More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4023 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  100 
 
 
392 aa  804    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  67.77 
 
 
394 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  67.95 
 
 
395 aa  569  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  68.7 
 
 
399 aa  561  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  68.56 
 
 
407 aa  551  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  62.15 
 
 
397 aa  520  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  63.99 
 
 
410 aa  508  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  63.73 
 
 
405 aa  503  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  62.34 
 
 
387 aa  499  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  62.47 
 
 
405 aa  501  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  61.48 
 
 
409 aa  500  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  62.98 
 
 
408 aa  499  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.18 
 
 
400 aa  496  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  63.07 
 
 
420 aa  493  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.49 
 
 
397 aa  488  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  60.1 
 
 
404 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60.67 
 
 
397 aa  488  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  60.15 
 
 
397 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  60.15 
 
 
397 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.18 
 
 
398 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  60.15 
 
 
405 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  60.2 
 
 
420 aa  481  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  59.54 
 
 
408 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.75 
 
 
405 aa  475  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.18 
 
 
404 aa  474  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  61.3 
 
 
405 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  60.93 
 
 
405 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  60.26 
 
 
398 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  60.61 
 
 
398 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60.88 
 
 
401 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.8 
 
 
408 aa  461  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.61 
 
 
404 aa  458  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  56.41 
 
 
405 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  56.41 
 
 
405 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  57.94 
 
 
403 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  57.47 
 
 
397 aa  442  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  57.22 
 
 
397 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  57.96 
 
 
408 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  56.6 
 
 
371 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  57.22 
 
 
398 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  58.58 
 
 
402 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.58 
 
 
398 aa  420  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  50.39 
 
 
405 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  51.3 
 
 
404 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  51.27 
 
 
408 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  53.47 
 
 
408 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  49.34 
 
 
403 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  48.83 
 
 
404 aa  360  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  49.09 
 
 
404 aa  349  5e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  47.81 
 
 
391 aa  348  8e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  45.34 
 
 
400 aa  346  4e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.86 
 
 
400 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.68 
 
 
383 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.48 
 
 
405 aa  189  9e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.06 
 
 
401 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.73 
 
 
399 aa  179  9e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.51 
 
 
401 aa  177  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.12 
 
 
466 aa  172  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.05 
 
 
468 aa  170  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  31.05 
 
 
468 aa  170  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  30.56 
 
 
468 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  30.1 
 
 
406 aa  168  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.98 
 
 
383 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  30 
 
 
406 aa  166  5.9999999999999996e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.49 
 
 
411 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  30.1 
 
 
402 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  30.57 
 
 
435 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  30.57 
 
 
435 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.39 
 
 
487 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.78 
 
 
462 aa  152  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.7 
 
 
469 aa  152  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.55 
 
 
434 aa  152  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.36 
 
 
463 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.79 
 
 
402 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  28.39 
 
 
397 aa  149  9e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.81 
 
 
403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  29.93 
 
 
484 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  27.39 
 
 
396 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.86 
 
 
484 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  28.86 
 
 
484 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  27.33 
 
 
347 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.84 
 
 
397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30 
 
 
387 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  30.53 
 
 
388 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  30.65 
 
 
385 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  31.18 
 
 
391 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  30.65 
 
 
388 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  30.65 
 
 
391 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  26.67 
 
 
388 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.98 
 
 
434 aa  117  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7549  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.99 
 
 
403 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0306552 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08267  plasmid partition protein ParA  26.32 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4546  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.26 
 
 
399 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.931063  normal  0.514808 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4451  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.26 
 
 
399 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.375885  normal 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4366  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.26 
 
 
399 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00100758  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3649  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  39.88 
 
 
317 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2878  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.2 
 
 
277 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.504433  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0095  plasmid partition protein ParA  24.24 
 
 
399 aa  106  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0106  chromosome segregation ATPase  31.49 
 
 
256 aa  106  6e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00135842  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1531  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.17 
 
 
303 aa  104  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>