More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4236 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4236  putative permease  100 
 
 
299 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.886971  unclonable  0.0000000000487453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.65 
 
 
299 aa  579  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.95 
 
 
298 aa  554  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00873954  hitchhiker  0.00370513 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06563  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  81.27 
 
 
299 aa  498  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000686  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  80.27 
 
 
299 aa  489  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.95 
 
 
293 aa  400  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4909  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.24 
 
 
295 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206817  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.9 
 
 
295 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.86 
 
 
295 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.21928 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.73 
 
 
296 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00558212  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.73 
 
 
296 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987878  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2574  ABC transporter membrane spanning protein  60.07 
 
 
304 aa  364  1e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
303 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3058  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  56.25 
 
 
303 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.92 
 
 
303 aa  338  9e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.224794 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.35 
 
 
283 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  50 
 
 
283 aa  269  5e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  49.65 
 
 
283 aa  265  7e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
283 aa  264  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  49.29 
 
 
283 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.56 
 
 
285 aa  253  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.14 
 
 
281 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730123  normal  0.990887 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  49.82 
 
 
321 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1066  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  43.32 
 
 
633 aa  233  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.35 
 
 
278 aa  229  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.4 
 
 
282 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636525  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  43.77 
 
 
652 aa  228  1e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.74 
 
 
283 aa  226  4e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000490097  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.93 
 
 
451 aa  225  7e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
279 aa  225  8e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.437993  normal  0.22836 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.93 
 
 
282 aa  224  9e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000739779  decreased coverage  0.0000000000305889 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.58 
 
 
299 aa  223  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  47.58 
 
 
301 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.84 
 
 
357 aa  223  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.39 
 
 
290 aa  222  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  43.07 
 
 
575 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.91 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  49.07 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  43.62 
 
 
400 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.61 
 
 
282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.07 
 
 
383 aa  220  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
399 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
289 aa  218  1e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  42.65 
 
 
301 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
317 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
292 aa  217  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.8 
 
 
299 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.873064  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1086  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  45.68 
 
 
646 aa  216  4e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.809733  normal  0.592465 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
278 aa  216  5e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.13 
 
 
400 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.13 
 
 
400 aa  215  7e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  41.61 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  45.91 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.91 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.91 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  43.27 
 
 
298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.8 
 
 
272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.35 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  45.35 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  46.46 
 
 
388 aa  212  5.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  46.46 
 
 
388 aa  212  5.999999999999999e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  46.46 
 
 
388 aa  212  5.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  47.64 
 
 
300 aa  212  7e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  51.21 
 
 
298 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  50.48 
 
 
298 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.31 
 
 
376 aa  211  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  41.38 
 
 
356 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  45.42 
 
 
294 aa  210  2e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4934  amino acid ABC transporter, permease protein  41.89 
 
 
346 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
300 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
300 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
300 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  42.16 
 
 
355 aa  209  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  47.43 
 
 
374 aa  209  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.4 
 
 
283 aa  209  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3999  glycine betaine/L-proline ABC transporter inner membrane protein  43.58 
 
 
313 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  46.77 
 
 
422 aa  208  8e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.21 
 
 
298 aa  208  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
276 aa  208  8e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  51.36 
 
 
400 aa  208  9e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  47.6 
 
 
363 aa  208  9e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  45.66 
 
 
280 aa  208  1e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
281 aa  207  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2929  polysaccharide/polyol phosphate ABC transporter permease  49.06 
 
 
415 aa  207  2e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.7 
 
 
409 aa  206  3e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.584645  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  44.57 
 
 
300 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  42.86 
 
 
354 aa  206  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  42.86 
 
 
354 aa  206  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  42.71 
 
 
354 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  42.71 
 
 
354 aa  206  4e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  42.71 
 
 
354 aa  206  4e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  42.71 
 
 
354 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  42.71 
 
 
354 aa  206  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>