More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3955 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3955  argininosuccinate lyase  100 
 
 
499 aa  993    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3642  hypothetical protein  88.54 
 
 
520 aa  781    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0304032  normal  0.123146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4386  argininosuccinate lyase  45.7 
 
 
499 aa  404  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0004  argininosuccinate lyase  35.4 
 
 
491 aa  266  7e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.52791 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1168  argininosuccinate lyase  33.48 
 
 
487 aa  256  5e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1671  argininosuccinate lyase  31.39 
 
 
481 aa  256  5e-67  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1738  argininosuccinate lyase  42.16 
 
 
462 aa  255  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.44445  normal  0.823311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3489  argininosuccinate lyase  41.05 
 
 
463 aa  252  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.169097 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1010  argininosuccinate lyase  30.3 
 
 
481 aa  250  5e-65  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3477  argininosuccinate lyase  40.43 
 
 
465 aa  250  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0739  argininosuccinate lyase  36.01 
 
 
474 aa  249  5e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.730139  normal  0.199189 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4875  argininosuccinate lyase  39.62 
 
 
488 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0936  argininosuccinate lyase  39.15 
 
 
465 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0936  argininosuccinate lyase  30.09 
 
 
481 aa  248  2e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3612  argininosuccinate lyase  40.81 
 
 
463 aa  248  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3211  argininosuccinate lyase  38.86 
 
 
455 aa  246  6.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.575771 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3289  argininosuccinate lyase  40.1 
 
 
463 aa  246  8e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.52202  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7298  argininosuccinate lyase  41.23 
 
 
462 aa  246  9e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341749  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1145  argininosuccinate lyase  38.44 
 
 
463 aa  245  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0852  argininosuccinate lyase  37.31 
 
 
492 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00169507  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4504  argininosuccinate lyase  40.1 
 
 
459 aa  242  9e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.961173  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0397  argininosuccinate lyase  38.64 
 
 
478 aa  242  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0817462  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0084  argininosuccinate lyase  34.05 
 
 
493 aa  242  1e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.491917 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1025  argininosuccinate lyase  34.67 
 
 
491 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.414548  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3820  argininosuccinate lyase  32.68 
 
 
509 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.99929  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0492  argininosuccinate lyase  37.42 
 
 
487 aa  238  2e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421765  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0827  argininosuccinate lyase  38.92 
 
 
465 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.332857  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2392  argininosuccinate lyase  34.45 
 
 
499 aa  237  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4342  fumarate lyase  33.69 
 
 
500 aa  237  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1188  argininosuccinate lyase  40 
 
 
466 aa  236  6e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0735426 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0576  argininosuccinate lyase  34.29 
 
 
492 aa  236  7e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.0000000512851  decreased coverage  0.000219195 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3038  argininosuccinate lyase  36.78 
 
 
473 aa  236  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1024  argininosuccinate lyase  39.08 
 
 
465 aa  235  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.350248  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5225  argininosuccinate lyase  37.76 
 
 
465 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0715  argininosuccinate lyase  38.59 
 
 
465 aa  233  7.000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.73431 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1484  argininosuccinate lyase  35.01 
 
 
460 aa  233  8.000000000000001e-60  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.209695  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3381  argininosuccinate lyase  38.44 
 
 
476 aa  231  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.407242 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2864  argininosuccinate lyase  36.04 
 
 
458 aa  230  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15683  normal  0.0573198 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1208  argininosuccinate lyase  29.22 
 
 
481 aa  230  4e-59  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0745  argininosuccinate lyase  38.26 
 
 
471 aa  229  7e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.470577  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2022  argininosuccinate lyase  36.4 
 
 
469 aa  229  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61578  normal  0.73657 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1078  argininosuccinate lyase  36 
 
 
494 aa  229  7e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.181884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5988  argininosuccinate lyase  41.74 
 
 
462 aa  229  8e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.156903 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4391  argininosuccinate lyase  34.42 
 
 
513 aa  229  8e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.531135 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0015  argininosuccinate lyase  38.41 
 
 
478 aa  229  9e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0770  argininosuccinate lyase  36.93 
 
 
497 aa  229  1e-58  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.687371 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4220  argininosuccinate lyase  39.26 
 
 
467 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2475  argininosuccinate lyase  36.87 
 
 
474 aa  228  1e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124507 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4195  argininosuccinate lyase  39.26 
 
 
467 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0607  argininosuccinate lyase  33.94 
 
 
463 aa  228  2e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2677  argininosuccinate lyase  35.59 
 
 
469 aa  227  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47620  argininosuccinate lyase  36.72 
 
 
464 aa  226  6e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1295  argininosuccinate lyase  32.79 
 
 
504 aa  226  6e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.220763  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4071  argininosuccinate lyase  38.8 
 
 
467 aa  226  7e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.708679  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0095  argininosuccinate lyase  35.98 
 
 
457 aa  226  8e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2381  argininosuccinate lyase  36.93 
 
 
471 aa  225  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.746379 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0726  argininosuccinate lyase  36.93 
 
 
471 aa  225  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1602  argininosuccinate lyase  37.16 
 
 
460 aa  224  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.715259  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1009  argininosuccinate lyase  33.33 
 
 
460 aa  224  3e-57  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0621733  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2445  argininosuccinate lyase  36.93 
 
 
471 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10802  normal  0.34117 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0088  argininosuccinate lyase  35.28 
 
 
457 aa  223  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2151  argininosuccinate lyase  37.99 
 
 
475 aa  223  6e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000172098  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0352  argininosuccinate lyase  37.81 
 
 
474 aa  223  6e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.843873  normal  0.960581 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0278  argininosuccinate lyase  35.81 
 
 
460 aa  223  6e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2065  argininosuccinate lyase  38.04 
 
 
465 aa  223  6e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.247909 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0740  argininosuccinate lyase  34.9 
 
 
463 aa  223  7e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.121768  normal  0.29697 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3110  argininosuccinate lyase  37.05 
 
 
467 aa  223  8e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3858  argininosuccinate lyase  35.36 
 
 
467 aa  223  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.129189 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2264  argininosuccinate lyase  34.75 
 
 
491 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3062  argininosuccinate lyase  37.08 
 
 
463 aa  222  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1520  argininosuccinate lyase  32.97 
 
 
466 aa  222  1.9999999999999999e-56  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1123  argininosuccinate lyase ArgH-like protein  32.87 
 
 
458 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.168929 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3660  argininosuccinate lyase  34.73 
 
 
462 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3714  argininosuccinate lyase  34.73 
 
 
462 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.564837 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69500  argininosuccinate lyase  37.32 
 
 
464 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.764994 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2702  argininosuccinate lyase  33.64 
 
 
459 aa  221  3e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3565  argininosuccinate lyase  35.51 
 
 
466 aa  221  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.754251  normal  0.282214 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1791  argininosuccinate lyase  33.02 
 
 
461 aa  221  3e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4017  argininosuccinate lyase  36.09 
 
 
467 aa  220  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0938  argininosuccinate lyase  33.42 
 
 
460 aa  220  3.9999999999999997e-56  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3590  argininosuccinate lyase  35.65 
 
 
466 aa  220  3.9999999999999997e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0275  argininosuccinate lyase  32.1 
 
 
466 aa  220  3.9999999999999997e-56  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2536  argininosuccinate lyase  36.18 
 
 
467 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.696712 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3091  argininosuccinate lyase  35.08 
 
 
476 aa  220  3.9999999999999997e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1169  argininosuccinate lyase  36.2 
 
 
462 aa  220  5e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1981  argininosuccinate lyase  34.53 
 
 
466 aa  220  5e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1906  argininosuccinate lyase  34.53 
 
 
493 aa  220  5e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2889  argininosuccinate lyase  35.59 
 
 
462 aa  220  5e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.438761 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0883  argininosuccinate lyase  33.59 
 
 
460 aa  219  6e-56  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0761  argininosuccinate lyase  34.3 
 
 
481 aa  220  6e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2618  argininosuccinate lyase  36.72 
 
 
502 aa  219  7.999999999999999e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.744012  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0201  argininosuccinate lyase  38.79 
 
 
468 aa  219  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2390  argininosuccinate lyase  31.37 
 
 
499 aa  219  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00438224  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1248  argininosuccinate lyase  33.81 
 
 
462 aa  218  2e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000860987  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6009  argininosuccinate lyase  36.38 
 
 
464 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80635  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0684  argininosuccinate lyase  33.48 
 
 
460 aa  218  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.586592  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2371  argininosuccinate lyase  37.38 
 
 
472 aa  218  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.219426 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62615  argininosuccinate lyase  33.56 
 
 
464 aa  218  2e-55  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.57732  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0180  argininosuccinate lyase  30.59 
 
 
471 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2664  argininosuccinate lyase  34.82 
 
 
486 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>