More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4007 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_4007  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
368 aa  742    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1187  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.99 
 
 
369 aa  603  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2848  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.57 
 
 
367 aa  540  9.999999999999999e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2539  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.91 
 
 
367 aa  228  2e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.6 
 
 
367 aa  209  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  0.315847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2920  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.29 
 
 
371 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688368  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5793  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.1 
 
 
390 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.49 
 
 
369 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.01 
 
 
369 aa  136  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.28 
 
 
369 aa  136  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.28 
 
 
369 aa  136  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.22 
 
 
369 aa  136  5e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.51 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.01 
 
 
369 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.67 
 
 
369 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.4 
 
 
369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.1 
 
 
355 aa  126  6e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1129  chloromuconate cycloisomerase  28.22 
 
 
370 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.78 
 
 
346 aa  114  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.86 
 
 
386 aa  114  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3635  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.88 
 
 
375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  28.33 
 
 
367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1938  hypothetical protein  28.33 
 
 
367 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2001  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.92 
 
 
368 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.974655 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5889  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.25 
 
 
360 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  26.19 
 
 
368 aa  103  3e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.75 
 
 
368 aa  103  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.165898 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4404  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.35 
 
 
393 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1931  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.83 
 
 
366 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.132079  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  27.14 
 
 
356 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1409  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.15 
 
 
367 aa  100  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435097  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1295  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
367 aa  100  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.515012  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4056  L-alanine-DL-glutamate epimerase fmaily protein  26.83 
 
 
371 aa  100  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.24697  normal  0.156881 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1357  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.15 
 
 
367 aa  100  6e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.108147 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1375  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.15 
 
 
367 aa  99.4  9e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.992091  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1393  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.15 
 
 
367 aa  99.4  9e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0343363  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1132  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.07 
 
 
396 aa  97.1  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3495  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.93 
 
 
395 aa  97.1  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  hitchhiker  0.00826099 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.78 
 
 
356 aa  95.9  9e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.55 
 
 
370 aa  94.7  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.467092  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3042  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.59 
 
 
372 aa  94.4  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.8 
 
 
367 aa  94.4  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.8 
 
 
370 aa  92.4  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2879  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25 
 
 
350 aa  92  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00129652  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3758  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.37 
 
 
367 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.379119  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.8 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3044  muconate cycloisomerase  26.99 
 
 
391 aa  91.3  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.65 
 
 
378 aa  90.5  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.68 
 
 
350 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2856  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.37 
 
 
350 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1929  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.63 
 
 
382 aa  89.4  8e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6822  O-succinylbenzoic acid synthetase  27.37 
 
 
366 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1588  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.63 
 
 
375 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0427151  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.93 
 
 
366 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2863  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25 
 
 
353 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5705  O-succinylbenzoate synthase  28.03 
 
 
366 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.73 
 
 
372 aa  88.2  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5013  galactonate dehydratase  30.73 
 
 
381 aa  88.6  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2610  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.68 
 
 
350 aa  87.8  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.562988  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.68 
 
 
350 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6166  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.42 
 
 
371 aa  87.4  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.07 
 
 
364 aa  87.4  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.7 
 
 
382 aa  87  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2659  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.37 
 
 
350 aa  86.3  8e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478585  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2850  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.37 
 
 
350 aa  86.3  8e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2325  muconate cycloisomerase  26 
 
 
377 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.07 
 
 
386 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  27.43 
 
 
382 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3235  muconate and chloromuconate cycloisomerase  24.93 
 
 
378 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.400867 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1689  muconate cycloisomerase  27.91 
 
 
374 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2438  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.74 
 
 
370 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.502974  normal  0.215432 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7044  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.79 
 
 
378 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.418451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  27.71 
 
 
382 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  23.9 
 
 
393 aa  84.7  0.000000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2652  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.37 
 
 
350 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.59335  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4400  muconate cycloisomerase  27.81 
 
 
372 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273769  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1855  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  22.97 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000301003 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3489  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.46 
 
 
368 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.81 
 
 
384 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2187  O-succinylbenzoate synthase  29.37 
 
 
369 aa  84  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3832  o-succinylbenzoate synthase  26.39 
 
 
370 aa  83.6  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1862  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.77 
 
 
370 aa  83.2  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.324326  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.25 
 
 
387 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2431  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.68 
 
 
353 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.784789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.1 
 
 
389 aa  83.2  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.55 
 
 
398 aa  82.8  0.000000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1361  muconate and chloromuconate cycloisomerase  24.64 
 
 
369 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200471  normal  0.0699312 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4878  muconate cycloisomerase  26.06 
 
 
374 aa  82.8  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.752698 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6302  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.18 
 
 
378 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.564613  normal  0.0132989 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.5 
 
 
400 aa  82  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6587  muconate and chloromuconate cycloisomerases  25.43 
 
 
387 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.98653 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0158  muconate and chloromuconate cycloisomerase  25.07 
 
 
400 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2859  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.07 
 
 
370 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1425  muconate and chloromuconate cycloisomerase  24.35 
 
 
369 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.548292  normal  0.323436 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2645  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.29 
 
 
369 aa  81.6  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0140  muconate and chloromuconate cycloisomerases  25.07 
 
 
400 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2226  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.63 
 
 
366 aa  80.9  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.706193 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  26.06 
 
 
382 aa  81.3  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.94 
 
 
385 aa  81.3  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>