More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5845 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5845  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 415 aa  860    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3003  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.32 
 
 		 419 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000677382 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2699  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.45 
 
 		 421 aa  565  1e-160  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.88946  normal  0.681606 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0645  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  45.89 
 
 		 397 aa  344  2e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.151939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1068  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.64 
 
 		 434 aa  269  5e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.391722 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1407  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.1 
 
 		 429 aa  265  1e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0463415  normal  0.702374 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1029  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.96 
 
 		 419 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.250337  normal  0.268513 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3283  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.38 
 
 		 424 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686911  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2716  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.73 
 
 		 424 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0734376  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4200  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.06 
 
 		 421 aa  248  1e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.370116  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2911  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  33.96 
 
 		 424 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6284  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.82 
 
 		 424 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1083  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.55 
 
 		 419 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00426043  hitchhiker  0.00242262 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.81 
 
 		 435 aa  244  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18905  decreased coverage  0.00252858 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1488  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.67 
 
 		 418 aa  243  3.9999999999999997e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0035  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.31 
 
 		 433 aa  240  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.45154 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2486  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.45 
 
 		 422 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1955  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.72 
 
 		 424 aa  235  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2097  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.64 
 
 		 429 aa  233  4.0000000000000004e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368984 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0254  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 		 438 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0754  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.36 
 
 		 421 aa  227  4e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1996  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.58 
 
 		 435 aa  224  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.171135  normal  0.939306 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00613  conserved hypothetical protein  36.84 
 
 		 424 aa  223  4e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.672902  normal  0.858141 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0479  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.61 
 
 		 429 aa  223  4.9999999999999996e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.663029  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1796  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.84 
 
 		 435 aa  220  3.9999999999999997e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.036992  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3495  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.7 
 
 		 395 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  hitchhiker  0.00826099 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0842  Glucarate dehydratase  30.51 
 
 		 453 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.545959  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3241  D-glucarate dehydratase  31.94 
 
 		 447 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0695422 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.01 
 
 		 372 aa  166  6.9999999999999995e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.137522  normal  0.10557 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1079  glucarate dehydratase protein  31.57 
 
 		 453 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.786774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0663  glucarate dehydratase  29.3 
 
 		 451 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4631  glucarate dehydratase  29.3 
 
 		 451 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139469  hitchhiker  0.000950159 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4757  glucarate dehydratase  29.07 
 
 		 448 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00282791  hitchhiker  0.00286979 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1011  glucarate dehydratase  31.57 
 
 		 456 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0946  glucarate dehydratase  30.94 
 
 		 456 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.189357  normal  0.0818467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4766  glucarate dehydratase  29.77 
 
 		 451 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3102  glucarate dehydratase  29.37 
 
 		 446 aa  160  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7096  glucarate dehydratase  31.36 
 
 		 450 aa  159  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486467  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0349  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.4 
 
 		 442 aa  159  9e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0809  glucarate dehydratase  29.88 
 
 		 446 aa  159  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3183  glucarate dehydratase  29.37 
 
 		 446 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.558486 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3167  glucarate dehydratase  29.15 
 
 		 446 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.153553 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3120  glucarate dehydratase  29.6 
 
 		 446 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.796929 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2393  glucarate dehydratase  31.96 
 
 		 444 aa  158  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.617772  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0808  Glucarate dehydratase  30.27 
 
 		 461 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6488  (D)-glucarate dehydratase 1  30.81 
 
 		 451 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3721  D-glucarate dehydratase  28.8 
 
 		 447 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6204  glucarate dehydratase  32.17 
 
 		 451 aa  153  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.254671 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2497  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.99 
 
 		 441 aa  153  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.693468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0843  glucarate dehydratase  29.22 
 
 		 446 aa  153  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3240  D-glucarate dehydratase  30.12 
 
 		 446 aa  153  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0783146 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0900  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.09 
 
 		 446 aa  153  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2926  glucarate dehydratase  30.09 
 
 		 446 aa  152  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1216  D-glucarate dehydratase  32.34 
 
 		 449 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529304  normal  0.0486159 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0924  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.86 
 
 		 446 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02633  predicted glucarate dehydratase  29.86 
 
 		 446 aa  151  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4275  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.63 
 
 		 450 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02595  hypothetical protein  29.86 
 
 		 446 aa  151  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2932  glucarate dehydratase  29.86 
 
 		 446 aa  151  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2142  glucarate dehydratase  29 
 
 		 450 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4102  glucarate dehydratase  29.47 
 
 		 449 aa  150  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3182  glucarate dehydratase  29.16 
 
 		 446 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.475312  normal  0.651115 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0925  glucarate dehydratase  28.67 
 
 		 446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6530  glucarate dehydratase  29.95 
 
 		 449 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124321  normal  0.118965 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3166  glucarate dehydratase  29.16 
 
 		 446 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.193762  normal  0.0642923 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3280  glucarate dehydratase  29.16 
 
 		 446 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.455755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1214  D-glucarate dehydratase  29.24 
 
 		 464 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0710823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3119  glucarate dehydratase  29.16 
 
 		 446 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.593552 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3092  glucarate dehydratase  29.63 
 
 		 446 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.026036  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0684  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.23 
 
 		 450 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1139  glucarate dehydratase  29.23 
 
 		 450 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.94 
 
 		 450 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1163  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 		 450 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3623  glucarate dehydratase  30.15 
 
 		 451 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02632  (D)-glucarate dehydratase 1  28.43 
 
 		 446 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0901  glucarate dehydratase  28.43 
 
 		 446 aa  147  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02594  hypothetical protein  28.43 
 
 		 446 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3091  glucarate dehydratase  28.43 
 
 		 446 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00700735  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2931  glucarate dehydratase  28.43 
 
 		 446 aa  147  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.923462  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4047  glucarate dehydratase  28.43 
 
 		 446 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3395  glucarate dehydratase  28.67 
 
 		 446 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1045  glucarate dehydratase  28.77 
 
 		 450 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.567238 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0539  glucarate dehydratase  29.95 
 
 		 449 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492128  normal  0.504058 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3555  glucarate dehydratase  29.16 
 
 		 446 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3101  glucarate dehydratase  28.92 
 
 		 446 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2925  glucarate dehydratase  28.43 
 
 		 446 aa  146  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3086  glucarate dehydratase  28.19 
 
 		 446 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0151  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1731  glucarate dehydratase  28.67 
 
 		 451 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00228751  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1130  glucarate dehydratase  28.88 
 
 		 444 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3421  D-glucarate dehydratase  28.54 
 
 		 444 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3556  Glucarate dehydratase  28.2 
 
 		 450 aa  144  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3396  Glucarate dehydratase  28.2 
 
 		 450 aa  142  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3120  glucarate dehydratase  27.88 
 
 		 450 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1118  glucarate dehydratase  29.04 
 
 		 444 aa  140  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.958385 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4449  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.63 
 
 		 469 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.644266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4583  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.63 
 
 		 469 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.674394  normal  0.416536 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1017  glucarate dehydratase  29.17 
 
 		 445 aa  139  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0552689  normal  0.150619 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3285  glucarate dehydratase  28.1 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1990  glucarate dehydratase  30.72 
 
 		 445 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.202051  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0829  glucarate dehydratase protein  31.58 
 
 		 445 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.267714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>