 
 
317 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.24 
 
 
305 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870156 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  52.28 
 
 
662 aa  308  1.0000000000000001e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
283 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.88 
 
 
283 aa  292  6e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.88 
 
 
283 aa  292  8e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.88 
 
 
283 aa  292  8e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.88 
 
 
283 aa  292  8e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3999  glycine betaine/L-proline ABC transporter inner membrane protein  56.49 
 
 
313 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.37 
 
 
304 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
314 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.515354  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  46.18 
 
 
301 aa  252  6e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.15 
 
 
299 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
290 aa  251  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
316 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0670806  normal  0.08515 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
301 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
278 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.93 
 
 
294 aa  247  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
272 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.19 
 
 
295 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  43.48 
 
 
301 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  45.56 
 
 
298 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  45.93 
 
 
300 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
298 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
298 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  44.89 
 
 
298 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.6 
 
 
294 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  46.49 
 
 
298 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.56 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.56 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.56 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.56 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.56 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.56 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.56 
 
 
298 aa  236  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48 
 
 
296 aa  236  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00558212  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48 
 
 
296 aa  236  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987878  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
298 aa  235  8e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  44.81 
 
 
298 aa  235  8e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2574  ABC transporter membrane spanning protein  46.24 
 
 
304 aa  235  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
278 aa  234  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
281 aa  235  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  45.19 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 
293 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  47.89 
 
 
321 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  46.13 
 
 
283 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  45.93 
 
 
276 aa  229  4e-59  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  45.2 
 
 
283 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.18 
 
 
277 aa  229  6e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  45.55 
 
 
283 aa  229  8e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.55 
 
 
283 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  45.56 
 
 
274 aa  228  1e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.55 
 
 
283 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  44 
 
 
652 aa  228  1e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
292 aa  227  3e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
300 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
289 aa  224  2e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.81 
 
 
282 aa  224  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 
293 aa  223  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.1 
 
 
295 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4909  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
295 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206817  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01120  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  44.48 
 
 
298 aa  222  7e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1066  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  45.82 
 
 
633 aa  222  7e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
283 aa  222  9.999999999999999e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000490097  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  44.07 
 
 
300 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
282 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636525  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4236  putative permease  45.07 
 
 
299 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.886971  unclonable  0.0000000000487453 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
376 aa  219  6e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>