More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1436 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
513 aa  1014    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.14374  normal  0.536593 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2781  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase/permease fusion protein, putative  46.46 
 
 
698 aa  256  8e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2774  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase/permease fusion protein, putative  44.77 
 
 
698 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  42.45 
 
 
363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  44.23 
 
 
283 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  44.23 
 
 
283 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.45 
 
 
283 aa  211  2e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000490097  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
293 aa  209  9e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.02 
 
 
357 aa  207  5e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.69 
 
 
283 aa  206  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
278 aa  206  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.03 
 
 
276 aa  205  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
294 aa  204  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.69 
 
 
283 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  42.69 
 
 
283 aa  204  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
282 aa  203  6e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000739779  decreased coverage  0.0000000000305889 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 
383 aa  203  7e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  41.76 
 
 
652 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
283 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  41.83 
 
 
356 aa  201  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0674  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  42.34 
 
 
279 aa  201  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000586111  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  40.3 
 
 
662 aa  201  3e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
283 aa  199  7e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000687252  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3999  glycine betaine/L-proline ABC transporter inner membrane protein  44.48 
 
 
313 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.29 
 
 
282 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
293 aa  198  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0358  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  41 
 
 
571 aa  198  2.0000000000000003e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.963399  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
299 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.873064  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
282 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636525  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.09 
 
 
278 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.72 
 
 
279 aa  196  9e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0079247  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  40.54 
 
 
321 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  39.86 
 
 
422 aa  196  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  41.92 
 
 
321 aa  196  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  41 
 
 
300 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
295 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
400 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
400 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
281 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.568603  normal  0.226426 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
281 aa  195  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.542152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
281 aa  195  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730123  normal  0.990887 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
399 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
281 aa  194  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  38.81 
 
 
355 aa  194  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
282 aa  194  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  40.56 
 
 
374 aa  194  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  40.61 
 
 
300 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  40.61 
 
 
300 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  40.61 
 
 
300 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  40.61 
 
 
300 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  40.61 
 
 
300 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  40.61 
 
 
300 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  39.62 
 
 
301 aa  193  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  41.7 
 
 
392 aa  193  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  39.22 
 
 
400 aa  193  7e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8402  choline ABC transporter, permease protein  40.91 
 
 
285 aa  193  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.144264  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  39.86 
 
 
388 aa  192  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  39.86 
 
 
388 aa  192  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  40.77 
 
 
298 aa  192  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3093  choline ABC transporter, permease protein  42.75 
 
 
285 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499951  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  39.86 
 
 
388 aa  192  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
296 aa  192  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00558212  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
296 aa  192  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987878  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  41.31 
 
 
400 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  40.23 
 
 
298 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  40.77 
 
 
298 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
279 aa  191  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423644  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2574  ABC transporter membrane spanning protein  39.72 
 
 
304 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
298 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.62 
 
 
298 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  39.23 
 
 
274 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
294 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
283 aa  190  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
283 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  40.38 
 
 
298 aa  191  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
283 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16981  ABC transporter,membrane component, glycine betaine/proline family protein  43.97 
 
 
304 aa  190  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.659645 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
298 aa  191  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
283 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  40.15 
 
 
280 aa  190  4e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
298 aa  191  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
279 aa  190  5e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.437993  normal  0.22836 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06177  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  39.7 
 
 
280 aa  190  5.999999999999999e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  39.86 
 
 
354 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  46.31 
 
 
276 aa  189  8e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  39.51 
 
 
354 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  39.51 
 
 
354 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  39.51 
 
 
354 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  39.51 
 
 
354 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
304 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.31 
 
 
287 aa  188  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.659983  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
305 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870156 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  41.15 
 
 
354 aa  187  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  41.15 
 
 
354 aa  187  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
298 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00873954  hitchhiker  0.00370513 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  41.15 
 
 
354 aa  187  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
278 aa  187  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
300 aa  187  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  41.15 
 
 
354 aa  187  5e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>