More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0363 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
283 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  93.64 
 
 
283 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  92.93 
 
 
283 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  90.81 
 
 
283 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  91.17 
 
 
283 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.52 
 
 
281 aa  425  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730123  normal  0.990887 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  68.89 
 
 
321 aa  359  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.47 
 
 
282 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636525  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.47 
 
 
282 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.54 
 
 
285 aa  332  4e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1066  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  61.09 
 
 
633 aa  325  6e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.82 
 
 
299 aa  322  6e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.873064  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.14 
 
 
300 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  56.99 
 
 
652 aa  303  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.62 
 
 
283 aa  279  3e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000490097  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1086  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  55.63 
 
 
646 aa  279  4e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.809733  normal  0.592465 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.35 
 
 
279 aa  277  2e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.437993  normal  0.22836 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
299 aa  265  5e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4236  putative permease  50 
 
 
299 aa  264  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.886971  unclonable  0.0000000000487453 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000686  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  50.72 
 
 
299 aa  264  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.75 
 
 
295 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06563  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  51.25 
 
 
299 aa  262  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4909  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.49 
 
 
295 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206817  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.55 
 
 
295 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.21928 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.1 
 
 
294 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
298 aa  257  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00873954  hitchhiker  0.00370513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
282 aa  258  1e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000739779  decreased coverage  0.0000000000305889 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 
290 aa  256  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.39 
 
 
278 aa  256  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  52.94 
 
 
280 aa  256  3e-67  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.29 
 
 
296 aa  254  8e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00558212  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.29 
 
 
296 aa  254  8e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987878  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
283 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000687252  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  50.19 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.32 
 
 
293 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.14 
 
 
276 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.26 
 
 
298 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  49.63 
 
 
274 aa  252  6e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.81 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.81 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.81 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.81 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.81 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.81 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  49.26 
 
 
298 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.25 
 
 
298 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  49.25 
 
 
298 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.25 
 
 
298 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  49.25 
 
 
298 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.25 
 
 
298 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  50 
 
 
298 aa  248  7e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  48.13 
 
 
298 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  47.76 
 
 
301 aa  244  8e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  49.82 
 
 
301 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.81 
 
 
294 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.82 
 
 
299 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.94 
 
 
295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 
301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0674  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50.78 
 
 
279 aa  243  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000586111  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.81 
 
 
280 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.91 
 
 
279 aa  242  5e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0079247  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2574  ABC transporter membrane spanning protein  46.67 
 
 
304 aa  241  9e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3058  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  47.53 
 
 
303 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.53 
 
 
303 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
282 aa  239  4e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  48.34 
 
 
662 aa  237  2e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  48.3 
 
 
300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.81 
 
 
357 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
279 aa  233  3e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423644  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  47.39 
 
 
276 aa  231  8.000000000000001e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.28 
 
 
281 aa  231  1e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.68 
 
 
278 aa  231  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
317 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
283 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.85 
 
 
321 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  47.92 
 
 
300 aa  229  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
279 aa  229  4e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.55 
 
 
383 aa  228  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  43.9 
 
 
388 aa  228  1e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.68 
 
 
278 aa  227  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0116658  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  43.9 
 
 
388 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
289 aa  227  2e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  43.9 
 
 
388 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
451 aa  226  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  46.27 
 
 
400 aa  225  6e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.88 
 
 
280 aa  225  7e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.54971  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0358  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  46.15 
 
 
571 aa  224  9e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.963399  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  43.42 
 
 
303 aa  224  1e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
272 aa  224  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1541  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  45.45 
 
 
573 aa  224  1e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.11623  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  46.27 
 
 
422 aa  223  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  46.42 
 
 
355 aa  223  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  46.1 
 
 
374 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
277 aa  222  4e-57  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.72 
 
 
399 aa  223  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.69 
 
 
303 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.224794 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2815  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.86 
 
 
278 aa  221  8e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0040082  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  50.94 
 
 
575 aa  221  9e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
277 aa  221  9e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>