More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2539 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2539  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
367 aa  757    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.94 
 
 
367 aa  276  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  0.315847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2920  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.07 
 
 
371 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688368  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1187  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.62 
 
 
369 aa  221  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2848  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.36 
 
 
367 aa  219  6e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4007  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.91 
 
 
368 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.09 
 
 
369 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.53 
 
 
369 aa  147  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.81 
 
 
369 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.81 
 
 
369 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.09 
 
 
369 aa  147  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.53 
 
 
369 aa  146  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.53 
 
 
369 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.81 
 
 
369 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.25 
 
 
369 aa  145  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.53 
 
 
369 aa  144  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3044  muconate cycloisomerase  30.69 
 
 
391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5102  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.75 
 
 
374 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.401813 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.97 
 
 
386 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.91 
 
 
350 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.91 
 
 
350 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2856  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.91 
 
 
350 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.67 
 
 
386 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2659  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.57 
 
 
350 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478585  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2850  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.57 
 
 
350 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1357  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.82 
 
 
367 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.108147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2863  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.48 
 
 
353 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2879  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.87 
 
 
350 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00129652  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1409  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.98 
 
 
367 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435097  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.09 
 
 
355 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5106  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.55 
 
 
373 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.324835  normal  0.598323 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2431  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.33 
 
 
353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.784789 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2610  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.57 
 
 
350 aa  119  6e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.562988  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1375  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.98 
 
 
367 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.992091  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1393  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.98 
 
 
367 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0343363  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  28.41 
 
 
367 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5889  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.88 
 
 
360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3495  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.95 
 
 
395 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  hitchhiker  0.00826099 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.3 
 
 
370 aa  117  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.467092  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1931  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.75 
 
 
366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.132079  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 
381 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  29.21 
 
 
356 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1938  hypothetical protein  29.88 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  29.01 
 
 
368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.41 
 
 
377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2652  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.67 
 
 
350 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.59335  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.36 
 
 
346 aa  114  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.46 
 
 
387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5793  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.24 
 
 
390 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.15 
 
 
367 aa  109  6e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.92 
 
 
390 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2943  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
381 aa  108  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.874721  normal  0.0528215 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.92 
 
 
390 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.09 
 
 
390 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.09 
 
 
390 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.09 
 
 
390 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1295  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.39 
 
 
367 aa  107  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.515012  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.64 
 
 
390 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.8 
 
 
378 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.37 
 
 
356 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.54 
 
 
372 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.3 
 
 
356 aa  104  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.06 
 
 
378 aa  104  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1937  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.41 
 
 
347 aa  103  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.611511  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3658  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
360 aa  103  7e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.19 
 
 
389 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.2 
 
 
390 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1929  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.95 
 
 
382 aa  102  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.97 
 
 
382 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.24 
 
 
390 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.02 
 
 
364 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.16 
 
 
366 aa  99.8  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.94 
 
 
381 aa  99  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.96 
 
 
382 aa  99.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3758  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.14 
 
 
367 aa  98.6  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.379119  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0941  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.77 
 
 
389 aa  98.2  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.748604  normal  0.464463 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.84 
 
 
387 aa  98.2  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2325  muconate cycloisomerase  27.83 
 
 
377 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.71 
 
 
368 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3887  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
393 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2204  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.18 
 
 
373 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2709  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.54 
 
 
398 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0606445  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4153  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
393 aa  96.7  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.65 
 
 
378 aa  96.3  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3715  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.75 
 
 
373 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.103603 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4584  enolase superfamily protein; N-acylamino acid racemase, mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, or o-succinylbenzoate synthase  28.62 
 
 
368 aa  95.5  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2705  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.75 
 
 
373 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601641  normal  0.625417 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2645  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.6 
 
 
369 aa  95.1  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.65 
 
 
390 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.94 
 
 
396 aa  94.7  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3832  o-succinylbenzoate synthase  29.04 
 
 
370 aa  95.1  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5845  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.95 
 
 
415 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1408  muconate cycloisomerase  28.9 
 
 
371 aa  94.7  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0829696 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1132  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.32 
 
 
396 aa  95.1  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2053  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.44 
 
 
373 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.363775  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3042  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.02 
 
 
372 aa  94.4  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4404  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.07 
 
 
393 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4964  N-acylamino acid racemase  28.25 
 
 
368 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.52 
 
 
398 aa  94.4  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4746  N-acylamino acid racemase  28.62 
 
 
368 aa  93.6  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>