More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6060 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 386 aa  780    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  71.09 
 
 		 386 aa  554  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3044  muconate cycloisomerase  43.04 
 
 		 391 aa  294  2e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.46 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.46 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.46 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.46 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.2 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.09 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.46 
 
 		 369 aa  159  5e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.2 
 
 		 369 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.46 
 
 		 369 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.2 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1425  muconate and chloromuconate cycloisomerase  32.47 
 
 		 369 aa  156  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.548292  normal  0.323436 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1361  muconate and chloromuconate cycloisomerase  32.47 
 
 		 369 aa  156  6e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200471  normal  0.0699312 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1588  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.31 
 
 		 375 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0427151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1132  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.57 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7044  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.62 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.418451 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6302  muconate and chloromuconate cycloisomerase  31.62 
 
 		 378 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.564613  normal  0.0132989 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4358  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.31 
 
 		 391 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3042  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.64 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4400  muconate cycloisomerase  30.99 
 
 		 372 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273769  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6587  muconate and chloromuconate cycloisomerases  31.11 
 
 		 387 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.98653 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4878  muconate cycloisomerase  30.99 
 
 		 374 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.752698 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1689  muconate cycloisomerase  30.73 
 
 		 374 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2943  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.41 
 
 		 381 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.874721  normal  0.0528215 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3235  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.57 
 
 		 378 aa  145  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400867 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.19 
 
 		 355 aa  143  5e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2856  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  33.22 
 
 		 350 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2325  muconate cycloisomerase  28.42 
 
 		 377 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2140  mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  27.49 
 
 		 368 aa  139  7.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  33.22 
 
 		 350 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2645  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.91 
 
 		 369 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.42 
 
 		 368 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.165898 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.89 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1408  muconate cycloisomerase  30.16 
 
 		 371 aa  136  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829696 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2705  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.64 
 
 		 373 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601641  normal  0.625417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2204  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.79 
 
 		 373 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3715  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.53 
 
 		 373 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.103603 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2879  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.89 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00129652  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.76 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4960  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.85 
 
 		 377 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1929  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.18 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1375  muconate cycloisomerase  31.3 
 
 		 377 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2730  muconate cycloisomerase I  28.79 
 
 		 373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.878186  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2659  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.55 
 
 		 350 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478585  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0200  muconate cycloisomerase  31.3 
 
 		 377 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0231  muconate cycloisomerase  31.3 
 
 		 377 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2850  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.55 
 
 		 350 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1572  muconate cycloisomerase  31.3 
 
 		 377 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.95887  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2053  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.28 
 
 		 373 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.363775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0986  muconate cycloisomerase  31.3 
 
 		 377 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.55882  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1295  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.9 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.515012  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1270  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.02 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.156598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2566  muconate cycloisomerase  31.3 
 
 		 377 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3635  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.44 
 
 		 375 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2710  muconate cycloisomerase  31.3 
 
 		 377 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.321006  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5889  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.15 
 
 		 360 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2373  muconate and chloromuconate cycloisomerase  32.56 
 
 		 389 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.385749  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2610  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.67 
 
 		 350 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.562988  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3495  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.32 
 
 		 395 aa  132  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179045  hitchhiker  0.00826099 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0485  muconate cycloisomerase  31.11 
 
 		 377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4029  muconate and chloromuconate cycloisomerase  28.98 
 
 		 385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2863  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  32.21 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3662  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.33 
 
 		 377 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246174  normal  0.215433 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5499  muconate and chloromuconate cycloisomerases  30.08 
 
 		 377 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1716  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.28 
 
 		 375 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1870  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.41 
 
 		 395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2963  muconate cycloisomerase  27.98 
 
 		 373 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  32.78 
 
 		 356 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2652  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.89 
 
 		 350 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.59335  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6474  muconate cycloisomerase  26.79 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4593  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.59 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2431  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.88 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.784789 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3770  muconate and chloromuconate cycloisomerases  30.59 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0345801  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5793  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.31 
 
 		 390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0975  muconate cycloisomerase  29.19 
 
 		 395 aa  126  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.995567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2328  muconate cycloisomerase  30.59 
 
 		 377 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.94 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1174  muconate and chloromuconate cycloisomerases  30.26 
 
 		 396 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.676912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3753  muconate and chloromuconate cycloisomerase  30.08 
 
 		 377 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4404  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.69 
 
 		 393 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2539  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.48 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1931  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.65 
 
 		 366 aa  125  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.132079  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5106  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.72 
 
 		 373 aa  124  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.324835  normal  0.598323 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0140  muconate and chloromuconate cycloisomerases  30.1 
 
 		 400 aa  124  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.48 
 
 		 346 aa  124  4e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0826  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.61 
 
 		 371 aa  124  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0158  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.85 
 
 		 400 aa  123  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.01 
 
 		 370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.161308  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1741  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.58 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0199  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.58 
 
 		 409 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.45 
 
 		 377 aa  119  7e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.1 
 
 		 364 aa  119  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2153  muconate and chloromuconate cycloisomerase  27.91 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03930  enolase superfamily enzyme related to L-alanine-DL-glutamate epimerase  32.11 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1925  hypothetical protein  27.76 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1938  hypothetical protein  28.11 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1329  muconate and chloromuconate cycloisomerase  33.33 
 
 		 389 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32220  muconate cycloisomerase I  29.16 
 
 		 373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>