40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3988 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3443  hypothetical protein  74.72 
 
 
823 aa  1169    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0239655  normal  0.271083 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3988  glycosyltransferase  100 
 
 
793 aa  1604    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2403  glycosyl transferase, group 1  30.68 
 
 
828 aa  154  5.9999999999999996e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4197  glycosyl transferase, group 1  28.4 
 
 
846 aa  131  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2306  glycosyl transferase group 1  28.23 
 
 
461 aa  122  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0007  glycosyl transferase, group 1  29.92 
 
 
1236 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3964  glycosyl transferase group 1  25.17 
 
 
1264 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3694  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  29.72 
 
 
916 aa  69.3  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2777  glycosyl transferase group 1  30.87 
 
 
406 aa  66.2  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.176315 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0615  glycosyl transferase, group 1  26.35 
 
 
1247 aa  66.2  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.00376413  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0266  glycosyl transferase, group 1 family protein  28.38 
 
 
443 aa  64.7  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0519  hypothetical protein  30.65 
 
 
686 aa  63.2  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.414817  normal  0.208211 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0325  glycosyl transferase, group 1 family protein  26.34 
 
 
643 aa  62.4  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0347044  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3918  hypothetical protein  28.28 
 
 
751 aa  62  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4087  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like  28.28 
 
 
751 aa  62  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.885758  normal  0.378221 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4336  Lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  29.21 
 
 
1366 aa  61.6  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0310  glycosyl transferase, group 1 family protein  27.7 
 
 
643 aa  61.2  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0340  glycosyl transferase, group 1 family protein  26.78 
 
 
643 aa  60.8  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0259  glycosyl transferase family protein  28.91 
 
 
643 aa  58.9  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.158733  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03177  hypothetical protein  31.35 
 
 
695 aa  58.9  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0713638  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0039  glycosyl transferase group 1  23.35 
 
 
399 aa  58.2  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4707  glycosyl transferase group 1  26.74 
 
 
386 aa  54.7  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.817147  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1432  polysaccharide biosynthesis protein  29.1 
 
 
581 aa  52.8  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.763455  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2576  glycosyl transferase group 1  28.4 
 
 
406 aa  50.4  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.731131  normal  0.452849 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2007  hypothetical protein  26 
 
 
513 aa  49.7  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.836412  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5430  glycosyl transferase group 1  25.67 
 
 
378 aa  49.7  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0212  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.27 
 
 
588 aa  50.1  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1572  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.05 
 
 
666 aa  47.8  0.0009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.211326  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2218  glycosyl transferase family protein  46.15 
 
 
1035 aa  47.8  0.0009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.966726 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2494  glycosyl transferase family 2  43.86 
 
 
1059 aa  47.8  0.0009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2175  glycosyl transferase family 2  43.86 
 
 
995 aa  47  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0709  glycosyl transferase, group 1 family protein  32.17 
 
 
332 aa  45.8  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6257  glycosyl transferase family protein  42.11 
 
 
987 aa  45.4  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0286803  normal  0.0257469 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2036  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like  24.08 
 
 
1162 aa  45.4  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3357  glycosyl transferase group 1  26.76 
 
 
388 aa  45.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.656502  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0305  hypothetical protein  42.55 
 
 
423 aa  44.7  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3637  glycosyl transferase group 1  26.89 
 
 
756 aa  44.3  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.871876  hitchhiker  0.00349398 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2372  5'-Nucleotidase domain protein  48.65 
 
 
2796 aa  44.3  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.308667 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0320  methyltransferase type 11  27.69 
 
 
1082 aa  43.9  0.01  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2160  glycosyl transferase, group 1  32.17 
 
 
461 aa  43.9  0.01  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.355932  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>