More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3967 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_3967  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 293 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  36 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 628 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 287 aa  156  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 293 aa  155  6e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 308 aa  152  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 315 aa  152  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 288 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 289 aa  148  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  35 
 
 		 305 aa  148  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.51 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 288 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 283 aa  139  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 286 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 288 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1977  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 626 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  34.09 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 308 aa  132  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1353  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 289 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3084  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 623 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00985997  normal  0.0142053 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  34.69 
 
 		 628 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.56 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1616  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 622 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0311969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.1 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4108  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.91 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 287 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 295 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 288 aa  125  8.000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 293 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6573  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 286 aa  125  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0445304  hitchhiker  0.00930416 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5954  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00927263  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  31.47 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 642 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 652 aa  123  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.62 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 320 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.56 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 320 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.56 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3306  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.605647  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  30.96 
 
 		 288 aa  123  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2867  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.957765 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>