More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4060 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
290 aa  568  1e-161  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  69.37 
 
 
301 aa  374  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72 
 
 
294 aa  373  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  69.96 
 
 
298 aa  368  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  68.86 
 
 
298 aa  368  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  69.23 
 
 
298 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.23 
 
 
298 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  69.23 
 
 
298 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.23 
 
 
298 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.23 
 
 
298 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  68.86 
 
 
298 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  68.86 
 
 
300 aa  363  1e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  68.86 
 
 
300 aa  363  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  68.5 
 
 
300 aa  363  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  68.86 
 
 
300 aa  363  1e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  68.86 
 
 
300 aa  363  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  68.86 
 
 
300 aa  363  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  68.86 
 
 
300 aa  363  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  68.13 
 
 
298 aa  360  1e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  69.74 
 
 
300 aa  350  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  69.37 
 
 
300 aa  349  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  61.51 
 
 
301 aa  317  2e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  61.13 
 
 
299 aa  314  8e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.13 
 
 
301 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.91 
 
 
294 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.93 
 
 
295 aa  298  7e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.39 
 
 
278 aa  284  2.0000000000000002e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.38 
 
 
281 aa  276  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.04 
 
 
376 aa  276  4e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  52.9 
 
 
280 aa  271  9e-72  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.43 
 
 
278 aa  270  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  50.53 
 
 
400 aa  269  5e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  50.53 
 
 
422 aa  268  8.999999999999999e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  50.88 
 
 
400 aa  267  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  50.36 
 
 
355 aa  266  2.9999999999999995e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.09 
 
 
283 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  50.36 
 
 
392 aa  262  6e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  51.09 
 
 
283 aa  262  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  50.36 
 
 
374 aa  260  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  46.4 
 
 
356 aa  261  1e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  50.91 
 
 
283 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16981  ABC transporter,membrane component, glycine betaine/proline family protein  54.18 
 
 
304 aa  259  4e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.659645 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  51.11 
 
 
283 aa  258  6e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.11 
 
 
283 aa  258  9e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.91 
 
 
317 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.08 
 
 
400 aa  257  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.08 
 
 
400 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  48.7 
 
 
363 aa  257  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.74 
 
 
283 aa  256  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.19 
 
 
272 aa  256  3e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.54 
 
 
283 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  50.18 
 
 
388 aa  255  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  50.18 
 
 
388 aa  255  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  50.18 
 
 
388 aa  255  7e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.54 
 
 
283 aa  255  8e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.54 
 
 
283 aa  255  8e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.54 
 
 
283 aa  255  8e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  51.8 
 
 
354 aa  254  9e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  51.8 
 
 
354 aa  254  9e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  51.8 
 
 
354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.8 
 
 
354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  51.8 
 
 
354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  51.8 
 
 
354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.79 
 
 
399 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  51.8 
 
 
354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  51.8 
 
 
354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  51.44 
 
 
354 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  50.72 
 
 
354 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  50.36 
 
 
354 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  50.36 
 
 
354 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  50.36 
 
 
354 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  50.36 
 
 
354 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.79 
 
 
357 aa  252  6e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48 
 
 
321 aa  251  7e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.28 
 
 
279 aa  251  7e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0079247  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1541  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  50 
 
 
573 aa  251  7e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.11623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
451 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
383 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.06 
 
 
283 aa  250  2e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000490097  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.08 
 
 
292 aa  246  4e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.44 
 
 
289 aa  245  8e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.45 
 
 
279 aa  244  9e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.49 
 
 
285 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  49.45 
 
 
321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  46.97 
 
 
662 aa  244  1.9999999999999999e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  47.45 
 
 
652 aa  242  5e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.45 
 
 
282 aa  242  6e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  48.36 
 
 
274 aa  240  2e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 
283 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
276 aa  237  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
277 aa  236  3e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.281492  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  44.69 
 
 
575 aa  236  3e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.46 
 
 
278 aa  236  4e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0674  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.45 
 
 
279 aa  236  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000586111  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01120  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  48.5 
 
 
298 aa  236  4e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2497  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.23 
 
 
278 aa  236  4e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0773919  normal  0.709864 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2815  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.23 
 
 
278 aa  235  6e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0040082  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
280 aa  235  6e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
278 aa  235  7e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  49.62 
 
 
294 aa  234  9e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>