More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3951 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3951  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
280 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  32.02 
 
 
281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.62 
 
 
286 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  28.62 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  31.58 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  31.88 
 
 
290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  28.05 
 
 
275 aa  119  6e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  27.76 
 
 
279 aa  118  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  30.25 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  27.31 
 
 
279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  26.94 
 
 
279 aa  115  6.9999999999999995e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  28.83 
 
 
283 aa  115  8.999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2941  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 
290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.343687  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3082  glutamine/glutamate ABC transporter, periplasmic glutamine/glutamate-binding protein  29.96 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.171544  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.48 
 
 
300 aa  113  3e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0290  acriflavine resistance protein  29.36 
 
 
288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0664  surface antigen, CjaA  26.72 
 
 
285 aa  112  5e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0251747  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.51 
 
 
276 aa  112  9e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.07 
 
 
276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.07 
 
 
276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.63 
 
 
276 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  27.63 
 
 
276 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.63 
 
 
276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  27.63 
 
 
276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.63 
 
 
276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.63 
 
 
276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.43 
 
 
261 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0228  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 
292 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.946575  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0438  antigenic protein  27.51 
 
 
266 aa  107  2e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.657093  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4942  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 
341 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.997084 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
261 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.58 
 
 
269 aa  105  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  31.18 
 
 
267 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.18 
 
 
267 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  32.13 
 
 
275 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
260 aa  101  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 
266 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 
260 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10416  glutamine-binding lipoprotein glnH  26.67 
 
 
328 aa  100  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000397853  normal  0.816893 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1123  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 
303 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00011354  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.51 
 
 
273 aa  100  3e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 
271 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1512  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 
276 aa  99.8  4e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0704  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
332 aa  99.4  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.721157  normal  0.0331446 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37210  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  28.84 
 
 
324 aa  99  7e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.734714  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
261 aa  99  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
261 aa  99  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  34.84 
 
 
275 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2669  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 
287 aa  98.2  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00514827  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2423  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 
343 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0450755  normal  0.051876 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0531  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
331 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.17 
 
 
281 aa  98.2  1e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  33.03 
 
 
273 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0201  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
324 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.241493  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  27.43 
 
 
298 aa  97.1  3e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0529  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.74 
 
 
277 aa  97.1  3e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.488243  hitchhiker  0.00197621 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0541  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
331 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.169713  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0553  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
331 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.104829  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1550  extracellular solute-binding protein family 3  26.87 
 
 
294 aa  95.9  7e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.82369  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.76 
 
 
284 aa  95.9  7e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36870  amino acid-binding protein  27.62 
 
 
290 aa  95.9  7e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.567657  normal  0.765232 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  34.84 
 
 
275 aa  95.5  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4395  extracellular solute-binding protein family 3  26.81 
 
 
340 aa  94.7  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  29.1 
 
 
268 aa  94  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  29.1 
 
 
268 aa  93.2  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.28 
 
 
260 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 
269 aa  92.4  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.88 
 
 
267 aa  91.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1224  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
323 aa  92  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  30.95 
 
 
261 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6211  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 
274 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  30.17 
 
 
240 aa  90.9  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  27.35 
 
 
278 aa  90.9  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.39 
 
 
274 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6380  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 
274 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3508  extracellular solute-binding protein family 3  25.44 
 
 
319 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6613  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 
274 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0305717 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 
266 aa  90.5  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 
263 aa  90.5  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 
265 aa  90.1  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  31.43 
 
 
261 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3913  extracellular solute-binding protein family 3  25.57 
 
 
296 aa  89.7  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.47 
 
 
274 aa  89  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
263 aa  88.2  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3062  extracellular solute-binding protein family 3  27.03 
 
 
318 aa  87.4  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000243689 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  30.33 
 
 
265 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.61 
 
 
274 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3754  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 
326 aa  87.4  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.807307  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 
265 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  30.05 
 
 
268 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 
270 aa  87  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  29.02 
 
 
254 aa  87  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  30.05 
 
 
268 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.42 
 
 
272 aa  86.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  30.05 
 
 
247 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  27.46 
 
 
271 aa  86.3  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3321  extracellular solute-binding protein family 3  27.18 
 
 
259 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>