More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2574 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2574  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 
304 aa  611  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
303 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3058  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  66.67 
 
 
303 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.35 
 
 
303 aa  387  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.224794 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.82 
 
 
296 aa  374  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00558212  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.82 
 
 
296 aa  374  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987878  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
295 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.21928 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.07 
 
 
295 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4909  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.07 
 
 
295 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206817  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06563  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  59.79 
 
 
299 aa  371  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000686  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  60.14 
 
 
299 aa  370  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.79 
 
 
298 aa  369  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00873954  hitchhiker  0.00370513 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.5 
 
 
293 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4236  putative permease  60.07 
 
 
299 aa  364  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.886971  unclonable  0.0000000000487453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.72 
 
 
299 aa  362  4e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  48.94 
 
 
283 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.94 
 
 
283 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  48.42 
 
 
283 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  48.42 
 
 
283 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.67 
 
 
283 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
281 aa  239  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730123  normal  0.990887 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
383 aa  235  7e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  43.75 
 
 
400 aa  231  1e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.36 
 
 
294 aa  230  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.17 
 
 
301 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  50.18 
 
 
321 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  43.96 
 
 
356 aa  229  6e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  50.2 
 
 
280 aa  228  9e-59  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4934  amino acid ABC transporter, permease protein  45.36 
 
 
346 aa  228  9e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  44.84 
 
 
355 aa  228  9e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 
285 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  56.73 
 
 
299 aa  228  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  56.73 
 
 
301 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  44.09 
 
 
400 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  43.75 
 
 
388 aa  227  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 
290 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  44.09 
 
 
422 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  43.4 
 
 
388 aa  225  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  43.4 
 
 
388 aa  225  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  44.19 
 
 
374 aa  225  7e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  42.21 
 
 
575 aa  224  2e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  43.59 
 
 
321 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  42.12 
 
 
392 aa  223  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
399 aa  223  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  46.24 
 
 
354 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  46.24 
 
 
354 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  45.88 
 
 
354 aa  222  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
278 aa  221  9e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  46.26 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  46.26 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  44.24 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  48 
 
 
298 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.44 
 
 
357 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1066  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  46.64 
 
 
633 aa  220  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  44.24 
 
 
298 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
298 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  48 
 
 
298 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  42.75 
 
 
363 aa  220  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
283 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  44.8 
 
 
652 aa  219  5e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  45.52 
 
 
354 aa  219  5e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  45.16 
 
 
354 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.16 
 
 
354 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  45.16 
 
 
354 aa  218  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  45.16 
 
 
354 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  43.87 
 
 
298 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  43.49 
 
 
300 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  45.16 
 
 
354 aa  218  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  45.16 
 
 
354 aa  218  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  45.16 
 
 
354 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  45.16 
 
 
354 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
400 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.15 
 
 
283 aa  217  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.165975 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  45.08 
 
 
294 aa  217  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
294 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.52 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.52 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.52 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.52 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.52 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.85 
 
 
282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
451 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
400 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.52 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  47.11 
 
 
301 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
289 aa  216  4e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.12 
 
 
283 aa  215  8e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.712139 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
281 aa  214  9.999999999999999e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  46.47 
 
 
274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1541  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  47.31 
 
 
573 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.11623  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.46 
 
 
279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.437993  normal  0.22836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.36 
 
 
317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000490097  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.56 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
376 aa  212  5.999999999999999e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  48.44 
 
 
300 aa  212  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>