More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3947 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3947  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
241 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3644  hypothetical protein  84.23 
 
 
240 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128261  normal  0.0387613 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2843  GntR family transcriptional regulator  45.49 
 
 
243 aa  211  7.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.726493 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  34.06 
 
 
244 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08770  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 
244 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000139729  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3827  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000115432  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3644  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000015219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3534  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000363382  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3552  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000156327  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3928  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000328023  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3840  transcriptional regulator, GntR family  28.39 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522021  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2444  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000401833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3805  transcriptional regulator, GntR family  28.39 
 
 
241 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78065e-19 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
249 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
249 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
256 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
256 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
256 aa  96.7  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
256 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1883  GntR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
240 aa  94.4  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1408  transcriptional regulator, GntR family  28.39 
 
 
241 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000166649  hitchhiker  0.000517226 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3891  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 
228 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000126178  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
256 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1778  transcriptional regulator, GntR family  27.07 
 
 
246 aa  92  8e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00599457  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3563  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
246 aa  91.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000110605  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 
270 aa  89.7  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
258 aa  89.7  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
249 aa  89  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
248 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1337  GntR family transcriptional regulator  24.46 
 
 
237 aa  87.4  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.617468  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1363  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  24.46 
 
 
237 aa  87.4  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.247389  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
235 aa  87.4  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 
241 aa  86.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
268 aa  86.3  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
248 aa  85.5  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
243 aa  85.5  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
243 aa  85.5  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
243 aa  85.5  7e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
243 aa  85.5  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
244 aa  85.1  9e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
225 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.23 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 
244 aa  83.6  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  26.75 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 
241 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  24.35 
 
 
241 aa  81.6  0.000000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
255 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0913  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
241 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0856  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
241 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 
247 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1175  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.336656  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 
252 aa  79.7  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1454  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
255 aa  79.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  23.45 
 
 
239 aa  79  0.00000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2509  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
257 aa  79  0.00000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.31596  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
247 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2176  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
264 aa  78.6  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  23.45 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2284  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
265 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2067  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 
243 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2077  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
265 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.340396  hitchhiker  0.00560319 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0942  transcriptional regulator, GntR family  23.95 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
249 aa  77.8  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1074  transcriptional regulator, GntR family  26.52 
 
 
242 aa  77  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000120399  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 
260 aa  77  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1473  transcriptional regulator, GntR family  28.63 
 
 
285 aa  76.6  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0303  GntR family transcriptional regulator  23.65 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  26.25 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2998  transcriptional regulator, GntR family  25.46 
 
 
239 aa  75.9  0.0000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4392  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.599846 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
247 aa  75.9  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
271 aa  75.5  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  28.02 
 
 
250 aa  75.1  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3803  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 
257 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.596979 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.3 
 
 
263 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0554  GntR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.799552  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1647  GntR family transcriptional regulator  24.4 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 
252 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2893  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
271 aa  73.9  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.810121 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.03 
 
 
244 aa  73.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  27.76 
 
 
244 aa  73.6  0.000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.03 
 
 
244 aa  73.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  24.67 
 
 
232 aa  73.6  0.000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  25.75 
 
 
242 aa  72.4  0.000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
256 aa  72.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3697  transcriptional regulator, GntR family  28.09 
 
 
246 aa  72.4  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  27.14 
 
 
258 aa  72  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
258 aa  72  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  27.14 
 
 
251 aa  72  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  27.14 
 
 
258 aa  72  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  24.7 
 
 
233 aa  72  0.000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4132  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 
257 aa  72  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.253888 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 
245 aa  71.6  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1606  transcriptional regulator, GntR family  33.1 
 
 
241 aa  71.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000225231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>