40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3995 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3995  hypothetical protein  100 
 
 
187 aa  362  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.420814  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0603  hypothetical protein  61.54 
 
 
194 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3910  hypothetical protein  42.62 
 
 
200 aa  150  8e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.714932  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1290  hypothetical protein  44.03 
 
 
202 aa  142  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1881  hypothetical protein  40.76 
 
 
193 aa  143  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2310  cytochrome c family protein  47.93 
 
 
192 aa  142  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3429  hypothetical protein  44.24 
 
 
195 aa  131  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1430  hypothetical protein  44.16 
 
 
186 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2376  cytochrome c family protein  44.85 
 
 
193 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01960  cytochrome c family protein  47.31 
 
 
188 aa  124  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0720592  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0918  cytochrome c family protein  38.92 
 
 
185 aa  123  1e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.155788  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03805  cytochrome c family protein, putative  40.66 
 
 
200 aa  121  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0055  cytochrome c family protein  42.86 
 
 
193 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0806  hypothetical protein  36.65 
 
 
200 aa  119  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3151  hypothetical protein  45.83 
 
 
193 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1977  hypothetical protein  41.61 
 
 
214 aa  117  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4438  hypothetical protein  41.51 
 
 
187 aa  115  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.149521  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3727  hypothetical protein  43.52 
 
 
203 aa  115  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3428  cytochrome c family protein, putative  39.47 
 
 
187 aa  114  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0137  hypothetical protein  35.56 
 
 
197 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0663303  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4079  cytochrome c family protein  37.2 
 
 
188 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0264  hypothetical protein  37.07 
 
 
183 aa  72  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.543929  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0245  hypothetical protein  28.74 
 
 
199 aa  72  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  30.19 
 
 
407 aa  54.7  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1009  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.62 
 
 
655 aa  53.9  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0558  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 
893 aa  52  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.843554  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
1271 aa  49.7  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  31.73 
 
 
405 aa  50.4  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  27.18 
 
 
399 aa  48.5  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  25.79 
 
 
422 aa  46.6  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
400 aa  46.6  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  25.71 
 
 
399 aa  46.2  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  40.58 
 
 
560 aa  45.8  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 
803 aa  44.7  0.0008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.623752 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2069  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.68 
 
 
1184 aa  44.7  0.0009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27 
 
 
807 aa  43.9  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  30.77 
 
 
524 aa  43.5  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  26.42 
 
 
408 aa  42.7  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2542  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.86 
 
 
597 aa  42  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  33.33 
 
 
982 aa  41.2  0.008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>