More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1555 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1555  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
327 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0801635 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1985  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.97 
 
 
327 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.503253  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2196  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.28 
 
 
327 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.965659  normal  0.067704 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  59.63 
 
 
327 aa  395  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1018  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  60.55 
 
 
326 aa  388  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2106  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.94 
 
 
326 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2799  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.47 
 
 
326 aa  390  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0985  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  60.24 
 
 
326 aa  385  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.87 
 
 
326 aa  358  5e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4658  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.02 
 
 
327 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2904  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.02 
 
 
326 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.099364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.08 
 
 
326 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2677  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.02 
 
 
326 aa  354  8.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.594823 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3167  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  55.38 
 
 
321 aa  352  4e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1177  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  56.5 
 
 
450 aa  351  1e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0928743  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1406  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.63 
 
 
326 aa  350  3e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.756048  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1314  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  54.94 
 
 
336 aa  349  3e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4486  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.28 
 
 
331 aa  348  8e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1626  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.12 
 
 
331 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.87577  normal  0.584228 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4541  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.44 
 
 
326 aa  346  4e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3415  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.97 
 
 
326 aa  344  1e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.562408  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2509  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.52 
 
 
341 aa  344  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0306929 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1219  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.12 
 
 
338 aa  340  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2483  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.91 
 
 
320 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.45 
 
 
336 aa  335  7e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5558  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  56.88 
 
 
331 aa  332  6e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1451  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  59.13 
 
 
331 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470419  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1635  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  56.97 
 
 
331 aa  329  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4112  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.06 
 
 
328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715946  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1769  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.04 
 
 
320 aa  326  3e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0415  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.04 
 
 
320 aa  326  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1085  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  54.94 
 
 
333 aa  323  2e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.11488  normal  0.296845 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0365  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  54.13 
 
 
317 aa  320  3e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.957431  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2808  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.63 
 
 
334 aa  318  7e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1041  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  52.78 
 
 
329 aa  316  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00062524  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.76 
 
 
327 aa  309  4e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.256273  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50 
 
 
332 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134382  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2556  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.01 
 
 
333 aa  299  5e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2968  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  50 
 
 
326 aa  298  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.708756  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2790  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  47.32 
 
 
341 aa  286  4e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2150  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.19 
 
 
321 aa  273  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2615  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.05 
 
 
326 aa  266  4e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.408637  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06558  muconate cycloisomerase I  45.65 
 
 
328 aa  260  3e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1537  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  44.23 
 
 
321 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01302  L-Ala-D/L-Glu epimerase  44.23 
 
 
321 aa  258  7e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0419339  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.23 
 
 
321 aa  258  7e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1440  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  44.23 
 
 
321 aa  258  7e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01313  hypothetical protein  44.23 
 
 
321 aa  258  7e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0357546  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1971  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  43.91 
 
 
321 aa  258  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.402393 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3258  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.15 
 
 
355 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.915646  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1796  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  43.91 
 
 
321 aa  258  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.671548  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0148  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.52 
 
 
321 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2300  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.59 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.467318  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1559  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  43.59 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1806  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain protein  43.59 
 
 
321 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.384509  normal  0.463318 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1796  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  43.46 
 
 
324 aa  248  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1904  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.46 
 
 
324 aa  248  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2387  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  43.46 
 
 
324 aa  248  8e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.991592  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1805  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain protein  43.59 
 
 
321 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000648623 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1469  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain protein  43.59 
 
 
321 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.79096  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1651  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain-containing protein  43.27 
 
 
321 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0400124  hitchhiker  0.00630441 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000679  muconate cycloisomerase  43.87 
 
 
330 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1867  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N- domain-containing protein  42.95 
 
 
321 aa  243  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.17899 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3969  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.9 
 
 
321 aa  242  6e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1464  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  42.38 
 
 
335 aa  241  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.21548  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1268  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.77 
 
 
337 aa  239  6.999999999999999e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0161806  hitchhiker  0.00728152 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1823  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.08 
 
 
354 aa  231  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4351  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.85 
 
 
349 aa  228  8e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4396  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.48 
 
 
322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0100887  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1976  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.25 
 
 
329 aa  219  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.49704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1128  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.24 
 
 
344 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391026  hitchhiker  0.00171019 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4107  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.87 
 
 
322 aa  217  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.130678  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4609  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.67 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.660444  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0594  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.18 
 
 
345 aa  175  8e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1406  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.48 
 
 
350 aa  174  1.9999999999999998e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1622  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.66 
 
 
349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.624827 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3512  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.03 
 
 
350 aa  162  8.000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3591  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.36 
 
 
345 aa  162  8.000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2373  hypothetical protein  32.84 
 
 
344 aa  160  3e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.926333 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3588  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.08 
 
 
357 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.143432 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1379  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.22 
 
 
342 aa  153  5e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.301111 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2289  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.35 
 
 
346 aa  152  8e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4056  L-alanine-DL-glutamate epimerase fmaily protein  32.62 
 
 
371 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.24697  normal  0.156881 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3890  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.81 
 
 
342 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.72 
 
 
346 aa  144  2e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6349  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.55 
 
 
340 aa  142  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2026  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.09 
 
 
341 aa  142  7e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0097  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.39 
 
 
345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.549415  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2780  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.07 
 
 
339 aa  139  6e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6424  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.92 
 
 
336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0110066  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4344  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.94 
 
 
350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4406  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.45 
 
 
350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.804471  hitchhiker  0.00122812 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.02 
 
 
356 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2168  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.65 
 
 
336 aa  123  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.203717  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.03 
 
 
362 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1900  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.57 
 
 
368 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0133232 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.36 
 
 
340 aa  117  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217367  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3658  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.23 
 
 
360 aa  116  5e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.84 
 
 
350 aa  116  6e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1670  L-alanine-DL-glutamate epimerase  27.74 
 
 
344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>