More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2417 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1800  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  95.38 
 
 
368 aa  704    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0818584 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2417  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
368 aa  735    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48612  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0710  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.95 
 
 
367 aa  410  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.39 
 
 
362 aa  206  6e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5487  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.89 
 
 
372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.111107  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3658  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.79 
 
 
360 aa  191  1e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.74 
 
 
371 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.337578  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1114  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.36 
 
 
356 aa  182  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222874  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 
356 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1900  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.18 
 
 
368 aa  178  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0133232 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1639  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.44 
 
 
342 aa  171  1e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0761  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.81 
 
 
343 aa  172  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2863  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.46 
 
 
353 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2659  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.26 
 
 
350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478585  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.26 
 
 
350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2850  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.26 
 
 
350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2856  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.26 
 
 
350 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2431  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.16 
 
 
353 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.784789 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.26 
 
 
350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2610  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.96 
 
 
350 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.562988  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2879  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.67 
 
 
350 aa  159  7e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00129652  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2652  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.38 
 
 
350 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.59335  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  36.21 
 
 
356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0939  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.59 
 
 
345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.193759  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0917  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.59 
 
 
345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.9 
 
 
346 aa  152  8.999999999999999e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1937  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.72 
 
 
347 aa  152  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.611511  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.08 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0055  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
343 aa  147  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.726209  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.92 
 
 
356 aa  145  1e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.54 
 
 
364 aa  142  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03930  enolase superfamily enzyme related to L-alanine-DL-glutamate epimerase  33.33 
 
 
380 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.38 
 
 
366 aa  136  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  28.86 
 
 
367 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1834  chloromuconate cycloisomerase, putative  31.32 
 
 
356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1442  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.62 
 
 
365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3758  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.44 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.379119  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1785  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1938  hypothetical protein  27.71 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.32 
 
 
369 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0594  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.42 
 
 
345 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.45 
 
 
369 aa  123  6e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  30.03 
 
 
368 aa  122  8e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.55 
 
 
369 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.04 
 
 
369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.55 
 
 
369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.04 
 
 
369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1622  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.69 
 
 
349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.624827 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1855  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  28.19 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000301003 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.55 
 
 
369 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.17 
 
 
369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.27 
 
 
369 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.89 
 
 
369 aa  117  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2780  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.82 
 
 
339 aa  112  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1379  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.74 
 
 
342 aa  109  6e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.301111 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5889  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
360 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5106  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
373 aa  106  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.324835  normal  0.598323 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2509  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.21 
 
 
341 aa  105  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0306929 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.58 
 
 
340 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217367  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1555  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.03 
 
 
327 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0801635 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1741  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.22 
 
 
370 aa  103  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6349  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.43 
 
 
340 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1406  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.21 
 
 
350 aa  103  6e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1934  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.51 
 
 
355 aa  103  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2289  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.14 
 
 
346 aa  103  7e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1128  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.9 
 
 
344 aa  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391026  hitchhiker  0.00171019 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2168  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.42 
 
 
336 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.203717  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1870  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.8 
 
 
395 aa  99.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0097  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.41 
 
 
345 aa  97.8  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.549415  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0148  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.03 
 
 
321 aa  97.1  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1985  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.5 
 
 
327 aa  97.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.503253  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1679  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.09 
 
 
362 aa  97.4  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.977341 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.65 
 
 
327 aa  95.9  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6424  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.62 
 
 
336 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0110066  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2615  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.71 
 
 
326 aa  95.1  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.408637  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2556  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.34 
 
 
333 aa  94  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2438  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.05 
 
 
370 aa  94  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.502974  normal  0.215432 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4404  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.78 
 
 
393 aa  93.6  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2570  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
362 aa  93.2  7e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.968156  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3512  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.5 
 
 
350 aa  92.4  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3258  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.37 
 
 
355 aa  92.4  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.915646  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1827  o-succinylbenzoic acid (OSB) synthetase  28.12 
 
 
372 aa  92.4  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.243461  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2799  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.73 
 
 
326 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1177  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  30.7 
 
 
450 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0928743  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4363  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.22 
 
 
377 aa  91.3  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4056  L-alanine-DL-glutamate epimerase fmaily protein  29.48 
 
 
371 aa  91.3  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.24697  normal  0.156881 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3591  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.89 
 
 
345 aa  91.3  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4029  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.15 
 
 
385 aa  90.5  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4658  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32 
 
 
327 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0158  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.78 
 
 
400 aa  90.1  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1823  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.83 
 
 
354 aa  90.1  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0140  muconate and chloromuconate cycloisomerases  27.78 
 
 
400 aa  89.7  7e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3588  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.98 
 
 
357 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.143432 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3890  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.78 
 
 
342 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1408  muconate cycloisomerase  29.41 
 
 
371 aa  88.2  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0829696 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4960  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.25 
 
 
377 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2373  hypothetical protein  28.7 
 
 
344 aa  87.8  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.926333 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1219  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.32 
 
 
338 aa  87.4  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6166  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.27 
 
 
371 aa  87.4  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0199  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.84 
 
 
409 aa  87.4  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>