More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5102 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5102  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
374 aa  767    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.401813 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3495  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
395 aa  181  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  hitchhiker  0.00826099 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5793  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.11 
 
 
390 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.76 
 
 
369 aa  153  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.19 
 
 
369 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.49 
 
 
369 aa  152  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.92 
 
 
369 aa  152  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.49 
 
 
369 aa  152  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.76 
 
 
369 aa  152  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.46 
 
 
369 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.46 
 
 
369 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.92 
 
 
369 aa  150  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.23 
 
 
369 aa  150  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3044  muconate cycloisomerase  32.06 
 
 
391 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.29 
 
 
356 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.44 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.07 
 
 
386 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2539  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.75 
 
 
367 aa  139  7e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.37 
 
 
366 aa  136  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.1 
 
 
384 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0035  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.08 
 
 
433 aa  132  7.999999999999999e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.45154 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0645  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.12 
 
 
397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.151939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1132  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.96 
 
 
396 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.1 
 
 
373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.5 
 
 
386 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
388 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.580739 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4878  muconate cycloisomerase  28.23 
 
 
374 aa  126  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.752698 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3003  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.15 
 
 
419 aa  126  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000677382 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
388 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1442  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.94 
 
 
365 aa  125  9e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4400  muconate cycloisomerase  29.6 
 
 
372 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273769  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.84 
 
 
372 aa  125  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.137522  normal  0.10557 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1689  muconate cycloisomerase  29.59 
 
 
374 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2856  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.22 
 
 
350 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2204  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.8 
 
 
373 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3715  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.08 
 
 
373 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.103603 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6474  muconate cycloisomerase  28.79 
 
 
400 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2699  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.55 
 
 
421 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.88946  normal  0.681606 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.91 
 
 
350 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.51 
 
 
390 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5845  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.84 
 
 
415 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.32 
 
 
403 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.05 
 
 
346 aa  124  4e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2053  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.8 
 
 
373 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.363775  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.35 
 
 
388 aa  123  6e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2705  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.38 
 
 
373 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601641  normal  0.625417 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.22 
 
 
350 aa  123  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7044  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.08 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.418451 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.87 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1588  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.31 
 
 
375 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0427151  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.57 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.87 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.32 
 
 
377 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2863  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.99 
 
 
353 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.57 
 
 
421 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2879  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.3 
 
 
350 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00129652  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.66 
 
 
405 aa  120  3e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.09 
 
 
403 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  25.67 
 
 
368 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.36 
 
 
386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2659  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.61 
 
 
350 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478585  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2850  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.61 
 
 
350 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1425  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.9 
 
 
369 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.548292  normal  0.323436 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1361  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.9 
 
 
369 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200471  normal  0.0699312 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.01 
 
 
390 aa  119  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2431  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.99 
 
 
353 aa  119  7e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.784789 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2652  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.61 
 
 
350 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.59335  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3235  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.91 
 
 
378 aa  119  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.400867 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2610  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.27 
 
 
350 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.562988  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.88 
 
 
390 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.85 
 
 
364 aa  118  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.32 
 
 
387 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2325  muconate cycloisomerase  26.43 
 
 
377 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.01 
 
 
390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.12 
 
 
398 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.01 
 
 
390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6587  muconate and chloromuconate cycloisomerases  27.97 
 
 
387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.98653 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.01 
 
 
390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.72 
 
 
370 aa  116  7.999999999999999e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6302  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.7 
 
 
378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.564613  normal  0.0132989 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.43 
 
 
370 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.2 
 
 
368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2963  muconate cycloisomerase  26.29 
 
 
373 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.54 
 
 
378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.12 
 
 
378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4358  muconate and chloromuconate cycloisomerase  26.81 
 
 
391 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.38 
 
 
369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3042  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.89 
 
 
372 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.93 
 
 
389 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  26.58 
 
 
367 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1937  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.96 
 
 
347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.611511  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.66 
 
 
377 aa  113  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4521  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.27 
 
 
406 aa  113  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.34 
 
 
356 aa  113  5e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  27.42 
 
 
382 aa  113  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5106  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.02 
 
 
373 aa  113  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.324835  normal  0.598323 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.31 
 
 
378 aa  113  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  27 
 
 
356 aa  112  9e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.14 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1955  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
424 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.23587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>