More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5889 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5889  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
360 aa  733    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.05 
 
 
356 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2863  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.51 
 
 
353 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2856  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.58 
 
 
350 aa  159  8e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2431  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.51 
 
 
353 aa  159  8e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.784789 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.89 
 
 
350 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.89 
 
 
350 aa  158  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2652  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.89 
 
 
350 aa  158  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.59335  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1937  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.37 
 
 
347 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.611511  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2659  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.27 
 
 
350 aa  156  6e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478585  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2850  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.27 
 
 
350 aa  156  6e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2610  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.58 
 
 
350 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.562988  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2879  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.27 
 
 
350 aa  149  8e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00129652  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.9 
 
 
346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.48 
 
 
369 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.48 
 
 
369 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1938  hypothetical protein  32.97 
 
 
367 aa  144  3e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.48 
 
 
369 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  32.97 
 
 
367 aa  142  7e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.27 
 
 
355 aa  142  9e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.3 
 
 
369 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.62 
 
 
369 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.3 
 
 
369 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.98 
 
 
369 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.98 
 
 
369 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.33 
 
 
369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.33 
 
 
369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  29.41 
 
 
368 aa  140  4.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3758  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.24 
 
 
367 aa  139  6e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.379119  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  33.94 
 
 
356 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.15 
 
 
386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.65 
 
 
386 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.91 
 
 
362 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.23 
 
 
364 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.5 
 
 
366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1129  chloromuconate cycloisomerase  30.14 
 
 
370 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4404  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.52 
 
 
393 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3044  muconate cycloisomerase  30.12 
 
 
391 aa  119  7e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2539  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.88 
 
 
367 aa  118  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3042  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.86 
 
 
372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6465  muconate cycloisomerase  30.21 
 
 
370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1870  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.79 
 
 
395 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2730  muconate cycloisomerase I  30.46 
 
 
373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.878186  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1855  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  30.32 
 
 
376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000301003 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03930  enolase superfamily enzyme related to L-alanine-DL-glutamate epimerase  34.67 
 
 
380 aa  114  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1442  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.38 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0594  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.98 
 
 
345 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.66 
 
 
356 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2325  muconate cycloisomerase  28.92 
 
 
377 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2026  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.05 
 
 
341 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2963  muconate cycloisomerase  29.23 
 
 
373 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2053  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.92 
 
 
373 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.363775  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2705  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.92 
 
 
373 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601641  normal  0.625417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3715  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.92 
 
 
373 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.103603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2204  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.31 
 
 
373 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1375  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.32 
 
 
367 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.992091  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1393  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.32 
 
 
367 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0343363  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1409  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.32 
 
 
367 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435097  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.33 
 
 
388 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1425  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.77 
 
 
369 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.548292  normal  0.323436 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1361  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.77 
 
 
369 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200471  normal  0.0699312 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5106  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.4 
 
 
373 aa  104  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.324835  normal  0.598323 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.23 
 
 
363 aa  104  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5793  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.47 
 
 
390 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0158  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.66 
 
 
400 aa  103  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0140  muconate and chloromuconate cycloisomerases  29.66 
 
 
400 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3495  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.87 
 
 
395 aa  103  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  hitchhiker  0.00826099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4358  muconate and chloromuconate cycloisomerase  31.5 
 
 
391 aa  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2289  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.35 
 
 
346 aa  102  9e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1800  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.96 
 
 
368 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0818584 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0917  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.76 
 
 
345 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1588  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.89 
 
 
375 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0427151  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.36 
 
 
390 aa  100  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0939  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.76 
 
 
345 aa  100  4e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.193759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32220  muconate cycloisomerase I  29.85 
 
 
373 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.63 
 
 
371 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6474  muconate cycloisomerase  28.8 
 
 
400 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4007  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.25 
 
 
368 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2119  muconate and chloromuconate cycloisomerases  30.63 
 
 
394 aa  100  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.380103  normal  0.138731 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1270  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.68 
 
 
390 aa  99.8  6e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.156598  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1408  muconate cycloisomerase  30.43 
 
 
371 aa  99.8  8e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0829696 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2417  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
368 aa  99.4  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48612  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  30.72 
 
 
382 aa  99.4  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  24.26 
 
 
393 aa  99  1e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1639  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.08 
 
 
342 aa  98.2  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3658  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.02 
 
 
360 aa  97.8  2e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4878  muconate cycloisomerase  28.24 
 
 
374 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.752698 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.65 
 
 
366 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3662  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.21 
 
 
377 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246174  normal  0.215433 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1689  muconate cycloisomerase  30.03 
 
 
374 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4400  muconate cycloisomerase  30.03 
 
 
372 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273769  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3635  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.58 
 
 
375 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5499  muconate and chloromuconate cycloisomerases  29.86 
 
 
377 aa  97.1  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0761  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.81 
 
 
343 aa  96.7  6e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0975  muconate cycloisomerase  27.59 
 
 
395 aa  96.3  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.995567  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2532  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.32 
 
 
370 aa  96.3  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1114  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.35 
 
 
356 aa  95.9  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222874  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0199  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.82 
 
 
409 aa  95.9  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4593  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.21 
 
 
377 aa  95.9  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3770  muconate and chloromuconate cycloisomerases  30.21 
 
 
377 aa  95.9  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0345801  normal  0.382092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>