More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1556 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
288 aa  551  1e-156  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.94 
 
 
293 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  52.22 
 
 
274 aa  276  4e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
278 aa  270  2.9999999999999997e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  51.08 
 
 
280 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.5 
 
 
289 aa  265  5.999999999999999e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  49.26 
 
 
276 aa  262  6e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.1 
 
 
283 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.89 
 
 
278 aa  258  6e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.31 
 
 
301 aa  258  6e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.37 
 
 
292 aa  258  6e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  52.12 
 
 
299 aa  257  2e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.65 
 
 
283 aa  257  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  47.76 
 
 
301 aa  256  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  52.12 
 
 
301 aa  256  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
272 aa  256  3e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.28 
 
 
282 aa  256  3e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  48.51 
 
 
298 aa  255  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.51 
 
 
300 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.51 
 
 
300 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.51 
 
 
300 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.51 
 
 
300 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.51 
 
 
300 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.51 
 
 
300 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
294 aa  254  8e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.51 
 
 
298 aa  255  8e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  48.51 
 
 
300 aa  254  8e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.46 
 
 
281 aa  254  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
278 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0116658  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.13 
 
 
298 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  49.82 
 
 
294 aa  253  3e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.13 
 
 
298 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  48.13 
 
 
298 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.08 
 
 
276 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  48.13 
 
 
298 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.13 
 
 
298 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  48.51 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  47.76 
 
 
298 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
294 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  47.45 
 
 
298 aa  250  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.29 
 
 
283 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.67 
 
 
295 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.94 
 
 
283 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.94 
 
 
283 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.94 
 
 
283 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  45.16 
 
 
303 aa  249  5e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.52 
 
 
277 aa  246  3e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.281492  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  48.51 
 
 
300 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
277 aa  245  6.999999999999999e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2929  polysaccharide/polyol phosphate ABC transporter permease  57.48 
 
 
415 aa  245  6.999999999999999e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 
283 aa  244  9e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000687252  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.52 
 
 
277 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
281 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.542152 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
279 aa  240  2e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423644  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
277 aa  240  2e-62  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.316827  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
383 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.14 
 
 
295 aa  238  5.999999999999999e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0552935  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
288 aa  238  8e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.119845  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
277 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3093  choline ABC transporter, permease protein  50.55 
 
 
285 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499951  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.84 
 
 
283 aa  236  4e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.712139 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26210  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  50.94 
 
 
310 aa  235  7e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
285 aa  235  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.18 
 
 
409 aa  234  9e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.584645  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3282  ABC transporter membrane spanning protein (proline/glycine betaine)  47.81 
 
 
281 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.74 
 
 
283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0381143  normal  0.921004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2824  choline ABC transporter, permease protein  49.63 
 
 
281 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730549  normal  0.134346 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.73 
 
 
279 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
278 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.45 
 
 
279 aa  233  3e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0079247  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.67 
 
 
290 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.53 
 
 
280 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.54971  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.84 
 
 
283 aa  233  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.165975 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
278 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2815  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.4 
 
 
278 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0040082  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  48.87 
 
 
283 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2795  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.23 
 
 
278 aa  231  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.159834  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  44.17 
 
 
321 aa  231  9e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01120  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  44.07 
 
 
298 aa  231  9e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.12 
 
 
283 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.38 
 
 
451 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.48 
 
 
280 aa  230  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  45.82 
 
 
392 aa  230  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2548  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  46.04 
 
 
278 aa  229  3e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000537684  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  45.82 
 
 
388 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  45.82 
 
 
388 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  46.21 
 
 
400 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0993  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 
281 aa  229  5e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0874142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2497  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  47.43 
 
 
278 aa  229  5e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0773919  normal  0.709864 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  45.29 
 
 
374 aa  229  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8402  choline ABC transporter, permease protein  46.35 
 
 
285 aa  229  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.144264  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  46.13 
 
 
283 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  45.49 
 
 
363 aa  228  7e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  47.55 
 
 
283 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2837  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.04 
 
 
278 aa  228  8e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.148231  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2596  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease  46.04 
 
 
278 aa  228  8e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2515  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  46.04 
 
 
278 aa  228  8e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.328738  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2785  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  46.04 
 
 
278 aa  228  8e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.79114  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
300 aa  228  8e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>