More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2219 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2219  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
370 aa  766    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2532  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  98.11 
 
 
370 aa  751    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3234  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  80 
 
 
370 aa  632  1e-180  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0826  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.34 
 
 
371 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1716  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.05 
 
 
375 aa  381  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2438  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.75 
 
 
370 aa  353  2.9999999999999997e-96  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.502974  normal  0.215432 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3489  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.9 
 
 
368 aa  352  5e-96  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2859  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.91 
 
 
370 aa  343  2.9999999999999997e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4992  N-acylamino acid racemase  47.32 
 
 
368 aa  342  5e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4746  N-acylamino acid racemase  48.66 
 
 
368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4606  N-acylamino acid racemase; O-succinylbenzoate synthase  48.27 
 
 
368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.820644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5107  N-acylamino acid racemase  48.66 
 
 
368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4981  N-acylamino acid racemase  47.04 
 
 
368 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2645  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.94 
 
 
369 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4964  N-acylamino acid racemase  48.07 
 
 
368 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4584  enolase superfamily protein; N-acylamino acid racemase, mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, or o-succinylbenzoate synthase  48.07 
 
 
368 aa  335  1e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5011  N-acylamino acid racemase  46.76 
 
 
368 aa  333  2e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0256  N-acylamino acid racemase  46.76 
 
 
368 aa  333  2e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0874695  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2187  O-succinylbenzoate synthase  42.78 
 
 
369 aa  324  1e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.07 
 
 
368 aa  322  5e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1741  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.14 
 
 
370 aa  310  2e-83  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3834  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  42.13 
 
 
370 aa  309  5e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.28158  normal  0.496485 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1827  o-succinylbenzoic acid (OSB) synthetase  43.6 
 
 
372 aa  306  4.0000000000000004e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.243461  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0393  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  43.5 
 
 
369 aa  306  5.0000000000000004e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0183441  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.78 
 
 
368 aa  303  2.0000000000000002e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.165898 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2001  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.87 
 
 
368 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.974655 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5705  O-succinylbenzoate synthase  43.09 
 
 
366 aa  288  1e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5041  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.27 
 
 
369 aa  286  4e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6822  O-succinylbenzoic acid synthetase  42.78 
 
 
366 aa  285  8e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4363  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.13 
 
 
377 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.67 
 
 
370 aa  276  4e-73  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.161308  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6166  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.06 
 
 
371 aa  274  2.0000000000000002e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.62 
 
 
370 aa  273  3e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0823  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.29 
 
 
372 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.8 
 
 
380 aa  268  2e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3832  o-succinylbenzoate synthase  41.64 
 
 
370 aa  262  6e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0404  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.08 
 
 
377 aa  245  6.999999999999999e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.125828  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5272  O-succinylbenzoate synthase  41.67 
 
 
369 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.132905  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1544  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.42 
 
 
391 aa  207  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155525 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0960  O-succinylbenzoate synthase  28.3 
 
 
376 aa  187  2e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0769  O-succinylbenzoate synthase  29.27 
 
 
370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0474  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.54 
 
 
378 aa  177  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00120292  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2971  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 
955 aa  159  9e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0754  O-succinylbenzoate synthase  28.65 
 
 
366 aa  149  7e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0655  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.09 
 
 
377 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0621  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.99 
 
 
385 aa  143  6e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2633  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.46 
 
 
351 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000000601605  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14010  o-succinylbenzoic acid synthetase  25.23 
 
 
1027 aa  127  3e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  28.25 
 
 
368 aa  125  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.74 
 
 
386 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  28.18 
 
 
367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.72 
 
 
355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2170  O-succinylbenzoate-CoA synthase  28.08 
 
 
331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1129  chloromuconate cycloisomerase  25.41 
 
 
370 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1938  hypothetical protein  27.75 
 
 
367 aa  116  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6462  O-succinylbenzoate-CoA synthase  29.75 
 
 
334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.65002  normal  0.0142854 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.12 
 
 
364 aa  113  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.23 
 
 
370 aa  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.22 
 
 
356 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.83 
 
 
356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.36 
 
 
387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2610  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.39 
 
 
350 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.562988  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1357  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.09 
 
 
367 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.108147 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1442  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.87 
 
 
365 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.74 
 
 
346 aa  107  2e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2879  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.91 
 
 
350 aa  107  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00129652  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.11 
 
 
350 aa  106  8e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2856  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.82 
 
 
350 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2431  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.32 
 
 
353 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.784789 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1409  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.91 
 
 
367 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435097  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.21 
 
 
369 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.31 
 
 
376 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28 
 
 
371 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.75 
 
 
372 aa  104  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1375  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.64 
 
 
367 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.992091  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1393  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.64 
 
 
367 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0343363  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5793  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.48 
 
 
390 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.82 
 
 
350 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2863  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.54 
 
 
353 aa  103  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  31.44 
 
 
359 aa  102  9e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.47 
 
 
372 aa  102  9e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3758  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.67 
 
 
367 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.379119  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.02 
 
 
369 aa  102  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.02 
 
 
369 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.32 
 
 
369 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2652  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.22 
 
 
350 aa  100  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.59335  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.02 
 
 
369 aa  100  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  28.05 
 
 
356 aa  100  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0594  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.61 
 
 
345 aa  100  6e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.1 
 
 
385 aa  99.8  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.37 
 
 
369 aa  99.4  9e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.37 
 
 
369 aa  99.4  9e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.17 
 
 
384 aa  99.4  9e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2659  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.24 
 
 
350 aa  98.6  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478585  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2850  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.24 
 
 
350 aa  98.6  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3658  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.61 
 
 
360 aa  98.6  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.79 
 
 
369 aa  99  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  22.97 
 
 
369 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1870  muconate and chloromuconate cycloisomerase  25.47 
 
 
395 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  22.75 
 
 
369 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>