More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0960 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0960  O-succinylbenzoate synthase  100 
 
 
376 aa  737    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0621  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.89 
 
 
385 aa  400  9.999999999999999e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2633  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.89 
 
 
351 aa  317  2e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000000601605  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6462  O-succinylbenzoate-CoA synthase  47.42 
 
 
334 aa  244  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.65002  normal  0.0142854 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2170  O-succinylbenzoate-CoA synthase  45.29 
 
 
331 aa  238  9e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2645  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.26 
 
 
369 aa  228  1e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1716  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.31 
 
 
375 aa  223  4e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0826  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.25 
 
 
371 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2438  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.76 
 
 
370 aa  209  5e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.502974  normal  0.215432 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1827  o-succinylbenzoic acid (OSB) synthetase  35.66 
 
 
372 aa  204  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.243461  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1741  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.22 
 
 
370 aa  202  9.999999999999999e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2859  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.78 
 
 
370 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0823  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.47 
 
 
372 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0393  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  35.42 
 
 
369 aa  196  4.0000000000000005e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0183441  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.81 
 
 
368 aa  196  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.165898 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3834  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.75 
 
 
370 aa  195  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.28158  normal  0.496485 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2532  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
370 aa  189  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3234  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.34 
 
 
370 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2219  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.3 
 
 
370 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2001  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.48 
 
 
368 aa  187  3e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.974655 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6166  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.4 
 
 
371 aa  187  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2187  O-succinylbenzoate synthase  31.21 
 
 
369 aa  183  5.0000000000000004e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.05 
 
 
370 aa  182  7e-45  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.161308  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5041  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.19 
 
 
369 aa  181  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4363  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.78 
 
 
377 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.89 
 
 
370 aa  179  5.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4746  N-acylamino acid racemase  29.3 
 
 
368 aa  178  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5107  N-acylamino acid racemase  29.3 
 
 
368 aa  178  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4606  N-acylamino acid racemase; O-succinylbenzoate synthase  29.3 
 
 
368 aa  177  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.820644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4964  N-acylamino acid racemase  28.98 
 
 
368 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4584  enolase superfamily protein; N-acylamino acid racemase, mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, or o-succinylbenzoate synthase  28.98 
 
 
368 aa  175  9e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5011  N-acylamino acid racemase  29.3 
 
 
368 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4992  N-acylamino acid racemase  28.98 
 
 
368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5705  O-succinylbenzoate synthase  38.06 
 
 
366 aa  174  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.92 
 
 
380 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4981  N-acylamino acid racemase  28.53 
 
 
368 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3489  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.34 
 
 
368 aa  171  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0256  N-acylamino acid racemase  28.98 
 
 
368 aa  168  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0874695  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6822  O-succinylbenzoic acid synthetase  37.36 
 
 
366 aa  168  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0404  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.31 
 
 
377 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.125828  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5272  O-succinylbenzoate synthase  40.73 
 
 
369 aa  167  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.132905  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.6 
 
 
368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3832  o-succinylbenzoate synthase  37.54 
 
 
370 aa  161  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0769  O-succinylbenzoate synthase  27.17 
 
 
370 aa  152  7e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0474  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.33 
 
 
378 aa  144  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00120292  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1544  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.2 
 
 
391 aa  114  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155525 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2971  AMP-dependent synthetase and ligase  27.58 
 
 
955 aa  111  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14010  o-succinylbenzoic acid synthetase  27.91 
 
 
1027 aa  105  2e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.59 
 
 
369 aa  103  7e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.27 
 
 
369 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.2 
 
 
369 aa  101  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25 
 
 
369 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
369 aa  100  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25 
 
 
369 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.93 
 
 
369 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.07 
 
 
369 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25 
 
 
369 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25 
 
 
369 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0754  O-succinylbenzoate synthase  25.07 
 
 
366 aa  97.1  5e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.37 
 
 
386 aa  96.7  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0655  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.06 
 
 
377 aa  94.7  3e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.33 
 
 
364 aa  92.8  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3758  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.88 
 
 
367 aa  92.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.379119  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.28 
 
 
356 aa  90.5  4e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1357  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.41 
 
 
367 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.108147 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.39 
 
 
367 aa  90.1  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
386 aa  89.7  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1409  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
367 aa  89.7  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435097  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1375  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.61 
 
 
367 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.992091  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1393  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
367 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0343363  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3635  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
375 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.13 
 
 
372 aa  87  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.137522  normal  0.10557 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.32 
 
 
355 aa  87  5e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2539  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.41 
 
 
367 aa  85.9  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.72 
 
 
381 aa  85.5  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.09 
 
 
346 aa  84.3  0.000000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  23 
 
 
367 aa  84  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1938  hypothetical protein  22.51 
 
 
367 aa  82.4  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.97 
 
 
370 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.27 
 
 
367 aa  82.8  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.1 
 
 
384 aa  82.4  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  33.33 
 
 
359 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
371 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0985  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.41 
 
 
326 aa  80.5  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1018  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.41 
 
 
326 aa  80.1  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2879  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.82 
 
 
350 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00129652  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  25.26 
 
 
356 aa  79  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.32 
 
 
372 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1295  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.29 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.515012  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.82 
 
 
350 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.32 
 
 
372 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.37 
 
 
390 aa  78.6  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  28.46 
 
 
382 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.71 
 
 
377 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.06 
 
 
376 aa  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.07 
 
 
373 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.18 
 
 
369 aa  77  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.6 
 
 
381 aa  77  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.82 
 
 
350 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1408  muconate cycloisomerase  27.46 
 
 
371 aa  77  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0829696 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>