More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1846 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  598  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00873954  hitchhiker  0.00370513 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4236  putative permease  92.95 
 
 
299 aa  554  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.886971  unclonable  0.0000000000487453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.61 
 
 
299 aa  544  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06563  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  82.37 
 
 
299 aa  494  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000686  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  81.36 
 
 
299 aa  486  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4909  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.33 
 
 
295 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206817  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
295 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.6 
 
 
293 aa  403  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.87 
 
 
295 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.21928 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.27 
 
 
296 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00558212  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.27 
 
 
296 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987878  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2574  ABC transporter membrane spanning protein  59.79 
 
 
304 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.19 
 
 
303 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3058  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  57.19 
 
 
303 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.82 
 
 
303 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.224794 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  52.51 
 
 
283 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.12 
 
 
283 aa  265  8e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  50.96 
 
 
283 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  50.96 
 
 
283 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.26 
 
 
283 aa  257  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.69 
 
 
281 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730123  normal  0.990887 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  49.82 
 
 
321 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.4 
 
 
285 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1066  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  45.19 
 
 
633 aa  235  6e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.57 
 
 
283 aa  228  1e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000490097  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.48 
 
 
279 aa  227  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.437993  normal  0.22836 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.41 
 
 
282 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636525  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.35 
 
 
278 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.38 
 
 
299 aa  225  8e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  43.66 
 
 
575 aa  224  1e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  46.38 
 
 
301 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  41.36 
 
 
652 aa  224  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.25 
 
 
357 aa  223  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.57 
 
 
294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.58 
 
 
290 aa  222  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.25 
 
 
301 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.77 
 
 
451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.66 
 
 
282 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
399 aa  219  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.72 
 
 
383 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  48.15 
 
 
400 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.83 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.873064  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.14 
 
 
282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000739779  decreased coverage  0.0000000000305889 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
292 aa  216  4e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.79 
 
 
278 aa  216  5e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
400 aa  216  5e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4934  amino acid ABC transporter, permease protein  46.64 
 
 
346 aa  215  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
400 aa  215  8e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.24 
 
 
376 aa  215  9e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  45.82 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  47.2 
 
 
363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  47.27 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.87 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.8 
 
 
278 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1086  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  43.77 
 
 
646 aa  212  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.809733  normal  0.592465 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 
289 aa  212  5.999999999999999e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  46.79 
 
 
280 aa  212  5.999999999999999e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
272 aa  209  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
276 aa  210  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.15 
 
 
283 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000687252  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  47.21 
 
 
298 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
298 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
298 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
298 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  46.09 
 
 
662 aa  209  4e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.21 
 
 
298 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
298 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  45.02 
 
 
294 aa  209  5e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
281 aa  209  5e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  47.28 
 
 
355 aa  209  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  47.21 
 
 
298 aa  209  7e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  45.53 
 
 
388 aa  208  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  45.53 
 
 
388 aa  208  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  45.53 
 
 
388 aa  209  7e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8402  choline ABC transporter, permease protein  43.02 
 
 
285 aa  208  8e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.144264  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
298 aa  208  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  45.56 
 
 
400 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  46.35 
 
 
300 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  45.97 
 
 
422 aa  208  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.3 
 
 
283 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.3 
 
 
283 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  41.02 
 
 
374 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.5 
 
 
317 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.3 
 
 
283 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.3 
 
 
283 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.04 
 
 
300 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.04 
 
 
300 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.04 
 
 
300 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.04 
 
 
300 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.04 
 
 
300 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.04 
 
 
300 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.78 
 
 
298 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.12 
 
 
295 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  45.83 
 
 
356 aa  205  6e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3999  glycine betaine/L-proline ABC transporter inner membrane protein  42.71 
 
 
313 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  41.28 
 
 
354 aa  204  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  41.28 
 
 
354 aa  204  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>