More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_01120 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_01120  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  100 
 
 
298 aa  578  1e-164  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.12 
 
 
289 aa  308  5.9999999999999995e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  58.55 
 
 
303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.71 
 
 
292 aa  296  2e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  55.21 
 
 
294 aa  296  4e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.71 
 
 
281 aa  282  5.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.44 
 
 
288 aa  271  7e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.119845  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.9 
 
 
295 aa  270  2e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0552935  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2929  polysaccharide/polyol phosphate ABC transporter permease  57.02 
 
 
415 aa  268  5.9999999999999995e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26210  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  53.53 
 
 
310 aa  268  8e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
278 aa  265  5e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
278 aa  264  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.21 
 
 
307 aa  264  1e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  48.57 
 
 
298 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  49.29 
 
 
298 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.57 
 
 
298 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.57 
 
 
298 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  48.93 
 
 
298 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.93 
 
 
298 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  48.57 
 
 
298 aa  262  6e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.27 
 
 
294 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.86 
 
 
298 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  48.21 
 
 
298 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.09 
 
 
409 aa  259  4e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.584645  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  47.5 
 
 
300 aa  258  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  49.27 
 
 
274 aa  258  8e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.86 
 
 
300 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.86 
 
 
300 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.86 
 
 
300 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.86 
 
 
300 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.86 
 
 
300 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.55 
 
 
272 aa  258  1e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.86 
 
 
300 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50.18 
 
 
299 aa  256  3e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  47.45 
 
 
276 aa  256  3e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  46.43 
 
 
301 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  50.18 
 
 
301 aa  256  5e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  48.93 
 
 
300 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  48.73 
 
 
280 aa  253  3e-66  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  48.93 
 
 
300 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.81 
 
 
301 aa  248  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.44 
 
 
282 aa  248  1e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.25 
 
 
276 aa  246  4e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.74 
 
 
279 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0079247  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  48.38 
 
 
400 aa  240  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1541  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  48.89 
 
 
573 aa  237  2e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.11623  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.5 
 
 
290 aa  236  4e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  45.8 
 
 
356 aa  235  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  47.18 
 
 
388 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  47.18 
 
 
388 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
376 aa  233  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  47.18 
 
 
388 aa  233  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  45.83 
 
 
374 aa  231  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
294 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  45.49 
 
 
392 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  44.91 
 
 
355 aa  231  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  46.98 
 
 
400 aa  230  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  46.98 
 
 
422 aa  230  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
279 aa  229  4e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423644  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0320  choline ABC transporter, permease protein  46.42 
 
 
281 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06177  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  43.96 
 
 
280 aa  228  8e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  44.72 
 
 
363 aa  228  8e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0463  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.42 
 
 
281 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
277 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4710  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.42 
 
 
281 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.42 
 
 
357 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.11 
 
 
295 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.83 
 
 
283 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000687252  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4913  choline ABC transporter, permease protein  46.04 
 
 
281 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00412098 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0295  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.66 
 
 
281 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  hitchhiker  0.0000339096 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.66 
 
 
281 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247617  normal  0.0422792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  45.61 
 
 
354 aa  223  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  45.61 
 
 
354 aa  223  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
451 aa  223  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  45.61 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  45.61 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  45.61 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  45.61 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  45.61 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  45.61 
 
 
354 aa  223  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
383 aa  222  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0358  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  45.61 
 
 
571 aa  222  6e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.963399  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
317 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
280 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.54971  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.53 
 
 
287 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.659983  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.542152 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  44.29 
 
 
321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  45.26 
 
 
354 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  44.91 
 
 
354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  44.91 
 
 
354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
282 aa  219  3.9999999999999997e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000739779  decreased coverage  0.0000000000305889 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  40.5 
 
 
575 aa  219  5e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  45.39 
 
 
283 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
400 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  44.56 
 
 
354 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.84 
 
 
283 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3282  ABC transporter membrane spanning protein (proline/glycine betaine)  46.49 
 
 
281 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  44.56 
 
 
354 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>