More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2848 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2848  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
367 aa  742    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1187  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.66 
 
 
369 aa  542  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4007  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.57 
 
 
368 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2539  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.36 
 
 
367 aa  219  6e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.69 
 
 
367 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  0.315847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2920  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.87 
 
 
371 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688368  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5793  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.02 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  29.25 
 
 
367 aa  113  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.82 
 
 
386 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1938  hypothetical protein  28.57 
 
 
367 aa  107  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.97 
 
 
346 aa  107  3e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3635  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.87 
 
 
375 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2438  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.11 
 
 
370 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.502974  normal  0.215432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1129  chloromuconate cycloisomerase  27.96 
 
 
370 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.11 
 
 
369 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.11 
 
 
369 aa  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.11 
 
 
369 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.83 
 
 
369 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.11 
 
 
369 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.2 
 
 
386 aa  99.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.83 
 
 
369 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.83 
 
 
369 aa  99  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.56 
 
 
369 aa  99  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.83 
 
 
369 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.51 
 
 
368 aa  97.4  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.165898 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2001  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.2 
 
 
368 aa  96.7  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.974655 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.07 
 
 
369 aa  97.1  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  25.91 
 
 
368 aa  96.3  7e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4056  L-alanine-DL-glutamate epimerase fmaily protein  29.1 
 
 
371 aa  95.5  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.24697  normal  0.156881 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1295  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
367 aa  95.5  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.515012  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1929  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.73 
 
 
382 aa  94  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4404  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.43 
 
 
393 aa  93.6  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1409  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.79 
 
 
367 aa  92.8  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435097  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1393  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.79 
 
 
367 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0343363  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.46 
 
 
378 aa  92  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1375  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.79 
 
 
367 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.992091  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5889  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.45 
 
 
360 aa  92  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.37 
 
 
356 aa  90.9  3e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1716  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.1 
 
 
375 aa  90.9  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  26.61 
 
 
356 aa  90.9  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4878  muconate cycloisomerase  27.12 
 
 
374 aa  90.1  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.752698 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2645  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.67 
 
 
369 aa  90.1  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4400  muconate cycloisomerase  27.4 
 
 
372 aa  89.4  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273769  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.76 
 
 
366 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2153  muconate and chloromuconate cycloisomerase  25.95 
 
 
385 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1132  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.61 
 
 
396 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2859  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
370 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1689  muconate cycloisomerase  27.12 
 
 
374 aa  88.6  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.98 
 
 
355 aa  87.8  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.5 
 
 
395 aa  87.8  3e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.7 
 
 
358 aa  87.4  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1361  muconate and chloromuconate cycloisomerase  25.69 
 
 
369 aa  86.3  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200471  normal  0.0699312 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1588  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.56 
 
 
375 aa  85.9  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0427151  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.15 
 
 
393 aa  85.5  0.000000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.24 
 
 
370 aa  85.5  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.467092  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1934  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.38 
 
 
355 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1425  muconate and chloromuconate cycloisomerase  25.41 
 
 
369 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.548292  normal  0.323436 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3758  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.69 
 
 
367 aa  84.3  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.379119  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2219  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
370 aa  84.3  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2532  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
370 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  26.32 
 
 
393 aa  83.2  0.000000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2325  muconate cycloisomerase  28.15 
 
 
377 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1357  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.78 
 
 
367 aa  82.8  0.000000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.108147 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3042  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.43 
 
 
372 aa  82.8  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1834  chloromuconate cycloisomerase, putative  30.5 
 
 
356 aa  82.4  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
367 aa  82.4  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2108  muconate cycloisomerase  25.41 
 
 
385 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6166  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.49 
 
 
371 aa  82  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.12 
 
 
370 aa  81.3  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7044  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.32 
 
 
378 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.418451 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3044  muconate cycloisomerase  27.67 
 
 
391 aa  81.3  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0158  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.41 
 
 
400 aa  80.5  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0199  muconate and chloromuconate cycloisomerase  24.47 
 
 
409 aa  80.5  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3489  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.03 
 
 
368 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3235  muconate and chloromuconate cycloisomerase  25.41 
 
 
378 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.400867 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6302  muconate and chloromuconate cycloisomerase  25.76 
 
 
378 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.564613  normal  0.0132989 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0140  muconate and chloromuconate cycloisomerases  26.06 
 
 
400 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1270  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.51 
 
 
390 aa  78.6  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.156598  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6587  muconate and chloromuconate cycloisomerases  25.48 
 
 
387 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.98653 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3832  o-succinylbenzoate synthase  27.67 
 
 
370 aa  77.8  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.64 
 
 
398 aa  78.6  0.0000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.41 
 
 
364 aa  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3658  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.36 
 
 
360 aa  77.4  0.0000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0035  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27 
 
 
433 aa  77  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.45154 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5102  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.16 
 
 
374 aa  77  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.401813 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1855  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  30.1 
 
 
376 aa  76.6  0.0000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000301003 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4029  muconate and chloromuconate cycloisomerase  24.73 
 
 
385 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  27.59 
 
 
382 aa  76.3  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3715  muconate and chloromuconate cycloisomerase  25.92 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.103603 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0975  muconate cycloisomerase  24.59 
 
 
395 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.995567  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2705  muconate and chloromuconate cycloisomerase  25.92 
 
 
373 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601641  normal  0.625417 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.48 
 
 
377 aa  75.5  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2204  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.1 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1827  o-succinylbenzoic acid (OSB) synthetase  29.3 
 
 
372 aa  75.5  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.243461  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1741  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.31 
 
 
370 aa  75.5  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.08 
 
 
387 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4960  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.02 
 
 
377 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2053  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.2 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.363775  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3495  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.03 
 
 
395 aa  75.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  hitchhiker  0.00826099 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3234  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.43 
 
 
370 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>