More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1083 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_1083  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
419 aa  845    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00426043  hitchhiker  0.00242262 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1488  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.92 
 
 
418 aa  541  1e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4200  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.16 
 
 
421 aa  525  1e-148  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.370116  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0754  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.71 
 
 
421 aa  522  1e-147  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1029  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.44 
 
 
419 aa  519  1e-146  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.250337  normal  0.268513 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0035  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.81 
 
 
433 aa  514  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.45154 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.34 
 
 
435 aa  491  9.999999999999999e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18905  decreased coverage  0.00252858 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00613  conserved hypothetical protein  57.21 
 
 
424 aa  491  1e-137  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.672902  normal  0.858141 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1955  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.85 
 
 
424 aa  475  1e-133  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2097  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.6 
 
 
429 aa  470  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368984 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0479  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.08 
 
 
429 aa  459  9.999999999999999e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.663029  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0254  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.72 
 
 
438 aa  450  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346472  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2486  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.88 
 
 
422 aa  442  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1996  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.33 
 
 
435 aa  443  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.171135  normal  0.939306 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1796  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.86 
 
 
435 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.036992  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6284  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.88 
 
 
424 aa  431  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2716  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.98 
 
 
424 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0734376  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2911  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  47.51 
 
 
424 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3283  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.53 
 
 
424 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686911  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1068  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.96 
 
 
434 aa  394  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.391722 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1407  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.31 
 
 
429 aa  387  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0463415  normal  0.702374 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0645  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  42.53 
 
 
397 aa  273  3e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.151939 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2393  glucarate dehydratase  38.52 
 
 
444 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.617772  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0809  glucarate dehydratase  35.42 
 
 
446 aa  232  7.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2481  glucarate dehydratase  36.07 
 
 
441 aa  231  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762164  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3240  D-glucarate dehydratase  34.7 
 
 
446 aa  230  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0783146 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5845  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.55 
 
 
415 aa  230  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0842  Glucarate dehydratase  35.01 
 
 
453 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.545959  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0843  glucarate dehydratase  34.93 
 
 
446 aa  225  9e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4757  glucarate dehydratase  36.3 
 
 
448 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00282791  hitchhiker  0.00286979 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3003  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.28 
 
 
419 aa  225  1e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000677382 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3555  glucarate dehydratase  35.16 
 
 
446 aa  224  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4766  glucarate dehydratase  36.3 
 
 
451 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1079  glucarate dehydratase protein  35.91 
 
 
453 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.786774  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0901  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  223  6e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4047  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  223  6e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0925  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  223  6e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3091  glucarate dehydratase  34.32 
 
 
446 aa  223  7e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00700735  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02632  (D)-glucarate dehydratase 1  34.25 
 
 
446 aa  222  8e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0349  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.63 
 
 
442 aa  222  8e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2699  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.29 
 
 
421 aa  222  8e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.88946  normal  0.681606 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2931  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  222  8e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.923462  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02594  hypothetical protein  34.25 
 
 
446 aa  222  8e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4631  glucarate dehydratase  36.07 
 
 
451 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139469  hitchhiker  0.000950159 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0663  glucarate dehydratase  36.07 
 
 
451 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3119  glucarate dehydratase  34.47 
 
 
446 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.593552 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3395  glucarate dehydratase  34.7 
 
 
446 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1130  glucarate dehydratase  35.32 
 
 
444 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3086  glucarate dehydratase  34.47 
 
 
446 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0151  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2925  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  221  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2497  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.44 
 
 
441 aa  220  3.9999999999999997e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.693468  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3166  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.193762  normal  0.0642923 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3182  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.475312  normal  0.651115 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3280  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.455755 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3101  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3421  D-glucarate dehydratase  34.72 
 
 
444 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3721  D-glucarate dehydratase  35.02 
 
 
447 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0946  glucarate dehydratase  34.77 
 
 
456 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.189357  normal  0.0818467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3623  glucarate dehydratase  35.24 
 
 
451 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1216  D-glucarate dehydratase  36.38 
 
 
449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529304  normal  0.0486159 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3241  D-glucarate dehydratase  34.94 
 
 
447 aa  214  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0695422 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1011  glucarate dehydratase  34.55 
 
 
456 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3396  Glucarate dehydratase  34.39 
 
 
450 aa  213  5.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1990  glucarate dehydratase  35.94 
 
 
445 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.202051  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3092  glucarate dehydratase  33.79 
 
 
446 aa  213  7e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.026036  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1731  glucarate dehydratase  34.79 
 
 
451 aa  212  9e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00228751  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3556  Glucarate dehydratase  34.16 
 
 
450 aa  212  9e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0539  glucarate dehydratase  35.7 
 
 
449 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492128  normal  0.504058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6204  glucarate dehydratase  37.04 
 
 
451 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.254671 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1790  Glucarate dehydratase  35.94 
 
 
445 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2926  glucarate dehydratase  34.02 
 
 
446 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1118  glucarate dehydratase  36.08 
 
 
444 aa  211  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.958385 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.75 
 
 
450 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0924  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.79 
 
 
446 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3167  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.153553 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0900  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.02 
 
 
446 aa  211  3e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3183  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.558486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02633  predicted glucarate dehydratase  33.79 
 
 
446 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2932  glucarate dehydratase  33.79 
 
 
446 aa  210  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1045  glucarate dehydratase  35.68 
 
 
450 aa  210  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.567238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02595  hypothetical protein  33.79 
 
 
446 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3102  glucarate dehydratase  34.25 
 
 
446 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7096  glucarate dehydratase  36.64 
 
 
450 aa  210  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486467  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4102  glucarate dehydratase  34.78 
 
 
449 aa  209  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1214  D-glucarate dehydratase  34.16 
 
 
464 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0710823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6488  (D)-glucarate dehydratase 1  34.11 
 
 
451 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3120  glucarate dehydratase  34.02 
 
 
446 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.796929 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6530  glucarate dehydratase  35.32 
 
 
449 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124321  normal  0.118965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3120  glucarate dehydratase  35.33 
 
 
450 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0970  D-glucarate dehydratase  33.26 
 
 
450 aa  208  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.886707  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1017  glucarate dehydratase  34.1 
 
 
445 aa  207  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0552689  normal  0.150619 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4275  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35 
 
 
450 aa  206  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2142  glucarate dehydratase  35.23 
 
 
450 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0248  glucarate dehydratase  34.62 
 
 
445 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1139  glucarate dehydratase  34.77 
 
 
450 aa  203  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0684  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.77 
 
 
450 aa  203  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1163  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.77 
 
 
450 aa  203  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3285  glucarate dehydratase  34.64 
 
 
450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0808  Glucarate dehydratase  33.87 
 
 
461 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0189  glucarate dehydratase  37.41 
 
 
457 aa  200  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>