More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_5118 on replicon NC_007949
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.55 
 
 
382 aa  693    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  100 
 
 
382 aa  784    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.53 
 
 
377 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.74 
 
 
384 aa  209  8e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.37 
 
 
372 aa  206  7e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.56 
 
 
389 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.9 
 
 
377 aa  199  9e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.01 
 
 
370 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33 
 
 
390 aa  192  6e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.08 
 
 
389 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.42 
 
 
373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.05 
 
 
387 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  32.23 
 
 
362 aa  179  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.1 
 
 
369 aa  179  9e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.36 
 
 
390 aa  178  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.06 
 
 
403 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  32.59 
 
 
391 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  32.68 
 
 
391 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.58 
 
 
403 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.51 
 
 
381 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.39 
 
 
401 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.65 
 
 
388 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.07 
 
 
390 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  33.15 
 
 
384 aa  169  1e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.07 
 
 
390 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.07 
 
 
390 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.78 
 
 
390 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.07 
 
 
378 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.75 
 
 
370 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.33 
 
 
369 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.9 
 
 
384 aa  166  6.9999999999999995e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 
390 aa  166  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  32.59 
 
 
383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.09 
 
 
369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.51 
 
 
390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.23 
 
 
390 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.51 
 
 
370 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.02 
 
 
391 aa  162  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.68 
 
 
376 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.03 
 
 
371 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.24 
 
 
370 aa  159  6e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.52 
 
 
378 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.07 
 
 
388 aa  159  7e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.75 
 
 
381 aa  159  9e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.65 
 
 
390 aa  159  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.86 
 
 
400 aa  159  1e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.51 
 
 
373 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.57 
 
 
381 aa  156  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4061  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.43 
 
 
375 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.87 
 
 
382 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  32.3 
 
 
381 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.18 
 
 
380 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.16 
 
 
372 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.66 
 
 
378 aa  152  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.81 
 
 
405 aa  152  8e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.88 
 
 
372 aa  152  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.77 
 
 
386 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.32 
 
 
415 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3926  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.8 
 
 
409 aa  150  3e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  33.14 
 
 
382 aa  150  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.04 
 
 
374 aa  150  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.63 
 
 
383 aa  150  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.6 
 
 
382 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  33.33 
 
 
382 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.4 
 
 
391 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
384 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.61 
 
 
377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356872  normal  0.166182 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4225  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.23 
 
 
396 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.16 
 
 
368 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.26 
 
 
417 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.82 
 
 
367 aa  147  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4167  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.48 
 
 
396 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585922 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  33.33 
 
 
382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
366 aa  146  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.7 
 
 
377 aa  146  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.98 
 
 
396 aa  146  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128808  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.94 
 
 
369 aa  146  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.07 
 
 
425 aa  146  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281448  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2709  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.1 
 
 
398 aa  145  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0606445  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.53 
 
 
403 aa  145  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1022  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.73 
 
 
379 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  30.57 
 
 
382 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.17 
 
 
387 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4035  galactonate dehydratase  31.41 
 
 
382 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1071  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.2 
 
 
369 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.001504  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2579  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.45 
 
 
405 aa  144  2e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.34 
 
 
391 aa  144  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  31.02 
 
 
382 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  31.7 
 
 
382 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0789  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.23 
 
 
419 aa  144  4e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4045  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.98 
 
 
396 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2226  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.1 
 
 
366 aa  143  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.706193 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6032  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.33 
 
 
395 aa  143  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  30.57 
 
 
382 aa  143  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.84 
 
 
395 aa  143  6e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5519  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.76 
 
 
381 aa  143  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.152569  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  30 
 
 
382 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  30 
 
 
382 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  30 
 
 
382 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>