More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3093 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_3093  choline ABC transporter, permease protein  100 
 
 
285 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499951  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2824  choline ABC transporter, permease protein  88.61 
 
 
281 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730549  normal  0.134346 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.5 
 
 
281 aa  438  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.542152 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3282  ABC transporter membrane spanning protein (proline/glycine betaine)  78.06 
 
 
281 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1525  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  67.15 
 
 
278 aa  350  1e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1580  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  66.79 
 
 
278 aa  348  6e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0852  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.74 
 
 
284 aa  337  9e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.147655  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.74 
 
 
278 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.15 
 
 
278 aa  337  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.202095  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2180  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  63.74 
 
 
284 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.87 
 
 
283 aa  333  2e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.327714 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.59 
 
 
327 aa  328  5.0000000000000004e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00444085  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.03 
 
 
281 aa  318  6e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.568603  normal  0.226426 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8402  choline ABC transporter, permease protein  60.66 
 
 
285 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.144264  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06177  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  58.21 
 
 
280 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4710  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.26 
 
 
281 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0463  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  59.26 
 
 
281 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0295  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  59.4 
 
 
281 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  hitchhiker  0.0000339096 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.4 
 
 
281 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247617  normal  0.0422792 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0320  choline ABC transporter, permease protein  59.33 
 
 
281 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4913  choline ABC transporter, permease protein  58.96 
 
 
281 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00412098 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.19 
 
 
287 aa  294  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.659983  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000362  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  59.25 
 
 
266 aa  290  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.620061  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2074  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  55.84 
 
 
291 aa  289  3e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.728826  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71020  putative BC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  56.73 
 
 
279 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0988  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.71 
 
 
286 aa  270  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6162  choline ABC transporter permease  56.36 
 
 
279 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
278 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.91 
 
 
301 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  49.64 
 
 
301 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
272 aa  240  2e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  50 
 
 
299 aa  238  5.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  49.81 
 
 
274 aa  236  4e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.92 
 
 
283 aa  236  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  49.26 
 
 
280 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
278 aa  233  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  48.7 
 
 
276 aa  232  6e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
283 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
283 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
283 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
283 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
294 aa  228  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  45.96 
 
 
303 aa  228  1e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.11 
 
 
279 aa  226  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423644  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.36 
 
 
293 aa  227  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.86 
 
 
278 aa  227  2e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2815  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.48 
 
 
278 aa  226  3e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0040082  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2795  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.48 
 
 
278 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.159834  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2497  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.48 
 
 
278 aa  225  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0773919  normal  0.709864 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
282 aa  225  7e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
289 aa  224  8e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
281 aa  224  9e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
278 aa  224  1e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0116658  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.99 
 
 
298 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.99 
 
 
298 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  47.99 
 
 
298 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2596  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease  48.48 
 
 
278 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2548  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  48.48 
 
 
278 aa  223  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000537684  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2515  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  48.48 
 
 
278 aa  224  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.328738  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2837  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.48 
 
 
278 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.148231  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2785  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  48.48 
 
 
278 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.79114  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  46.55 
 
 
300 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2792  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.48 
 
 
278 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0105765 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  48.34 
 
 
294 aa  223  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  47.99 
 
 
298 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  46.79 
 
 
298 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.55 
 
 
300 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.55 
 
 
300 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.55 
 
 
300 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.55 
 
 
300 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.55 
 
 
300 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.55 
 
 
300 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  44.74 
 
 
575 aa  221  8e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
295 aa  221  9e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0552935  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  45.42 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.62 
 
 
298 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  47.62 
 
 
298 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
290 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.55 
 
 
288 aa  217  2e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  45.72 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01120  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  46.21 
 
 
298 aa  216  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26210  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  45.25 
 
 
310 aa  215  5e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
288 aa  214  9.999999999999999e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.119845  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.53 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.28 
 
 
292 aa  211  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1541  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  45.16 
 
 
573 aa  211  1e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.11623  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
295 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.04 
 
 
278 aa  210  3e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
294 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
317 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.79 
 
 
279 aa  207  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.62 
 
 
307 aa  207  2e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.8 
 
 
285 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
277 aa  206  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
277 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
283 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.59 
 
 
376 aa  206  4e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
282 aa  206  4e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000739779  decreased coverage  0.0000000000305889 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  45.42 
 
 
283 aa  205  8e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  45.42 
 
 
283 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>