More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4878 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1689  muconate cycloisomerase  92.25 
 
 		 374 aa  700    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4400  muconate cycloisomerase  92.99 
 
 		 372 aa  698    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273769  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4878  muconate cycloisomerase  100 
 
 		 374 aa  749    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.752698 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1588  muconate and chloromuconate cycloisomerase  82.75 
 
 		 375 aa  630  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0427151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2325  muconate cycloisomerase  65.12 
 
 		 377 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2963  muconate cycloisomerase  65.12 
 
 		 373 aa  480  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3715  muconate and chloromuconate cycloisomerase  63.86 
 
 		 373 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.103603 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2053  muconate and chloromuconate cycloisomerase  63.61 
 
 		 373 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.363775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2705  muconate and chloromuconate cycloisomerase  63.34 
 
 		 373 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601641  normal  0.625417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2204  muconate and chloromuconate cycloisomerase  63.88 
 
 		 373 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2730  muconate cycloisomerase I  63.24 
 
 		 373 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.878186  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1361  muconate and chloromuconate cycloisomerase  64.67 
 
 		 369 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200471  normal  0.0699312 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1425  muconate and chloromuconate cycloisomerase  64.4 
 
 		 369 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.548292  normal  0.323436 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1132  muconate and chloromuconate cycloisomerase  60.81 
 
 		 396 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32220  muconate cycloisomerase I  63.78 
 
 		 373 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0975  muconate cycloisomerase  58.22 
 
 		 395 aa  441  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.995567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4358  muconate and chloromuconate cycloisomerase  62.67 
 
 		 391 aa  438  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3828  muconate and chloromuconate cycloisomerase  63.32 
 
 		 387 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.126456  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7044  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.11 
 
 		 378 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.418451 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4960  muconate and chloromuconate cycloisomerase  60.38 
 
 		 377 aa  429  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6587  muconate and chloromuconate cycloisomerases  57.88 
 
 		 387 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.98653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2153  muconate and chloromuconate cycloisomerase  58.81 
 
 		 385 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2566  muconate cycloisomerase  60.27 
 
 		 377 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0200  muconate cycloisomerase  60.54 
 
 		 377 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1572  muconate cycloisomerase  60.54 
 
 		 377 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.95887  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0986  muconate cycloisomerase  60.27 
 
 		 377 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.55882  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0485  muconate cycloisomerase  60.54 
 
 		 377 aa  425  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1375  muconate cycloisomerase  60.54 
 
 		 377 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6302  muconate and chloromuconate cycloisomerase  57.88 
 
 		 378 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.564613  normal  0.0132989 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3235  muconate and chloromuconate cycloisomerase  57.34 
 
 		 378 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400867 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2710  muconate cycloisomerase  60.27 
 
 		 377 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.321006  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0231  muconate cycloisomerase  60.54 
 
 		 377 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3662  muconate and chloromuconate cycloisomerase  59.3 
 
 		 377 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246174  normal  0.215433 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5499  muconate and chloromuconate cycloisomerases  58.76 
 
 		 377 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4029  muconate and chloromuconate cycloisomerase  57.99 
 
 		 385 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3042  muconate and chloromuconate cycloisomerase  55.11 
 
 		 372 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1174  muconate and chloromuconate cycloisomerases  61.04 
 
 		 396 aa  417  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.676912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2328  muconate cycloisomerase  59.3 
 
 		 377 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3753  muconate and chloromuconate cycloisomerase  59.62 
 
 		 377 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2108  muconate cycloisomerase  58.27 
 
 		 385 aa  408  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4593  muconate and chloromuconate cycloisomerase  59.62 
 
 		 377 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3770  muconate and chloromuconate cycloisomerases  59.62 
 
 		 377 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0345801  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1270  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.85 
 
 		 390 aa  395  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.156598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0158  muconate and chloromuconate cycloisomerase  51.49 
 
 		 400 aa  350  3e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0140  muconate and chloromuconate cycloisomerases  51.22 
 
 		 400 aa  348  7e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1870  muconate and chloromuconate cycloisomerase  50.27 
 
 		 395 aa  345  7e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2119  muconate and chloromuconate cycloisomerases  50.68 
 
 		 394 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.380103  normal  0.138731 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1129  chloromuconate cycloisomerase  46.05 
 
 		 370 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0199  muconate and chloromuconate cycloisomerase  49.86 
 
 		 409 aa  331  1e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6465  muconate cycloisomerase  44.99 
 
 		 370 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2373  muconate and chloromuconate cycloisomerase  47.97 
 
 		 389 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.385749  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1329  muconate and chloromuconate cycloisomerase  49.05 
 
 		 389 aa  289  6e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6474  muconate cycloisomerase  39.78 
 
 		 400 aa  265  8.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.87 
 
 		 369 aa  171  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5793  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.66 
 
 		 390 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.33 
 
 		 369 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.33 
 
 		 369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.33 
 
 		 369 aa  166  9e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.05 
 
 		 369 aa  164  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4404  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.9 
 
 		 393 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.05 
 
 		 369 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.05 
 
 		 369 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.3 
 
 		 386 aa  163  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.78 
 
 		 369 aa  162  9e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.05 
 
 		 369 aa  162  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.51 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.28 
 
 		 356 aa  156  6e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3635  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.73 
 
 		 375 aa  155  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1357  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.16 
 
 		 367 aa  153  5e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.108147 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.11 
 
 		 366 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1393  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.25 
 
 		 367 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0343363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1375  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.25 
 
 		 367 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.992091  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1409  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.25 
 
 		 367 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.99 
 
 		 386 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 		 367 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.98 
 
 		 370 aa  145  8.000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.467092  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3044  muconate cycloisomerase  32.21 
 
 		 391 aa  144  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3495  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.84 
 
 		 395 aa  138  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  hitchhiker  0.00826099 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1295  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.71 
 
 		 367 aa  138  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.515012  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2943  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.22 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.874721  normal  0.0528215 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1408  muconate cycloisomerase  30.97 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6166  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.91 
 
 		 371 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1827  o-succinylbenzoic acid (OSB) synthetase  30.46 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.243461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1931  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.95 
 
 		 366 aa  123  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.132079  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0393  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.68 
 
 		 369 aa  122  9e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0183441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.82 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.96 
 
 		 364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1741  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.84 
 
 		 370 aa  121  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2001  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.8 
 
 		 368 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.974655 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3758  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.98 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.379119  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.18 
 
 		 346 aa  120  3.9999999999999996e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  26.51 
 
 		 368 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1855  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  27.87 
 
 		 376 aa  119  7e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000301003 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  29.66 
 
 		 356 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1937  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.05 
 
 		 347 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.611511  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1938  hypothetical protein  27.13 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  26.8 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5705  O-succinylbenzoate synthase  30.25 
 
 		 366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6822  O-succinylbenzoic acid synthetase  30.6 
 
 		 366 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5102  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.23 
 
 		 374 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.401813 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>