More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3997 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  100 
 
 
316 aa  640    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  50.32 
 
 
334 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 
337 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  50 
 
 
337 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  53.23 
 
 
337 aa  325  5e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  48.39 
 
 
334 aa  317  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  47.42 
 
 
331 aa  305  8.000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  49.35 
 
 
339 aa  302  6.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  43.46 
 
 
375 aa  255  9e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  40.72 
 
 
353 aa  254  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  43.09 
 
 
367 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  43.09 
 
 
367 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 
345 aa  248  7e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  41.78 
 
 
367 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 
334 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  41.78 
 
 
367 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  41.53 
 
 
332 aa  247  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  41.78 
 
 
367 aa  246  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  44.08 
 
 
343 aa  246  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  44.08 
 
 
343 aa  246  4e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  41.21 
 
 
332 aa  246  4.9999999999999997e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  43.17 
 
 
344 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  40.45 
 
 
314 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  40.46 
 
 
364 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 
368 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 
368 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 
368 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
336 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 
336 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 
368 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 
344 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  41.18 
 
 
325 aa  239  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  44.48 
 
 
371 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
341 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  44.12 
 
 
371 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  44.12 
 
 
341 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  44.12 
 
 
371 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  44.16 
 
 
331 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  43.83 
 
 
341 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  42.81 
 
 
338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  43.83 
 
 
333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  40.51 
 
 
401 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  37.46 
 
 
318 aa  232  6e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  43.14 
 
 
343 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  43.51 
 
 
340 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 
338 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  43.51 
 
 
338 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  38.26 
 
 
368 aa  230  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  40.07 
 
 
317 aa  229  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  40.45 
 
 
341 aa  228  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  38.98 
 
 
340 aa  228  9e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  44.01 
 
 
341 aa  228  9e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  39.3 
 
 
337 aa  228  9e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 
315 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 
314 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 
314 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 
314 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  40.85 
 
 
340 aa  227  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  39.16 
 
 
316 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  39.41 
 
 
314 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 
339 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  39.41 
 
 
314 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  43.69 
 
 
341 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  43.69 
 
 
341 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  43.65 
 
 
365 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  43.65 
 
 
365 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  43.65 
 
 
369 aa  226  6e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 
321 aa  225  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  43.65 
 
 
421 aa  225  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  39.09 
 
 
326 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 
314 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  43.32 
 
 
365 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  38.31 
 
 
319 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  38.44 
 
 
314 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  38.31 
 
 
315 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  37.91 
 
 
331 aa  220  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  38.74 
 
 
335 aa  219  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 
336 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 
314 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 
314 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 
314 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 
314 aa  219  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 
332 aa  219  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 
361 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 
361 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  36.77 
 
 
339 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 
314 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 
332 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 
355 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 
355 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 
332 aa  215  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 
332 aa  215  9e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  37.66 
 
 
331 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  37.34 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 
332 aa  212  7e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 
332 aa  212  7e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 
332 aa  212  7e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 
332 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1937  transcriptional regulator, AraC family  39.86 
 
 
331 aa  211  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>